CLC Main Workbench

Tämä 4 viikkoa täysin toimiva demo CLC yhdistetyn Workbench aggregaatteja kaikki DNA-sekvenssin analyysit CLC Gene Workbench ja kaikki proteiinisekvenssi analyysit CLC Protein Workbench. Kaikki analyysit ovat täysin integroitu yhteen, käyttäjäystävällisiä ja intuitiivinen sovellus.

Mikä on uusi tässä julkaisussa:

parannukset

• Päivitetty restriktioentsyymillä listan Rebase. & nbsp;

• Kiinteät ongelma käynnissä BLAST MacOS Sierra.
• Päivitetty PFAM linkit & nbsp; ilmoittamien Pfam Domain Search työkalu.
• Korjattu ongelma käyttöön & nbsp; CLC Main Workbench 7.7.2 joissa entsyymit aakkosjärjestyksessä jälkeen RdeGBI puuttui metylaatio tiedot
• Various pieniä bugikorjauksia.

Mikä on uusi versiossa 7.7.2:

Työnkulut

• työnkulun lähdöt voidaan nyt konfiguroida siten, että alikansioita sisältävät lähdöt syntyvät.
• Uusi paikkamerkit ovat käytettävissä, kun määritellään nimet työnkulun lähdöt: {käyttäjä}, {isäntä}, ja elementit aikaleiman tuotoksen esine, {vuosi}, {kuukausi}, {päivä}, {tunti}, {minuutin}, {toinen}.
• Paikkamerkit sisällä työnkulun lähtö nimet, jotka olivat aiemmin saatavilla vain numeroa voidaan nyt määrittää käyttämällä kirjoitettu nimiä: {name} on synonyymi {1} ja {tulo} on synonyymejä {2}.
• 
  

  Käytettäessä {2} paikkamerkki mukautettuja nimeäminen työnkulun Toisioselementtien, vain lukitsemattomat tulot sisällytetään luotu nimi.

  
  
• 
  

  Vuonna tuotetuissa näkyvät kaikki määritetty parametrit työnkulun, kohtien parametreja liitetty työkalu tai input elementin nyt luetella nimet määriteosista. Aiemmin parametri listat nämä työt jätetään tyhjäksi.

  
  
• 
  

  Jos työkalun nimi on muutettu työnkulun, alkuperäinen nimi on nyt sisällytetty rinnalla muutettu nimi vietäessä työnkulun parametrit.

• 
  

  historia näkymä dataelementtien luotu käyttämällä työnkulun nyt sisältää tietoa työnkulun, joka loi heidät.

  
  
• järjestys työkaluja työnkulun "Add Element" menu nyt vastaa järjestystä Workbench Toolbox valikosta.
• Parannettu työnkulku validointi käyttäjän avuksi tunnistamaan tuotantopanosten ohitetaan muodosta johtuen työnkulun elementtien.

& nbsp;

& nbsp;

• Quick Launch työkalu on nyt löydetty alla Toolbox valikon sijasta Näytä-valikosta ja painike nimeltä Launch että tuo tämä työkalu on lisätty työkalurivin.

• Analyysit voidaan nyt käynnistetään tietoelementtejä luetellut tulokset taulukon Local Search valitsemalla elementtejä edun oikealla klikkaamalla hiirellä ja selaillessani yhteydessä valikosta.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; & nbsp; "Poista Association (t)" vaihtoehto poistaa metadatan yhdistysten valikoiduista tietoelementit on lisätty sin metatietoelementti näkymän oikean näppäimen.

• Metadata Etsi Associated Data tarkastella sitä on nyt myös mahdollista käyttää löytää Navigointi Area kun useita rivejä on valittu.

  
  
• Kun tuot metatietoja laskentataulukosta kaavat siinä, tulos arvioinnin kaava (kuten näkyy Excel) on nyt tuotu kuin kaava itse.

& nbsp;

• Kaikki NCBI-palvelin viestintä on nyt salattu. (NCBI on siirtymässä kaikki verkkopalvelut HTTPS pöytäkirjan 30 syyskuu 2016). & Nbsp;

  
  

• Luettelo entsyymien valmiiksi asennettuna työpöytään & nbsp; on päivitetty Rebase.

  
  

• Vaihtoehdon "ei ole luettelossa" on otettu käyttöön uusi taulukko suodatus vaihtoehto.

