Jmol

Software kuvakaappaus:
Jmol
Ohjelmiston tiedot:
Versio: 14.29.14 Päivitetty
Lähetyksen päivämäärä: 22 Jun 18
Lupa: Vapaa
Suosio: 93
Lataa

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

Jmol on avoimen lähdekoodin, monialainen ja ilmainen graafinen ohjelmisto, joka on alun perin suunniteltu toimimaan molekyylinäkymänä 3D-kemiallisissa rakenteissa. Se toimii neljässä erillisessä tilassa, kuten HTML5-verkkosovelluksessa, Java-ohjelmassa, Java-sovelmassa ja "epäsymmetrisessä" palvelinpuolen komponenttina.


Feaures yhdellä silmäyksellä

Tärkeimpiä ominaisuuksia ovat korkean suorituskyvyn 3D-renderointituki ilman korkealaatuista laitteistoa, tiedostojen vieminen JPG-, PNG-, GIF-, PDF-, WRL-, OBJ- ja POV-Ray-muotoihin, tuki perusyksikkö- soluja, tukea RasMol ja Chime kirjoituskielet sekä JavaScript-kirjasto.

Lisäksi ohjelmisto tukee animaatioita, pintoja, värähtelyjä, orbitaaleja, mittauksia, symmetriaa ja yksikkökennotoimintoja sekä kaavamaisia ​​muotoja.


Tuetut tiedostomuodot

Tällä hetkellä sovellus tukee useita tiedostomuotoja, joista mainittakoon MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO ja MOPAC.

Lisäksi tuetaan myös CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL .

Tukee kaikkia tärkeitä verkkoselaimia

Ohjelmisto on testattu onnistuneesti kaikilla tärkeimmillä selaimilla, kuten Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera ja Safari. Edellä mainitut selaimissovellukset on testattu kaikissa päävirtaohjelmissa (katso seuraava osio tukeille OSes).


Tukee kaikkia valtavirran käyttöjärjestelmiä
Jmol on alustasta riippumaton sovellus, joka on suunniteltu tukemaan kaikkia GNU / Linux-jakeluja, Microsoft Windows- ja Mac OS X -käyttöjärjestelmiä ja muita käyttöjärjestelmiä, joissa Java Runtime Environment on asennettu.

/ p>

Uutta tässä versiossa:

  • Vika korjataan: Jmol SMILES ei salli lisäyskoodihakua - ^ & quot; lisäyskoodille: [G # 129 ^ A. *]

    • Vika korjataan: Jmol SMILES ei salli upotekoodihakua -

    - lisää "^" lisäyskoodille: [G # 129 ^ A. *]

    • Vika korjataan: Jmol SMILES ei salli lisäys- koodihaku - lisää "& quot; lisäyskoodille: [G # 129 ^ A. *]

    Uutta versio 14.6.5:

    • Vika korjataan: Jmol SMILES ei salli lisäyskoodihakua - lisää "& quot; lisäyskoodille: [G # 129 ^ A. *]

      • Vika korjataan: Jmol SMILES ei salli käyttöönottoa:

      Uutta koodihaku - lisää "& quot; lisäyskoodille: [G # 129 ^ A. *]

    Uutta versiossa 14.4.4 Build 2016.04.22:

    • ei säädetä lisättyjen vetyjen osalta
    • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
    • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

    Uutta versiossa 14.4.4 Build 2016.04.14:

    • ei säädetä lisättyjen vetyjen osalta
    • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
    • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

    Uutta versiossa 14.4.4 Build 2016.03.31:

    • ei säädetä lisättyjen vetyjen osalta
    • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
    • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

    Uutta versiossa 14.4.3 Build 2016.03.02:

    • Vikakorjaus: >
    • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
    • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

      • Uutta versiossa 14.4.3 Build 2016.02.28:

      • Vika korjataan: ei säädetä lisättyjen vetyjen osalta
      • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
      • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

      Uutta versiossa 14.4.2 Build 2016.02.05:

      • ei säädetä lisättyjen vetyjen osalta
      • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
      • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

