mpiBLAST on MPI pohjainen samanaikaisesti toteutettava NCBI BLAST. Hanke koostuu parin ohjelmia, jotka korvaavat formatdb ja blastall kanssa versioita, jotka toteuttavat BLAST työpaikkaa rinnakkain klusterin tietokoneita MPI asennettuna. On olemassa kaksi ensisijaista etuja käyttämällä mpiBLAST verrattuna perinteisiin BLAST.
Ensinnäkin mpiBLAST jakaa tietokannan poikki jokaisen solmun klusterin. Koska jokainen solmun segmentti tietokannan on pienempi se voi yleensä sijaita puskuri-välimuisti, saadaan merkittävä pyörimisnopeuden takia poistamiseen levyn I / O. Toiseksi sallitaan BLAST käyttäjät voivat hyödyntää tehokasta, edullisten Beowulf klustereiden koska rienvälisiin viestinnän vaatimukset ovat alhaiset.
mpiBLAST saavuttaa super-lineaariset pyörimisnopeuden tilanteissa, joissa tietokantaan on liian suuri mahtuakseen RAM, ja lähellä lineaarinen pyörimisnopeuden muissa tilanteissa. Se ei vaadi erillisen klusterin.
Vaatimukset:
Kommentteja ei löytynyt