edittag

Software kuvakaappaus:
edittag
Ohjelmiston tiedot:
Versio: 1.1
Lähetyksen päivämäärä: 20 Feb 15
Kehittäjä: Brant Faircloth
Lupa: Vapaa
Suosio: 10

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

edittag on sovellus kokoelma suunnitteluun sarjaa muokkaa metristä sekvenssimerkkejä, tarkkailun järjestyksessä tageja ulkomuotoa muokata metristä, ja integroimalla sekvenssimerkkejä laiturille erityisiä sekvensointi adapterit ja PCR-alukkeet. edittag eroaa muista lähestymistavoista:
& Nbsp; * edittag tuottaa mielivaltaisen pituisia muokkaa-metrinen sekvenssimerkkejä kohtuullisessa aikataulussa käyttäen moniprosessointi
& Nbsp; * edittag tuottaa muokkaa metrinen sekvenssimerkki sarjaa mukaisia ​​muokata matkan valittu
& Nbsp; * edittag käytetään Primer3 integroida sekvenssimerkkejä PCR alukkeiden
Tarjoamme useita suuria sarjaa muokkaa metristä sekvenssimerkkejä suunniteltu käyttäen edittag seuraavissa muodoissa:
& Nbsp; * teksti - tämä tiedosto on asianmukainen muoto check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * SQLite tietokanta
Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Suuri sarjaa muokkaa-metrinen sekvenssin tunnistaminen
Tunnisteet helpottaa laajamittaista multipleksausta lukee massiivisesti
rinnakkaissekvensointijärjestelmät. doi_
Asennus:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
terva -xzf package.tar.gz
python setup.py asentaa
varasto
git klooni git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
vapaaehtoinen paketti (py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
terva -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py asentaa
vapaaehtoinen paketti (Primer3)
Jos haluat suunnitella alukkeiden sisällyttämällä muokkaa metrinen sekvenssimerkkejä, sinun täytyy ensin asentaa muokattu versio Primer3:
git klooni git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
tehdä
make install
Varmista, että siirrät binäärit mod-Primer3 paikkaan teidän tiellä (liikkuvat vähintään Primer3 pitkä ja primer3_config samaan hakemistoon teidän tiellä). Voit sitten ajaa

Vaatimukset :

  • Python
  • NumPy
  • Levenshtein
  • mod-Primer3

Vastaavia ohjelmistoja

Staden Package
Staden Package

12 May 15

RFLP planner
RFLP planner

3 Jun 15

biotools
biotools

20 Feb 15

GDIS
GDIS

3 Jun 15

Kommentit edittag

Kommentteja ei löytynyt
Lisää kommentti
Ota kuvia!