      Uutta versiossa 14.4.0 Build 2015.12.02:

      • ei säädetä lisättyjen vetyjen osalta
      • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
      • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

      Uutta versio 14.2.15:

      • Vikojen korjaus: merkinnät atomeista, joita ei ole säädetty lisättyjen vesivarojen kohdalla
      • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
      • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

        • vetyä

      • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
      • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

      Uutta versiossa 14.2.12:

      • Vikojen korjaus: vetyä
      • virheenkorjaus: 14.3.3_2014.08.02 mursi mmCIF-lukijan
      • vikakorjaus: BinaryDocument (Spartan-tiedosto) lukeminen rikki 14.1.12_2014.03.18

      Uutta versiossa 14.1.8 beta:

      • uusi ominaisuus - asettaa sarjakuvaRibose:
      • piirtää riboosirenkaita, joiden sivupinnat näyttävät rypistyneiltä
      • yhdistää C4'-C5'-O5'-P nimenomaisesti
      • näyttää C3'-O3 'referenssinä.
      • poistaa käytöstä cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
      • poistettu käytöstä SET cartoonBaseEdges ON
      • ehdotti Rick Spinney, Ohio State
      • uusi ominaisuus: animauskehys [a, b, c, d] toimii negatiivisten numeroiden kanssa osoittamaan alueita:
      • animauskehys [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
      • luetaan "1-5 ja sitten 10 - 6"
      • uusi ominaisuus: Tinker-tiedostolukija (ja FoldingXYZ-lukijan päivitys):
      • Voidaan käyttää Tinker ::, mutta tämä on vain, jos ensimmäinen rivi on JUST atomCount
      • mahtuu vanhempi Tinker-muoto n-1 atomien kanssa atomCount
      • mahdollistaa reittien ja halutun mallinumeron
      • uusi ominaisuus: (oikeastaan ​​13.1 mutta ei dokumentoitu) animaatiokehys [51 50 49 48 47 46 45 (jne.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (jne.) ....
      • uusi ominaisuus: x = vertaile ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
      • uusi ominaisuus: x = vertailla ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "kaikki")
      • uusi ominaisuus: x = vertaile ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "paras")

      • uusi ominaisuus: x = vertaile ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
      • uusi ominaisuus: x = vertailla ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
      • uusi ominaisuus - x = vertaile ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
      • luo yhden tai useamman korrelaatioluettelon, joka perustuu ei-aromaattisiin SMILES-muotoihin
      • valinnaisesti sisältää H-atomit
      • valinnaisesti tuottaa kaikki mahdolliset atomikartoitukset
      • palauttaa int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
      • missä a ja bn ovat kokonaislukuatomisia indeksejä tai luetellaan, kun "kaikki" vaihtoehto on valittu.
      • Seuraavassa luodaan yksi atomikorrelaatiokartta kahdelle rakenteelle, mukaan lukien vetyatomit: lataustiedostot "a.mol" & Quot; b.mol & quot; x = vertailla ({1.1} {2.1} "MAP" "H")
      • Seuraavassa verrataan kofeiinimallin NCI: stä PubChem: een:
      • Lataa $ kofeiini, lataa lisäys: kofeiini, kehys *
      • valitse 2.1; etiketti% [atomIndex]
      • vertaa {1.1} {2.1} SMILES kiertää kääntää
      • x = vertailla ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
      • (a in x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; valitse atomindex = a1; etiketti @ a2}
      • uusi ominaisuus: vertaile {model1} {model2} SMILES:

      • ei tarvita SMILESiä; Jmol voi tuottaa sen mallista {model1}
      • uusi ominaisuus: x = {*}. Etsi ("SMILES", "H"):
      • luo SMILES: n eksplisiittisiä H-atomia
      • vikakorjaus: substructure () -toiminto SMILESin sijaan SMARTS: n sijasta, joten vain täysi rakenne;
      • Virheenkorjaus: parempi virheenkorjaus ja viestit SMILESiin liittyvissä menetelmissä
      • Vika korjataan: tee webexport-polku Jmol.jar ja jsmol.zip vankempi.
      • vikakorjaus: getProperty-oteModel ei kunnioita osajoukkoa
      • vikakorjaus: aseta pdbGetHeader TRUE ei tallenna REMARK3 REMARK290 REMARK350
      • Vika korjataan: getProperty ("JSON", ....) tulee kääriä arvoon {arvo: ...}
      • vikakorjaus: MO pysyvä läpikuultavuus rikki 11.x
      • vikakorjaus: näytä MENU-kirjoita MENU kuorma MENU kaikki rikki 12.2
      • Vika korjataan: {*} [n] on tyhjä, jos nAtoms

