Solun Electrophysiology Simulation Environment (CESE) on kattava kehys erityisesti suunniteltu suorittamaan laskennallista elektrofysiologiset simulaatioita, esimerkiksi simulaatioita sydämen myosyyttien sähköisen toiminnan.
Cell Electrophysiology simulointiympäristössä on hyödyllinen simulaatioita aktiopotentiaalien, yksittäiset ionivirrat, ja muutokset ionic pitoisuuksissa.
CESE on cross-platform-ohjelma, se toimii missä tahansa järjestelmässä, joka on Java Runtime Environment (JRE) versio 1.4 tai uudempi. Se testattiin Windows, Linux, Solaris, MacOS X, ja AIX.
CESE käyttäjät
CESE on integroitu ympäristö suorittamiseksi laskennallisen simulaatiot erilaisia elektrofysiologisia malleja.
Tässä vaiheessa CESE mahdollistaa luomisen ja suorittamisen yksisoluiset mallit (jotka sisältävät sekä Hodgkin-Huxley (HH) ja Markovian nykyinen muotoiluja). Malleja sähköisen aktiivisuuden sydänlihassolujen lähdekoodin sisältyvät CESE jakelussa. Toivomme laajentaa käytettävissä olevien mallien, ja lisätä tiettyjä hermosolujen malleja tulevaisuudessa.
Tärkein vahvuus CESE on sen tasaisuus & # 65533; ohjelman käyttöliittymän pysyy samana eri malleja. Voit helposti vaihtaa malleja ja vertailla simulointi lähdöt. Mallin parametreja voidaan muuttaa, valitaan lähdön ja / tai kiinnitetty samalla, tavallinen.
CESE ulottuu tavanomaisen sähköfysiologista merkitys "jännitteen clamp". Voit puristin lähes kaikki mallia muuttuva, kuten jännite (kalvopotentiaali), kokonaan tai yksittäisiä ionivirrat, ioniset pitoisuuksia, lämpötila, ruiskutus muuttujia, jne kiristys komennot voi olla monimutkaista paloittain toimintoja, määrittää erikseen mallin muuttujan kiinnostavat . Tämä avaa rajattomat mahdollisuudet tutkia monimutkaisen mallin käyttäytymiseen.
CESE tarjoaa yksinkertaisen, mutta tehokkaan tietojen visualisointeja. Simuloinnin tuloksia voidaan esittää graafisen ja taulukkona muotoja. Tontti voidaan räätälöidä, ja alueet kiinnostavat zoomataan.
Vaikka CESE ollut suunniteltu analysointityökalu, voit luoda virta-jännite suhteita (I-Vs) ja laskea tilastollisia tunnuslukuja tietyn signaalin ohjelmassa. Voit viedä tiedot ASCII, Axon Tekstitiedosto (ATF), ja NetCDF formaatit jatkaa analysointia suosikki paketin.
CESE kehittäjät
CESE luotiin alusta asti sisällyttää parhaiden Ohjelmointikäytännöt saatavilla Java-kehittäjät, olipa kyse käyttöliittymän johdonmukaisuus ja koodin selkeys ja uudelleenkäyttö. Aina kun mahdollista, CESE luottaa saatavilla Java API (esim Java2D, JavaBeans, JAXP) yksinkertaistaa koodia.
Malli luominen edellyttää useita talon pitäminen toiminnot koodataan & # 65533; näihin kuuluvat ODE integraattoreita, rutiinit käsittelyyn mallin parametrit, säästö / palauttaminen malli valtio, visualisointiin simulointitulokset jne CESE tarjoaa täytäntöönpanoon nämä rutiinit, joten voit keskittyä kirjallisesti koodin betonin ionivirran (s), ja CESE hoitaa loput.
CESE ei yritä luoda monimutkaisia ohjelmakehykset omasta & # 65533; pikemminkin, se hyödyntää core Java API. Esimerkiksi, mallit ovat Java komponentteja mukaisia JavaBeans erittely. Käytämme XML määritellä kiristys komentoja, ja Java-objekti serialization tallentaa / palauttaa mallin parametrit.
Mitä uutta tässä julkaisussa:
Kommentteja ei löytynyt