LPBS

LPBS (Local Portable Erä System) on työkalu jäljitellä PBS paikallisessa työasemassa.
PBS / vääntömomentti on työpaikka aikataulujen järjestelmää, jota käytetään monissa suurteholaskennan klustereita. LPBS paketti tarjoaa työkalut ajaa PBS työ komentosarjoja paikallisen työaseman. Erityisesti LPBS tarjoaa lqsub komento, joka vie samat vaihtoehdot kuin PBS qsub komento ja juoksee työn käsikirjoituksen paikallisesti, ympäristössä lähes samanlainen joka PBS / VÄÄNTÖMOMENTIN antaisi. Työ suoritetaan taustalla ja osoitetaan työpaikka tunnus. Toisin PBS-järjestelmän, LPBS ei suorita ajoitus, vaan yksinkertaisesti ajaa työtä sille. LPBS antaa lisää työkaluja hallita käynnissä työpaikkoja.
Asennus
LPBS voidaan asentaa PyPi käyttäen
Pip asentaa LPBS
Vaihtoehtoisesti paketti voidaan asentaa lähdekoodista
python setup.py asentaa
Asetukset
LPBS tallentaa kaikki sen kokoonpano ja runtime tiedot kansioon annetaan muuttujan $ LPBS_HOME. Tämä ympäristö muuttuja on määriteltävä. Kokoonpano on tiedostossa lpbs.cfg sisällä $ LPBS_HOME. Jos tätä tiedostoa ei ole olemassa, kun jokin LPBS skriptit ajetaan, asetustiedosto seuraavat oletusarvot luodaan:
[Server]
# Full hostname jättämistä palvelimen (hostname.domain). Tulee saataville
# Käynnissä työpaikkojen kautta muuttujan PBS_SERVER. Job tunnukset päättyy
# In palvelinnimeä
hostname: localhost
domain: paikallinen
[Solmu]
# Full isäntänimi suorituksen solmun (hostname.domain). Tulee saataville
# Käynnissä työpaikkojen kautta muuttujan PBS_O_HOST. Koska LPBS on
# Tarkoituksena on toteuttaa paikallisten työpaikkojen, asetuksia täällä tulisi olla
# Identtisiä [Server] jakso
hostname: localhost
domain: paikallinen
[LPBS]
# Viritys töiden suoritus.
# Jos 'username_in_jobid "on käytössä, työ tunnukset ovat muotoa
# 'Seqnr.user.hostname.domain "jossa" käyttäjä "on käyttäjä,
# Lähetät työn.
# Tiedosto annetaan "sequence_file" käytetään pitää kirjaa "seqnr"
# Esiintyvät työn tunnus.
# Tiedosto annetaan "lokitiedostoon" käytetään kirjautumalla kaikki LPBS tapahtumia. Molemmat
# "Sequence_file" ja "lokitiedosto" ovat suhteessa $ LPBS_HOME.
username_in_jobid: 0
sequence_file: sekvenssi
lokitiedostoon: lpbs.log
[Scratch]
# Asetukset työtilaa tarjotaan työpaikkaa. "Scratch_root" määrittelee
# Sijainti jossa työpaikkoja pitäisi kirjoittaa tilapäiset tiedot. Jos annetaan suhteellinen polku,
# Se on suhteessa $ LPBS_HOME. Ympäristö muuttujia laajennettiin
# Aika työn jättämistä.
# Jos arvo # "create_jobid_folder 'asetetaan 1, kansio, jonka nimi on
# Tehtäväkuvaus tunnus luodaan sisälle scratch_root. Tämä kansio on automaattisesti
# Poistetaan, kun työ loppuu, ellei "keep_scratch 'asetetaan 1. Jos työ
# Epäonnistui, tyhjästä ei poisteta, ellei "delete_failed_scratch 'asetetaan
# 1.
scratch_root: $ SCRATCH_ROOT
create_jobid_folder: 0
keep_scratch: 0
delete_failed_scratch: 0
[Ilmoitus]
# Asetukset miten käyttäjä tulisi ilmoittaa tapahtumista, kuten alku
# Ja lopussa työtä. Jos sent_mail on asetettu 1, sähköpostit lähetetään
# Ilmoitukset riippuen arvosta "-m" vaihtoehto lqsub. Jos
# 'Send_growl' asetetaan 1, Growl (http://growl.info) käytetään ilmoitusta
# MacOS X Muistutukset kautta Growl ei oteta huomioon "-m" vaihtoehtoja
# Aikana työn lähetystä.
send_mail: 0
send_growl: 0
[Mail]
# SMTP asetukset sähköposti-ilmoitukset. Ilmoitus sähköpostit lähetetään
# Ilmoittamaan osoitteeseen "alkaen" vaihtoehto. SMTP-palvelin annetut "smtp" on
# Käytetään lähettää sähköposteja, jos "vahvistaa" on asetettu 1, todennus
# Tehdään tietyn "käyttäjätunnus" ja "salasana". Jos "TLS" on 1, TLS salaus
# Käytetään.
alkaen: nobody@example.org
smtp: smtp.example.com:587
Käyttäjätunnus: käyttäjä
salasana: salainen
todentaa: 0
tls: 1
[Growl]