        • Virheenkorjaus: 14.0.6 kuolevainen vakoiluohjelma -

        Uutta unitcell ja kaiku renderöinti, getProperty

      Uutta versio 14.0.5:

      • Virheenkorjaus: LCAOCartoon läpikuultavuus rikki
      • Virheenkorjaus: läpikuultava selkäranka rikki
      • Virheenkorjaus: pqr, p2n lukijat rikki
      • Virheenkorjaus: isosurface-kartan omaisuus xxx voi epäonnistua, jos pinta on sellainen fragmentti, jolla (jollain tavalla) on kohta, joka ei liity taustalla olevaan atomiin.

      Uutta versiossa 14.1.5 Beta:

      • Vika korjataan: LCAOCartoon läpikuultavuus rikki
      • Vian korjaus: läpikuultava runkoverkko rikki
      • Vika korjataan: pqr, p2n lukijat rikki
      • virhekorjaus: isosurface-kartan omaisuus xxx voi epäonnistua, jos pinta on sellainen fragmentti, jolla (jollain tavalla) on piste, joka ei liity taustalla olevaan atomiin.

        • Virheenkorjaus: raketit rikki

        Uutta

      • Virheenkorjaus: PDB byChain, bySymop ei tueta.

      Uutta versio 14.0.2:

      • Vika korjataan: modulaatio ei eroa q: n ja t: n välillä;
      • vikakorjaus: moduloidut mittaukset eivät toimi
      • vikakorjaus: ei ohita asetettua oletusnäyttöä & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
      • Vika korjataan: isosurface-kartan atomien kiertorata epäonnistuu
      • Virhekorjaus: moduloinnin tärinänäyttö etäisyyksillä ei päivitä
      • Vika korjataan: tärinän poisto aiheuttaa tarpeettoman varoituksen konsolissa
      • Vika korjataan: piirrä symop rikki
      • Vika korjataan: array.mul (matrix3f) kaatuu Jmol
      • Virheenkorjaus: valitse symop = 1555 rikki
      • Vika korjataan: asetetaan poimimalla dragSelected not working
      • koodi: refactored CifReader, erottamalla MMCifReader ja MSCifReader koodi: pienet uudelleennimeäminen / refactoring methods in SV
      • koodi: lisää javajs.api.JSONEncodable käyttöliittymän
      • Super-yksinkertainen toteutus org.jmol.script.SV
      • mahdollistaa, että javajs toteuttaa omia JSON-tuloksia

      Uutta versiossa 14.1.2 Beta:

      • uusi ominaisuus: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, lauseke):
      • parempi kuin Jmol.evaluate, koska tulos on JavaScript-muuttuja, ei merkkijono.
      • JSmol api Jmol.evaluate (applet, lauseke) DEPRECATING
      • uusi ominaisuus: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
      • palauttaa kiinteistön JSON-koodin
      • Salli JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "muu lauseke")
      • uusi ominaisuus: getProperty variableInfo:
      • mahdollistaa muuttujien hakemisen Java- tai JSON-muodossa
      • arvioi ilmaisua
      • oletusarvoisesti "kaikki"
      • uusi ominaisuus: modulaatio, jota voidaan säätää q ja t, jopa d = 3:
      • modulaatio päälle / pois (kaikki atomit)
      • moduation {atom set} on / off
      • modulaatio int q -offset
      • modulaatio x.x t-offset
      • modulaatio {t1 t2 t3}
      • modulaatio {q1 q2 q3} TRUE
      • uusi ominaisuus: pickedList:
      • tilattu äskettäin poimittujen atomien joukko
      • voidaan käyttää samaa kuin PICKED-muuttuja, mutta se tilataan peräkkäin, ei tilapäisesti
      • kahdesti klikkaamalla rakenteita poistaa luettelon
      • @ {pickedList} [0] viime kerätty atomi
      • @ {pickedList} [- 1] seuraavaksi viimeiseksi valittu atomi

