BioJava

Se tarjoaa analyyttisiä ja tilastollisia rutiinit, jäsentimet yhteisiä tiedostomuotoja ja mahdollistaa manipulointi sekvenssit ja 3D rakenteita.

BioJava on työkalu tutustumiseen Javan mahdollisuuksia bioinformatiikan maailmassa.

Mikä on uusi tässä julkaisussa:

• Johdonmukainen virhe hakkuut. SLF4J käytetään hakkuiden ja tarjoaa sovittimet kaikkien suurten hakkuiden toteutuksia.
• Parannettu käsittely poikkeuksista.
• Poistettu vanhentuneita menetelmiä.
• Laajennetut BioJava opetusohjelma.
• Päivitetty riippuvuuksia tarvittaessa.
• Saatavilla Maven Central.

Mikä on uusi versiossa 4.0.0:

• Johdonmukainen virhe hakkuut. SLF4J käytetään hakkuiden ja tarjoaa sovittimet kaikkien suurten hakkuiden toteutuksia.
• Parannettu käsittely poikkeuksista.
• Poistettu vanhentuneita menetelmiä.
• Laajennetut BioJava opetusohjelma.
• Päivitetty riippuvuuksia tarvittaessa.
• Saatavilla Maven Central.

Mikä on uusi versiossa 3.1.0:

• Uudet ominaisuudet:
• CE-CP versio 1.4, jossa lisäparametreja
• Päivitä Laajuus 2,04
• Parannuksia FASTQ jäsentämiseen
• Korjaa bugeja ATE jäsentämiseen
• Pieniä korjauksia rakenne linjaukset

Mikä on uusi versiossa 3.0.8:

• Uusi:
• Genbank kirjailija
• jäsennin Karyotyyppi tiedosto UCSC
• jäsennin Gene sijainteja UCSC
• jäsennin Gene nimiä tiedosto genenames.org
• Moduuli Coxin regressio koodi eloonjääminen analyysi
• laskeminen käytettävissä pinta-ala (ASA)
• Moduuli jäsentämiseen .OBO tiedostoja (ontologiat)
• Parannettu:
• edustus SCOP ja Berkeley-SCOP luokitusten

Mikä on uusi versiossa 3.0.7:

• Lisätty perus GenBank jäsennin.
• Korjattu vika käännettäessä kodonit N.
• Nyt voidaan päätellä joukkovelkakirjoja proteiinirakenteita.
• Lisätty tuki jäsentää mmcif kirjaa organismin ja ekspressiojärjestelmää.
• Monet pienet korjauksia ja parannuksia.

Mikä on uusi versiossa 3.0.6:

• Development muutti GitHub osoitteessa: https: // github.com/biojava/biojava

Mikä on uusi versiossa 3.0.5:

• Uusi jäsennin CATH luokitus.
• Uusi jäsennin Tukholman tiedostomuoto.
• Merkittävästi parantunut edustus biologisen kokoonpanoja proteiinin rakenteita. Nyt voidaan luoda uudelleen biologista kokoonpanon epäsymmetrinen laite.
• Useita korjauksia.

Mikä on uusi versiossa 3.0.4:

• Tämä on lähinnä bug fix julkaisu käsitellään kysymyksiä proteiinin rakenne ja häiriö moduulit.
• Yksi uusi ominaisuus: SCOP tiedot voidaan nyt joko pääsee alkuperäisestä SCOP sivusto Isossa-Britanniassa tai Berkeley versio.

Mikä on uusi versiossa 3.0.3:

• merkittäviä parannuksia verkkopalvelun moduuli (NCBI Blast ja HMMER verkkopalveluita).
• & quot; Uusi & quot; fastq jäsennin (tuotavasta biojava 1 sarja versio 3).
• Tuki sifts-ATE UniProt kartoitus.
• Protmod moduulin nimeksi modfinder.

Mikä on uusi versiossa 3.0.2:

• proteiini-rakenne: Parannettu käsittely proteiinidomeeneja: Nyt kannattaa SCOP. Uusia toimintoja automaattiseen ennustamiseen proteiinidomeeneja, joka perustuu proteiinidomeeniin Parser.
• Pieniä parannuksia ja korjauksia useissa muissa moduuleja.
• biojava3-aa-potkuri: Tämä uusi moduuli voidaan laskea fysikaalis kemiallisia ja muita ominaisuuksia proteiinisekvenssien.
• biojava3-proteiini-häiriö: uusi moduuli ennustamista huonokuntoinen alueiden proteiineja. Se perustuu Java täytäntöönpanoa Rönn ennustajan.

Mikä on uusi versiossa 3.0.1:

• 3.0.1 julkaisu on pääasiassa bug fix luovutusta viime 3.0 julkaissut joka tarjosi merkittävä parannus biojava koodin perusta.

vaatimukset :

• Java 1.6 tai uudempi