NeuronVisio

NeuronVisio yhdistää NEURON käyttämällä uutta Python NEURON käyttöliittymä.
Asennus:
Voit asentaa NeuronVisio sinun täytyy täyttää seuraavat riippuvuudet
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * visuaalinen
& Nbsp; * matplotlib
Helppo asennus
Helpoin tapa saada neuronvisio on, jos sinulla on setuptools asennettu:
easy_install neuronvisio
Ilman setuptools, se on vielä melko helppoa. Lataa neuronvisio.tgz tiedosto neuronvisio n Cheeseshop sivu, Pura se ja ajaa:
python setup.py asentaa
Documentation
Dokumentaatio on saatavilla doc kansioon tai verkossa.
Pika
Tämä koodi on vain antaa ajatus, miten käyttää nrnvisio moduuli:
1. tulipalo up ipython konsoli pylab kytkimellä .:
& Nbsp; ipython -pylab # Jos et käytä kytkintä et näe mitään kaavio.
2. Tuo moduuli:
& Nbsp; neuronvisio.controls Tuontivalvontaan
& Nbsp; valvonnan = Controls ()
Kun nrnvisio käynnistetään lanka on käynnistetty. Tässä lanka kaikki prosessin nrnvisio tapahtuu tukkimatta konsoli.
Koska nopea esimerkki seuraava koodi:
& Nbsp; 1. Luo yhden jakson nimeltään Soma
& Nbsp; 2. Aseta Hodgkey-Huxleyn kanava ja passiivinen johtokyky
& Nbsp; 3. Aseta alphaSynapse tarjota Stimul.
Nopea esimerkki voi olla seuraavat ::
alkaen nrnvisio.controls tuonnin valvonta
valvonta = Controls () # käynnistäminen GUI
alkaen neuroni tuonti h # Getting HocInterpreter
Soma = h.Section () # luominen osio
soma.insert ("hh") # asettaminen HH kanava
soma.insert (pas) # työntämällä passiivinen johtokyky
syn = h.AlphaSynapse (0,5, sek = Soma) # synaptic tulo
syn.onset = 0.5 # kun tuleen
syn.gmax = 0,05 # konduktanssi synapsien
syn.e = 0 # kääntyminen potentiaalia
Lisää esimerkiksi esimerkissä hakemiston osoittavat, miten käyttää Neuronvisio monimutkaisempia malli.

Ominaisuudet :

• 3D visualisointi malli mahdollisuus muuttaa sitä runtime
• luominen vektorien nauhoittaa muuttujien läsnä osiossa
• Pylab integraatio piirtää suoraan simuloinnin tuloksena
• Exploration timecourse minkään muuttujan kesken kertaa käyttäen värikoodatut asteikko
• GUI toimii omassa säiettä joten on mahdollista käyttää konsolin (erittäin suositeltavaa ipython)

Vaatimukset :

• Python