      • @ {pickedList} [- 1] [0] viimeiset kaksi poimittua atomia
      • uusi ominaisuus: array.pop (), array.push () - samanlainen kuin JavaScript
      • uusi ominaisuus: modulaatioasteikko x.x
      • uusi ominaisuus: otsikko & quot; xxxxx & quot; x.x - sekunnin kuluttua suoritettavaksi
      • uusi ominaisuus: modulaatio 0,2 // asettaa t-arvon
      • uusi ominaisuus: array.pop (), array.push (x)
      • a = []; a.push ("testaus"); print a.pop ()
      • uusi ominaisuus: valitse ON / OFF atom-set:
      • valitsee valintahaavat päälle tai pois päältä sekä tekee valinnan
      • vain mukavuus
      • uusi ominaisuus: pt1.mul3 (pt2):
      • palauttaa {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
      • jos molemmat eivät ole pisteitä, palaa yksinkertaiseen kertolaskuun
      • uusi reature: array.mul3 (pt2) - soveltaa mul3: a kaikkiin array-elementteihin
      • uusi ominaisuus: {atomset} .modulaatio (tyyppi, t):
      • toimittaa P3 (siirtymämodulaatio)
      • toteutettu vain tyypin = "D" (Valinnainen)
      • valinnainen t on oletuksena 0
      • vikakorjaus: modulaatio ei erota q: n ja t: n välillä;
      • vikakorjaus: moduloidut mittaukset eivät toimi
      • vikakorjaus: ei ohita asetettua oletusnäyttöä & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
      • Vika korjataan: isosurface map atomic orbital fail

      • Virhekorjaus: moduloinnin tärinänäyttö etäisyyksillä ei päivitä
      • Vika korjataan: tärinän poisto aiheuttaa tarpeettoman varoituksen konsolissa
      • Vika korjataan: piirrä symop rikki
      • Vika korjataan: array.mul (matrix3f) kaatuu Jmol
      • Vika korjataan: valitse symop = 1555 virheenkorjaus: asetetaan poimimalla dragSelected not working
      • koodi: refactored CifReader, erottamalla MMCifReader ja MSCifReader
      • koodi: pienet uudelleennimeäminen / refactoring methods in SV
      • koodi: lisää javajs.api.JSONEnodokelpoisen käyttöliittymän:
      • Super-yksinkertainen toteutus org.jmol.script.SV
      • mahdollistaa, että javajs toteuttaa omia JSON-tuloksia

      Uutta versio 14.0.1:

      • uusi ominaisuus: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (oletus 55)
      • uusi ominaisuus: load () -toiminto, kuten tulostuskuormalla (& quot; xxx & quot;), rajoitettu paikallinen tiedostojen lukeminen appletissa:
      • ei juuri-hakemistotiedostoja
      • Ei tiedostoja ilman laajennusta
      • ei tiedostoja, joissa on & quot; /.& quot; polussa
      • uusi ominaisuus: JAR-tiedostot on varmasti allekirjoitettu
      • uusi ominaisuus: applet JAR -tiedostot sisältävät JNLP: t (Java Network Launch Protocol) paikalliseen tiedostojen lataamiseen
      • uusi ominaisuus: JSmol-URL-asetukset _USE = _JAR = _J2S = tiedostotietojen ohittaminen
      • uusi ominaisuus: (oli läsnä mutta ei dokumentoitu) print quaternion ([kvaterniojoukko]) - palauttaa pallomaisen keskiarvon a Bussin ja Fillmore
      • uusi ominaisuus: print quaternion ([kvaternion sarja], true):
      • palauttaa standardipoikkeaman pallomaiselle keskiarvolle la Buss ja Fillmore
      • yksiköt ovat kulman astetta
      • Uusi ominaisuus - nimeltään kvaterniamodulusarvoja:
      • print quaternion (1,0,0,0)% "matriisi"
      • vaihtoehdot sisältävät w x y z normaali eulerzxz eulerzyz vektori theta akseli axisy axisz akselin matriisi
      • ew-ominaisuus - asettaa celShadingPower:
      • vahvistaa cel varjostuksen lujuuden
      • kokonaislukuarvot
      • Oletus 10 on paksu viiva
      • 5 on hieno viiva
      • 0 kääntää cel varjostuksen pois