  
  

• Read ryhmätiedot nyt näkyvät Element Info näkymä sekvenssin luetteloita.

  
  

• GenBank tuonti nyt myös mahdollistaa tiedostojen nimet "GBFF" laajennus.

  
  

• "Lajittele kansio" työkalu nyt käyttää numeerisia lajittelu tiedostonimiä numeroa etuliitteenä.

• Uusi paikkamerkit ovat käytettävissä, kun määritellään nimet viejän lähdöt: & nbsp; {Käyttäjä} & nbsp; {isäntä}, ja elementit aikaleiman tuotoksen esine, {vuosi} & nbsp; {kuukausi} & nbsp; {päivä} & nbsp; {tunti, & nbsp; {minuutin} & nbsp; {toinen}. & nbsp;
• Paikkamerkit kuluessa vienti lähtö nimet, jotka olivat aiemmin saatavilla vain numeroa voidaan nyt määrittää käyttämällä kirjoitettu nimiä: {tulo} on synonyymi {1}, {laajennus} on synonyymi {2} ja {laskuri} on synonyymi {3}.

Mikä on uusi versiossa 7.7.1:

• korjaa ongelman, jossa syntyneet suoritettaessa työnkulku on useita tuloja erässä, jossa muutokset ennalta määriteltyihin, kiinteät tulot määritelty laukaisun aikana ei sovellettu.
• Kiinteät ongelman, jossa Motif Search työkalu virheellisesti ilmoittanut ottelun tarkkuudet joko 0% tai 100%.
• Kiinteät ongelman, jossa lajittelu kansio ja säästää siihen voisi laukaista virhe.
• Kiinteä vika, että eräajona dialogi, joka johtaisi virheen liittyvien ongelmien taustalla tiedosto tai datan sijainti kohdattiin.

Mikä on uusi versiossa 7.7:

Tuo Metadata - perus- ja helppo metadata tuonti. Tämä työkalu täydentää työkaluilla Metadata taulukkoeditorinäyttö.

Mikä on uusi versiossa 7.6.4:

• Kiinteä vika, kun Etsi jaksoja NCB työkalu epäonnistuu ladata nukleotidisekvenssien kanssa virheilmoituksen "Seuraavat sekvenssit ei ladattu oikein.
• Korjattu ongelma räjähdys NCBI vaiheessa Luo Protein raportti työkalu.
• Korjattu ongelma johtaa virhe aikana VCF vientiä, jos kyseiset tiedot alun perin tuotu VCF tiedostoja ja arvot QUAL- alalla olivat kokonaislukuja. & Nbsp;
• Vienti liukulukujen (desimaali) numeroita VCF & nbsp; muodossa aiemmin riippuvaisia ​​määritettyä kieltä. Tämä on korjattu siten, että & nbsp; desimaalierottajana & nbsp; nyt aina on kohta.
• Kun teet automaattisen yhdistys metadatan, log nyt näkyy joka metadata rivejä ei liittynyt mitään tietoja.
• Kiinteä vika, joka esti metadata käsikirja tietoa käsiksi sisällä Workbench.
• Kiinteä vika, jos tekee automaattinen yhdistys käyttäen metatietotaulukko tallennettu CLC Server epäonnistuu.
• Automaattinen yhdistys metadatan käsittelee nyt yhdistys perustuu etuliitteen tietojen nimet melko ja tarkka vastaavat koko tiedoston nimi.
• metatietotaulukko enää tarvitsee avainsarake sen rivit käsin liittyvän datan elementtejä.
• Mahdollisuus ohittaa metadata rooleja aiemmin nähtävissä kokoonpano Workflow lähtöjen poistettiin.
• Korjattu virhe tapahtuu, kun Workbench tietojen sijainti oli suunnattu tiedoston järjestelmän sijasta kansion. Se näkyy nyt saatavilla Workbench Navigation alueella.
• Käytössä tooltips kaikkien parametrien konfiguroinnin ja toteuttaessaan työnkulkuja.
• Kirjautumisprosessi alkaen Workbench on CLC palvelin on nyt valmis ennen avaamista clc url alkaa.
• Korjaa ongelma Maceja jossa Workbench ei tunnistettu mukautetun protokollan käsittelijä CLC: // URL.
• ratkaistuksi harvinainen esiintyvä poikkeus, joka voisi laukaista vaihtamalla muokkausnäkymässä kaksoisnapsautuksella.