# Asetukset Growl ilmoituksia. Ilmoitukset lähetetään joko
# Localhost tai etäisäntä kautta GNTP protokollaa. "Hostname" asetus
# Antaa osoitteen ja portin Growl palvelimen, annetaan "salasana" on
# Käytetään todentamiseen (Huomaa, että jos lähetät localhost, ei
# Todennus on tarpeen, ja salasana pitäisi olla tyhjä). Jos
# "Tahmea" on asetettu 1, Growl ilmoitukset on tahmea. Se on
# Mahdollista lähettää ilmoituksia usealle isäntä. Tässä tapauksessa molemmat
# "Hostname" ja "salasana" pitäisi olla pilkulla erotettuna arvojen kanssa
# Kunkin kohteen vastaa yhtä isäntä. Esim.
# Hostname: localhost, remotehost
# Salasana:, salainen
hostname: localhost: 23053
salasana:
tahmea: 0
[Kirjaudu]
# "Lokitiedosto" antaa nimi Keski lokitiedosto, suhteessa $ LPBS_HOME.
lokitiedostoon: lpbs.log
Huomaa, että jos oletus config tiedostoa käytetään, muuttujan $ SCRATCH_ROOT on määriteltävä ja hakemisto se osoittaa olisi olemassa ja olla kirjoitusoikeus kaikille käyttäjille, jotka voisivat lähettää töitä.
Jotta järjestelmän laajuinen asennus, / var / lpbs on sopiva paikka $ LPBS_HOME. Ympäristö muuttuja voidaan asettaa /etc/bash.bashrc kaikille käyttäjille. Saat asennusta käyttäjän tilaa, virtualenv suositellaan.
Kun tärkein config tiedosto, tiedoston $ HOME / .lpbs.cfg myös lukea. Käyttäjä voi käyttää tätä ohittaa asetukset järjestelmän kokoonpanon. Lopuksi qsub komento on myös --config vaihtoehto, jonka avulla voidaan määrittää vielä lisää config tiedosto luettavaksi.
Käyttö
LPBS sisältää skriptejä lqsub, lqstat ja lqdel, jotka jäljittelevät PBS / momentti komentoja qsub, qstat ja lqdel vastaavasti. Lqsub komentoa käytetään lähettää töitä, lqstat käytetään näyttämään tietoja käynnissä työpaikkoja ja lqdel käytetään keskeyttää käynnissä työpaikkoja. Esimerkiksi:
goerz @ localhost: ~> lqsub job.pbs
3.localhost.local
goerz @ localhost: ~> lqstat
Työn tunnus Name Käyttäjän Walltime
-------------------- --------------- --------------- ---------------
3.localhost.local pbstest goerz 00:00:22
goerz @ localhost: ~> lqstat -f 3.localhost.local
Job Id: 3.localhost.local
& Nbsp; Job_Name = pbstest
& Nbsp; Job_Owner = goerz
& Nbsp; palvelin = localhost.local
& Nbsp; exec_host = localhost.local
& Nbsp; PID = 14649
& Nbsp; Error_Path = stderr
& Nbsp; Join_Path = True
& Nbsp; Mail_Points = n
& Nbsp; Output_Path = pbstest.out
& Nbsp; resources_used.walltime = 00:00:43
goerz @ localhost: ~> lqdel 3.localhost.local
Qsub komento on suunniteltu ymmärtää kaikki komentorivivalitsimet on qsub komennon MOMENTIN versio 2.18, paitsi että kaikki vaihtoehdot liittyvät ohjelmointia ohitetaan. Näin ollen kaikki PBS työpaikka kirjoitus olisi toimitetava ilman muutoksia. Lisätietoja ajaa lqsub, lqstat ja lqdel kanssa help vaihtoehto, ja / tai katsoa vääntömomentti käsikirja.
Esimerkki Job Script
Seuraavassa on esimerkki yksinkertaisesta PBS työ skripti, joka tulostaa koko ympäristöön, että työ näkee. Voit halutessasi jättää tämän työn sekä LPBS ja PBS / vääntömomentti varmistaa, että asianmukaiset asetukset lpbs.cfg, LPBS tarjoaa samanlaisen ympäristön LPBS.
#! / Bin / bash
#PBS -N Pbstest
#PBS -j Oe
#PBS -l Solmut = 1: PPN = 1
#PBS -l Walltime = 00: 00: 10
#PBS -l Mem = 10MB
#PBS -o Pbstest.out
echo "################################################ #### "
echo "Käyttäjä: $ PBS_O_LOGNAME"
echo "Erä työ alkoi $ PBS_O_HOST"
echo "PBS työ id: $ PBS_JOBID"
echo "PBS työn nimi: $ PBS_JOBNAME"
echo "PBS Työhakemistoa: $ PBS_O_WORKDIR"
echo "Job alkoi" `hostname`` määräpäivällä`
echo "Nykyinen hakemisto:" `pwd`
echo "PBS ympäristö: $ PBS_ENVIRONMENT"
echo "################################################ #### "
echo "################################################ #### "
echo "Full Ympäristö:"
printenv
echo "################################################ #### "
echo "Job on toteutumassa seuraaviin solmu:"
kissa $ {PBS_NODEFILE}
echo "################################################ ########## "
echo "Job päättyi:" `määräpäivällä`
exit 0

Vaatimukset :

• Python