      • Negatiivinen arvo poistaa sisäisen varjostuksen - vain ääriviivat
      • toimii pikselillä, joka perustuu normaaliin valolähteeseen (teho & gt; 0) tai käyttäjän (teho & lt; 0)
      • asettaa värin taustakontrastiksi (musta tai valkoinen), kun normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
      • uusi ominaisuus: mmCIF-raporttien luku _citation.title Jmol-komentotiedote
      • uusi ominaisuus: minimoi SELECT {atomset} VAIN - VAIN vaihtoehto sulkee pois kaikki muut atomit
      • uusi ominaisuus: minimoi {atomset} - implisiittinen SELECT ja VAIN
      • uusi ominaisuus - "laajennukset" JSmol-hakemistoja JS- ja SPT-komentosarjoille:
      • jsmol / js / ext
      • jsmol / SPT / ext
      • uusi ominaisuus: lataa ... suodatin "ADDHYDROGENS" - paikallinen pdbAddHydrogens asettaa vain yhdelle latauskomennolle
      • uusi ominaisuus: vertaa {1.1} {2.1} BONDS SMILES
      • uusi ominaisuus: list = vertailla ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot; BONDS & quot;)
      • uusi ominaisuus: kirjoita JSON xxx.json
      • uusi ominaisuus: [# 210] JSON {"mol": ...} lukija
      • ew-ominaisuus - asetettu particleRadius:
      • yleinen säde atomien yläraja-arvolle (16.0)
      • oletuksena 20,0
      • uusi ominaisuus - CIF- ja PDB-suodattimet "BYCHAIN" ja "BYSYMOP" virusten osittainen haittavaikutus:
      • luo vain yhden atomin ketjun tai per symop
      • kokoa voidaan skaalata suurempi kuin 16 Angstromin maksimi, esimerkiksi:
      • aseta particleRadius 30;
      • avaruustäyttö 30; // mikä tahansa numero yli 16 täällä käyttää particleRadiusta sen sijaan
      • uusi ominaisuus: list = vertaile ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
      • uusi ominaisuus: symop () -toiminto mahdollistaa biomolekyylisuodattimen symmetriaa PDB: lle ja mmCIF: lle
      • uusi ominaisuus - isosurface SYMMETRY:
      • soveltaa symmetriaoperaattoreita isosurface
        • : iin
      • tehokkaampi renderointi ja luominen
      • oletusvalinta on {symop = 1} vain
      • Värikasvojen väri on coloroprojektissa, joka perustuu propertyColorSchemeen
      • esimerkki:
      • Lataa 1stp-suodatin "biomolekyyli 1"
      • väriominaisuus symop
      • määritelmän tarkkuus 0,8 symmetria sasurface 0
      • uusi ominaisuus - uusi atomin ominaisuus: ketjuNo:
      • peräkkäin jokaisesta mallista 1;
      • ketjuNo == 0 tarkoittaa & quot; ketkoa ketjua & quot; tai ketju = ''
      • uusi ominaisuus - uusi ominaisuusColorScheme "ystävällinen":
      • värin sokeusystävällinen värimaailma
      • käytetään RCSD: ssä
      • uusi ominaisuus: JSpecView täysin Java-vapaa; Sisältää spektrin 2D nmr ja PDF-tulostuksen
      • uusi ominaisuus - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; laatu & gt; 1 vaatii maisema-tilaa:
      • käyttää tehokkaita mukautettuja PDF-luontiluokkia
      • koon kuva sopivaksi, jos liian suuri
      • uusi ominaisuus: JSpecView lisää PDF: n ja 2D NMR: n JavaScriptille
      • uusi ominaisuus: lataa & quot; == xxx & quot; FILTER "NOIDEAL" - Kemiallisen komponentin kuormitus ATE: sta käyttämällä "ei-ihanteita" koordinaattiasetus