Mikä on uusi versiossa 7.6.3:

Uudet ominaisuudet ja parannukset

• Batching valituin on nyt mahdollista: se käytti rajoitettava valitut kansiot.
• Nyt voidaan valita "EST", kuten tietokanta käytettäessä Etsi Jaksot klo NCBI työkalu.
• Hierarkkinen klusterointi Näytteiden työkalua voidaan nyt toteuttaa osana työnkulkuja ja palvelimelle.
• Parannettu muistin hallinta käsiteltäessä suuria raportti elementtejä.
• Tooltips lehdet of phylogenetic puu nyt näyttää kuvauksen liitteenä järjestyksessä.
• Numerot eivät enää liitetty nimet Workflow elementtejä luotaessa kopion Workflow käyttämällä "Avaa kopio Workflow".
• Metadata Management. Seuraa syötetiedostoille ja tuoda meta tietoa oman näytteitä.

Vikakorjauksia

• Korjattu harvinainen esiintyvä ongelma, jossa Workbench voisi näyttää virheilmoituksen asennettaessa 3rd party lisensoitu plugin.
• Korjattu ongelma, jossa sen merkintöjä on Blast tulokset taulukkoon voisi korostaa väärän yhdenmukaistamista on Blast editorin jos taulukko oli suodatettu tai lajitella.
• Korjattu ongelma, jossa klikkaamalla merkinnästä Design Primers toimittaja voisi aiheuttaa virheilmoituksen.
• Korjattu ongelma, jossa merkinnät joka kesti päät pyöreä sekvenssin olisi väärin perustein sijoittaa Circular Sequence View.
• Kiinteä vika, joka aiheutti työpöytään jäätyä, mikäli tietyt sekvenssit näytetään pyöreä näkymän radial renderöinti tarroja.
• Kiinteät viedään raportteja, joiden väärä kirjailija tietyissä tilanteissa.
• Korjattu ongelma jossa Luo Rasiakuvaaja ja pääkomponenttianalyysiin voisi joskus ajaa laittoman argumentteja, mikä virheilmoitus.
• lähtö Reverse täydennyksessä Sequence työkalu nyt saa pääte -RC liitetty nimi tulon sijasta -1 ennen.
• Kiinteä vian Veikkaa Sekundäärirakenteen työkalu mahdollisuus laskea partitiofunktio valittiin pitkiä molekyylejä (& gt; 1000 nukleotidia).
• Korjattu ongelma, jossa voisi ei lähentää jälkeen loitontaminen täysin hyvin suuri työnkulun.
• Korjattu ongelma, joka esti juurikansion Windows ajaa tulemasta käytetään tiedoston sijainti.
• Korjattu ongelma, jossa päivittää aiemman asennuksen Windows johtaisi .vmoptions tiedosto on poistettu, mikä tekee Workbench ajaa oletuksena Java kokoonpano.

Mikä on uusi versiossa 7.6.2:

• Lisätty kiertää on java ongelma, joka toisinaan johtanut Workbench näyttämisen epäinformatiivisia virheen ja uudelleenkäynnistystä jatkamaan.
• Kiinteät ongelma käynnissä räjähdys NCBI joissa NCBI syntyvän virheen heidän suorittimen käyttö ylittymisen ei ole raportoitu avoimesti ja tuloksena "ei osumia" oltiin raportoitu sijasta.
• korjaus levitettiin välttää poikkeuksen olosuhteissa, kun siivous ladattujen tiedostojen BLAST epäonnistui.
• Reverse Käännä työkalu sivuuttaa geneettistä koodia eritelty kodonien taulukoita. Kaikki käänteinen käännös olisi siis oletusarvoisesti standardin geneettinen koodi.
• Kun asennetaan työnkulkua mukana tiedot, se ei ole enää mahdollista valita vain luku kansio tietojen säilyttämisen.
• Kiinteä väärä näyttö "Tuettu formaatti" vietäessä elementtejä joko kansion Editor tai Paikallinen haku Editor.
• Korjaa potentiaalisen väärän tiedoston tallennetaan muokattaessa tiedostoa löydetty kautta Local Search Editor.
• Tontit sisällä raportit ovat nyt osoittaneet niiden tallennetut sivupaneelin asetuksia.
• Kiinteät säästää eri linja värejä tontteja kautta sivupaneelista.
• Sivupaneeli mahdollisuus näyttää legendoja varten tontin yli 10 näytettä on nyt käytössä.
• Korjattu ongelma, joka johti virheen tekee tontteja tyhjien tietokokonaisuuksien.
• Kiinteät ongelman, jossa "Tyhjennä roskakori" vaihtoehto oli joskus virheellisesti käytettävissä.

