tapir

tapiiri on Python työkalu, joka sisältää ohjelmia arvioida ja juoni phylogenetic informatiivisuus suuria aineistoja.
siteeraavat tapir
Kun käytät tapiiri, ota mainita:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir mahdollistaa suurikapasiteettisten analyysi fylogeneettiseen informatiivisuus.
- Townsend JP: Profilointi fylogeneettiseen informatiivisuus. Systemaattinen Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: hyphy: hypoteesi testaus käyttäen phylogenies. Bioinformatiikka 2005, 21: 676-679.
asennus
Tällä hetkellä helpoin tapa asentaa ohjelma on:
git klooni git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / path / to / tapir
Voit suorittaa testejä:
cd / path / to / tapir /
python testi / test_townsend_code.py
Käytä
Estimate_p_i.py koodin kutsuu komentotiedosto hyphy joka on malleja /. Tämä tiedosto on oltava samassa asemassa suhteessa minne laittaa estimate_p_i.py. Jos asennat ohenee kuten yllä, voit olla hieno, tällä hetkellä.
Voit suorittaa:
cd / path / to / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - teho Output_Directory
& Nbsp; - aikakausina = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kertaa = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing on vapaaehtoista, eikä sitä, jokainen lokuksen ajetaan peräkkäin.
Jos olet jo suorittanut yllä ja tallentanut tuloksia teidän kohdekansio (katso alla), voit käyttää ennestään site-rate kirjaa sijaan arvioida ne uudelleen:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - teho Output_Directory
& Nbsp; - aikakausina = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kertaa = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - site-hinnat
Tulokset
tapiiri kirjoittaa tulokset SQLite tietokantaan tulostehakemisto valitsemaltasi. Tämä hakemisto omistaa myös sivuston korko tiedostoja JSON-muodossa kunkin lokuksen läpi tapir_compute.py.
Voit käyttää tuloksia tietokantaan seuraavasti. Lisää esimerkkejä, kuten kuvaaja, katso ohjeet
- Käynnistää sqlite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / phylogenetic-informativeness.sqlite
- Saada kiinteä tiedot kaikista aikakausiin:
& Nbsp; valitse locus, intervalli, pi alkaen lokuksia, väli jossa loci.id = interval.id
- Saada kiinteä tietoja tiettyä aikakautta:
& Nbsp; valitse locus, intervalli, pi alkaen loci, intervalli
& Nbsp; jossa väli = '95 -105 'ja loci.id = interval.id;
- Saavat lasken loci ottaa max (PI) eri aikakausiin:
& Nbsp; luoda tilapäisen taulukon max valitse id, max (pii), kuten max välein ryhmän id;
& Nbsp; luoda tilapäisen taulukon t niin valitse interval.id, intervalli, max, maksimi
& Nbsp; jossa interval.pi = max.max;
& Nbsp; Valitse aikaväli, count (*) t ryhmän aikaväli;
Kiitokset
Kiitämme Francesc Lopez-Giraldez ja Jeffrey Townsend josta saimme kopio web-sovellus lähdekoodia. BCF kiitos S Hubbell ja P Gowaty.

vaatimukset

• Python
• SciPy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (lataa tai rakentaa yksisäikeisissä hyphy2)