      • vikakorjaus: kirjoittaa CD poistettu; ChemDoodle on muuttanut muotoja; käytä sijaan JSON
      • Virhekorjaus: PDB- ja CIF-tiedostot osoittivat kokoonpanoja, kuten PAU: n suurena negatiivisena numerona
      • Vikojen korjaus: COMPARE ilman kiertoa aloittaa ääretön silmukka
      • vikakorjaus: viivästysongelma (-1)
      • Virheenkorjaus: Hiiren vetäminen Chromen JavaScript-sovelluksessa
      • Virheenkorjaus: JavaScript-ponnahdusvalikosta korjataan kielen muutokset
      • virheenkorjaus: JavaScript-ydinkomponentteja ei ole käsitelty; Jmol._debugKoodi ei tunnistettu
      • vikakorjaus: unitcell hylätty väärin biomolekyyleille; alkuperä on virheellinen akseleille.
      • Vika korjataan: isosurface / mo FRONTONLY rikki
      • Virheenkorjaus: kielen lokalisointi on rikki JavaScriptissa
      • Viankorjaus: ADF-lukija ei lukenut MO-tulosta DIRAC Build 201304052106: sta
      • Vika korjataan: Safari ilmoittaa keltaisen Jmol-tiedoston sen sijaan, että pyytää hyväksymään appletti
      • - tunniste on
      • virhekorjaus: CIF-lukija ei käsittele _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id oikein
      • - väärä asema asetettu load = 3fsx.cif suodatin "ASSEMBLY 1"
      • vikakorjaus: [# 558 Yhteensopivuusongelma ChemDoodlen kanssa] JSmol-virhe Number.toString () määrittelyssä
      • Vika korjataan: hiiren rulla ei toimi oikein
      • virhekorjaus: JavaScript J2S-kääntäjävirhe ei pakota int + = float kokonaislukuun
      • virheenkorjaus: JavaScript WEBGL-vaihtoehto rikki
      • Vikojen korjaus: JavaScript-NMR-laskenta ei pääse lähteisiin
      • Vika korjataan: JavaScript-stereo ei ole toteutettu
      • Vika korjataan: MOL-lukija korjaa usean mallin tiedostolle (vain 13.3.9_dev)
      • virhekorjaus: MOL-lukijavirhe kuormalla APPEND - ei jatka atomilukuja
      • virhekorjaus: CIF-modulaation lukija ei lukemasta lineaaristen aaltovektoreiden lineaarisia yhdistelmiä
      • virhekorjaus: CIF-lukema suodattimella & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; epäonnistuu vain identiteettitoiminnolla
      • virhekorjaus: mmCIF-lukija ei lue kaikkia _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression vaihtoehtoja
      • vikakorjaus: PDB CRYST -tiedon 1,0 1,0 1,0 90 90 90 pitäisi tarkoittaa "yksikön solua" riippumatta biomolekyylisuodattimesta
      • Vikojen korjaus: isosisface laatta, joka ei sovi hyvin litteisiin molekyyleihin, kuten HEM
      • Viankorjaus: print userfunc () saattaa epäonnistua (userfunc () itsessään on hieno)
      • Vikojen korjaus: sisällä (helix) ei ole toteutettu C-alfa-vain polymeereille
      • Vian korjaus: _modelTitle ei päivity, kun uusi tiedosto on ladattu tai zapped
      • virhekorjaus: {*}. symop.all ei anna symmetriaoperaattoria asianmukaisesti
      • vikakorjaus: kolmiosainen sidos SMILESissä URL-osoitteissa
      • Vian korjaus: build.xml puuttuu PDF-luontiluokat
      • Vikojen korjaus: Java-päivityksen seuraaminen, lisäämällä oikea polun tarkistus paikalliselle allekirjoitetulle sovellukselle
      • virhekorjaus: {xxx} .property_xx ei tallennu tilaan (rikkoutunut 8/7/2013 rev 18518)