Mikä on uusi versiossa 7.6.1:

• GTF viejä on nyt saatavilla Main Workbench.
• transkriptomiikka kokeilu ja näytteen taulukoita voidaan nyt lajitella, vaikka paljon rivejä.
• Parannettu Excel, HTML ja Sarkaineroteltu vienti variantteja (Valitse vain merkinnät / sarakkeita tarvitset).

• Korjattu virhe, joka koskee "Leikkaa järjestyksessä ennen / jälkeen valinta" työkalu Kloonaus editori.
• Kiinteä vika, jos vasemman valitse nopeasti sen jälkeen hiiren kakkospainikkeella tulkittiin tuplaklikkaa OS X (vuonna pysyvyys hakutuloslistasta, työkalupakissa puun ja työnkulun editori).

Mikä on uusi versiossa 7.6:

• Kappaleet:
  • Johdonmukainen lähtö, kun rikastamista variantti kappaleita ja merkintä kappaleita ylimääräisiä taulukossa. Output kappaleita näitä työkaluja nyt sama määrä lisätään taulukon sarakkeita ja sarakkeet on aina samassa järjestyksessä. Aiemmin jos lisätty sarake oli tyhjä arvoja kaikille variantin rivit, se olisi poistettu finaalipöydän, jolloin vaihteleva määrä ja suhteellinen järjestys lisäsarakkeita kun useita näytteitä käsiteltiin samalla työkaluja / työnkulkuja. Kaikki sarakkeet säilytetään nyt, helpottaa jälkikäsittelytoimenpiteistä vietyjen taulukoita, ja välittömän hahmottaa, väkevöimistoimenpiteet / käsinkirjoitustyökalut on käytetty, vaikka ne eivät tuottaneet tulosta tietyn näytteen.
  • Taulukot variantin kappaleita ja merkintä kappaleet voivat nyt lajitella ja suodattaa sarakkeita, jotka sisältävät useita numeroita.
  • Parannettu rata katsojan variantti kappaleet näyttää sekvenssin muutos on suoritettu variantti.
  • Kaavio kappaleet osoittavat nyt negatiiviset arvot täytetty ylöspäin y = 0 (odotetusti).
  • Lisääntynyt desimaalia numeroiden vietäessä taulukon CSV, Sarkaineroteltu tekstiä, ja Excel.
  • Parannettu raportointi liittyvien virheiden alhainen levytilaa.
  
  

Mikä on uusi versiossa 7.5.1:

• Nyt on mahdollista suorittaa työnkulun ilman valinnaista syöttö.
• AAC työkalu ei merkitä variantteja 3 'UTR niiden DNA-tason muutos käyttämällä kuorma-autoille c.xxx muodossa. Tämä vaikuttaa analyysia tehdään Gx 7,5 tai aikaisemmin perustuu Ensembl CDS kappaleita vanhemmilta versons. AAC analyysi olisi uusiksi käyttämällä Gx 7.5.1 oikea merkintä.
• Pfam suodatus bugi korjattu. Aiemmin Pfam vasta raportoitu ensimmäisen domeenin kunkin kyselyssä ja sen seurauksena monilla aloilla jäivät. Suosittelemme, että käyttäjät, joiden tutkimus riippuu Pfam merkinnät uudelleen suorittaa työkalun tietonsa.
• Kiinteä vika, että "Farrow Phylogeny" työkalu joka epäonnistui luodessaan bootstrap-arvot tiettyjen panos rinnastuksia.
• Kiinteä ongelma vierittämällä asiaan tiedostot valitessaan objektien parametreja työkalu velhoja.
• Blast tekstitulosten on parannettu niin, että ne näyttämään oikeaa kyselyn ja aihe kantoja riippumatta lohkon.
• Korjattu vika, joka esti BLAST toiminta valitessaan toistaa niitä on CLC Server.
• Nyt on mahdollista suorittaa työnkulun ilman valinnaista syöttö.