CodonW on ohjelma suunniteltu yksinkertaistamaan Monimuuttuja-analyysi (korrespondenssianalyysi) Kodonioptimoidun ja aminohapon käyttöä. Se myös laskee taso indeksit kodonikäyttöä. Se on sekä menu ja komentorivin käyttöliittymät.
CodonW Hanke on kirjoittanut John Peden laboratoriossa Paul Sharp, Dept of Genetics, University of Nottingham. John työskentelee ihmisen genetiikan ja työskentelee tällä hetkellä ProCardis tietokannan hallintaohjelman klo WTCHG Oxford University.
Tässä muutamia keskeisiä piirteitä "CodonW":
· Kirjoitettu ANSI yhteensopiva C
· Valikkopohjainen
· Laaja useita komentorivivalitsimista
· Geneettinen koodi riippumaton
· Ei rajoituksia
1. lukumäärä sekvenssejä
2. sekvenssipituus
· Laskee kodoninkäyttö indeksit
1. CAI: Kodonissa sopeutuminen index
2. Fop: Taajuus optimaalisten kodonien
3. Nc: Tehokas määrä kodoneita
4. CBI: Kodonivääristymä Hakemisto
· Laskee aminohappo indeksit
1. GRAVY pisteet
2. aromaattisuuden
· Laskee kirjeenvaihto analyysi
1. kodonikäytäntö
2. RSCU (Relative synonyymi kodonikäytäntö)
3. Amino acid käyttö
· Kirjeenvaihto analyysi
1. voidaan Mukaan / pois kodoneita / aminohappojen
2. voi tuottaa yksityiskohtaisia raportteja suuntauksista
3. kartoittaessaan optimaalisen kodoneiksi automaattisesti
4. voi sallia lisätiedot asettaa lisättävä
5. kirjaa tahansa määrän suuntauksia
· Laskee geeni parametrit
1. Gene pituus
2. GC, GC3s ja kodoniasemassa erityisiä G + C
3. dinukleotidin koostumus (kaikissa kolmessa kodonissa kehykset)
4. Amino acid käyttö
5. Suhteellinen aminohappo käyttö
6. kodonikäytäntö
7. Suhteellinen synonyymi kodonikäytäntö
· Voiko käsitteellisesti kääntää sekvenssit proteiiniin
· Alustaa sekvenssitietoja
· Ihmisen tai koneluettavassa lähtö
· Voidaanko liität geenejä (säilyttäen lukukehys) laskemiseen
1. yleinen kodonikäytäntö
2. GC sisältöä
3. dinukleotidin koostumus
· Luo taulukot kodonin, aminohappoa, tai RSCU käyttö
· Voidaan jopa auttaa sinua oppimaan geneettisen koodin.
· Ja
Ohjelmiston tiedot:
Kommentteja ei löytynyt