      • Virheenkorjaus: Manifestoita päivitetään allekirjoitetuille ja allekirjoittamattomille applet-JAR-tiedostoille
      • Virheenkorjaus: kirjoittaminen epäonnistui
      • Vika korjataan: applet scriptWait () -menetelmä rikki
      • Virheenkorjaus: PyMOL-istunto saattaa näyttää yksikkökennon, kun se on luettu tallennetusta tilasta
      • Vian korjaus: MMCIF-lukija epäonnistuu useiden kokoonpanotyyppien kohdalla
      • virheenkorjaus: CIF-lukija "biomolekyyli 1" translating to "molecular" eikä "kokoonpano"
      • Vika korjataan: latausreitti, jossa useat tiedostot eivät toimi
      • Vika korjataan: JS-applet-ponnahdusvalikko ei sulkeudu kunnolla kielen muutokseen
      • Viankorjauksen korjaus: HTML-ruutuun ei ole määritetty attribuutti
      • koodi: applet / appletjs-koodin refactoring; org.jmol.util.GenericApplet
      • koodi: refactoring, puskuroidun lukijan ja puskuroidun tulovirran yksinkertaistaminen.
      • koodi: JavaScript refactoring, parempi rakentaa _ ... xml
      • koodi: JavaScript kokonaisluku, pitkä, lyhyt, tavu, float, kaksinkertainen kaikki uudistettu
      • koodi: GT: n täsmäyttäminen
      • koodi: Tarkennetaan tarpeettomasti sisäiset luokitukset ylätasolle
      • koodi: eristetty util / ModulationSet käyttäen api / JmolModulationSet
      • koodi - Kaikki appletin kielen lokalisointi luetaan tavallisista .po-tiedostoista:
      • kuten JavaScript jo
      • ei tarvitse kääntää luokkatiedostoja applet-kielille
      • ei kieltä .jar-tiedostoja
      • Uusi jsmol / idioma -hakemisto pitää sisällään .po-tiedostoja sekä Java- että HTML5-tiedostoille.
      • koodi: nopeampi isosisface renderöinti lisäämällä implisiittiset & quot; frontonly & quot; valitse {xxx} VAIN
      • koodi: nopeampi isosurface renderointi, jossa on implisiittinen & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; asiaankuuluvissa (kokonaislukuisissa) tapauksissa
      • koodi: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - yhdistää kaikki viitteet URL.getContent () ja Class.getResource ()
      • koodi: JavaScript toimii sisäisen luokan ongelman muuttujan nimen uudelleensijoittamisessa
      • koodi: eval-toiminto (functionName) ei toimi JavaScriptissä.
      • koodi: kokeilee ympäröivän tukoksen
      • koodi: Pakolliset manifesteet lisätty Java Ju51: lle (tammikuu 2014).
      • koodi: JmolOutputChannel siirtyi javajs.util.OutputChannel
      • koodi: jsmol.php, joka on määritetty sallimaan & quot; tallennustiedostomuodossa
      • koodi: refactoring Parser in javajs.util
      • koodi: DSSP siirretty org.jmol.dssx: ään, vähentämällä JSmol-biopainoa 20K
      • koodi: iText-paketti poistettiin, ei enää muokattu, kun kirjoitin oman PDF-luojani
    • Oracle Java Standard Edition -käyttöympäristö

    Vaatimukset

22 Jun 18 Sisään Koulutus ja tiede ohjelmistot, Bioinformatiikka

Vastaavia ohjelmistoja

STEPS
STEPS

15 Apr 15

Geant4
Geant4

20 Feb 15

LSim
LSim

2 Jun 15

Murka
Murka

14 Apr 15

Kommentit Jmol

Kommentteja ei löytynyt
Lisää kommentti
Ota kuvia!
Haku luokan mukaan
Suosittu ohjelmisto