Marvin

• MarvinSketch:
• Julkinen tietokanta toimialalla chemicalize.org.
• Mahdollisuus muuttaa ligandin järjestystä MarvinSketch.
• Fog-vaikutus voidaan ohjata eri tavoin:
• On vedin Näyttö-välilehden Asetukset-valintaikkunan Sketch / View GUI asettaa vahvuus sumu-vaikutus ja valintaruutu sammuttaa automaattinen sumu-vaikutus.
• Applet ja pavut parametrit käyttöön: fogFactor, automaticFogEnabled. (Keskustelualueen aihe).
• kiinnittäminen ryhmään kiinnityskohta ei automaattisesti erottaminen ryhmästä Sgroup enää.
• määrittäminen S-ryhmän sisältöä: useita ja yleinen S-ryhmiä on sisällettävä koko subgraph välillä joukkovelkakirjojen rajan suluissa.
• Päivitä S-ryhmän sisältöä, jos kiinnike asemat muuttuvat: joko suluissa tai rakenne on siirretty.
• S-ryhmä upottamisen ja päällekkäisyyksiä tarkastetaan molekyyli oikeellisuustarkistuksia.
• SMARTS tuonti tukee alifaattisia hiilivetyjä, joissa kaksoissidos (aiheen).
• SMILES- tuonti / vienti tukee allenes.
• Luo perinteinen nimitys fragmentteja isom- yhdiste (esim & quot; dekstrometorfaanihydrobromidia & quot;).
• Tuki CAS numero muuntaminen.
• Parempi OCR virheenkorjauksen DocumentExtractor (puuttuu pilkkuja, tunnistetaan väärin suluissa tyyppi, ylimääräiset välilyönnit, ...).
• Document irrotin PDF-dokumentteja nyt antaa sivun osumien määrä.
• Parannettu tuki yleisnimet rakenteeltaan-to-nimen ja nimi-to-rakenne. Yleinen tuki nimi tuonti kasvoi noin 5% yhteisiä ja 10% järjestelmälliseen nimiä. Muuntaminen nopeus on kasvanut noin 20%.
• JChem ja Marvin Pavut asentajat Windows myös poimia shell script cygwin.
• Säilytä exocycyclic ryhmien Bemis-Murcko puitteissa.
• Halogeeni voi olla enemmän kuin yksi liitäntä aikana luettelointia.
• Aromaattinen joukkovelkakirjoja pidetään aikana laskettaessa kaksoissidoksia homologialle omaisuutta tarkkailun.
• Lasso valinta voidaan asettaa olemaan oletuksena MSketchPane (aiheen).
• Uusi toiminto, isChiral on lisätty TopologyAnalyzer.
• Uusi chmical Ehdot toiminnot: isQuery (), fieldAsString ().
• Bugikorjauksia:
• Nimi-ruutuun ei päivitetty sen jälkeen, kun ryhmä luomisen koska luoda ryhmä ei lisätä kuvaajan invariantti muutos count (aiheen).
• MarvinSketch sovellus ei ymmärrä & quot; - {name} & quot; komentoriviparametri.
• Kun Rakenne & gt; Etsi jäsentää verkossa valikosta vedottiin Linuxissa, oletusselain ei havaittu näyttää tuloksen (aiheen).
• lastaus isotopes.data tiedoston java välimuistista epäonnistunut, jos sen pakkaamatonta versio tallentuvat välimuistiin (eli jos ressoimaton tehtiin automaattisesti palvelimelle eikä Marvin). Forum topic, dokumentointi.
• Graafiset objektit eivät näy Geometry Plugin tulosikkunassa.
• elektroneja virtaus nuoli, sininen laatikko korostamisessa jäätiin (aiheen).
• Ligand järjestystä ei näy telineen jos määritelmiä poistettiin, vaikka & quot; aina & quot; näyttö vaihtoehto asetettiin & quot; Ligand tilaukset & quot; on valintaikkuna.
• indeksi monikeskustutkimus atomin tuli korruptoitunut jälkeen vientiä osaksi MDL Mol-muodossa, jos se oli liitetty R-ryhmä.
• Arrow kiinni suorakulmioita vaurioitui MRV tuonti / vienti (aiheen).
• Tuo 1-kirjain peptidi epäonnistui yhdellä Histidiini (aiheen).
• implisiittinen vetyä puuttui tuomalla päässä SKC.
• Null omaisuuden arvo MolAtom ei viedään / tuodaan sisään MRV-muodossa.
• Tuomalla tiettyjä SMARTS, väärä bond tyyppi määritettiin sijasta yhden tai aromaattisia sidos.
• Tietyt suluissa tuotu CDX tiedostoja piirretty ChemDraw näytettiin väärään suuntaan.
• SMARTS vienti: 1-atomi yksöissidos naapuri aromaattisen renkaan on viety yksöissidos sijasta yhden / aromaattinen.
• vieminen kyselyt linkki solmuun ja R-ryhmien SMARTS muodossa olivat virheellisiä.
• H-atomi käsittely oli epäselvä SMARTS ilmaisuja.
• Mol tiedosto kommenttikentässä tuonti epäonnistui.
• Tuominen tiettyjen HYMYT oli väärä (aiheen).
• Jos malli sisältää ketjun osa, joka voidaan sijoittaa kohde osana rengas (tai rengas järjestelmä) meidän pitäisi sivuuttaa, että osa mallin.
• Fine Hydrogenize mahdollisuus Clean3D ei erottaminen ryhmästä S-ryhmät automaattisesti (aiheen).
• Molecule.contractSgroups () sekaisin molekyylin koordinaatit (aiheen).
• Explicit vetyä ei otettu asianmukaisesti huomioon cis / trans stereokemiasta laskenta.
• tautomeeri generaattori heitti ArrayIndexOutOfBoundsException joissakin tapauksissa.
• Homology luettelointi tuotettu epäjohdonmukainen molekyylejä joidenkin VMN panos.
• Virheellinen maksu luottaa levittämisen jälkeen CovalentCounterion järjestelijä.
• lokimuodossa of StructureChecker komentorivin poikkesi Esitysmuoto ohjatun.
• ChiralFlagErrorChecker ei käsitellyt kiraalisuutta oikein. Laskemisen sijasta kiraalisuuden päässä pariteettidatan sitä käytetään toteutus perustuu isChiral menetelmä TopologyAnalyser.

Mitä uutta versiossa 5.4.0.1:

• Highlighting elektronin virtausnuolilla oli väärässä, kun pohja tai päätepiste oli sidos (aiheen).
• Serialized valikon asetukset eivät toimi.
• indeksi monikeskustutkimus atomin virheellisesti syntyvät MDL MOLFile viennin tapauksessa rakenteissa, joissa R-ryhmä oli kytketty monikeskustutkimus atomin (asema vaihtelu joukkovelkakirjalainat).
• implisiittinen vetyä puuttui atomien tuonnin jälkeen tai liitä rakenteiden ISIS / SYMYX Sketch tiedostomuoto (SKC tiedostomuoto).
• CDX-tiedostoja myös käännetyssä graafiset objektit viedään vanhoja versioita ChemDraw ei voitu tuoda.
• tautomeeri laskenta
• Generic tautomeeri ollut ainutlaatuinen niin joissakin tapauksissa. Johtuen fix, geneerinen tautomeeri tarjotaan aromaattinen muodossa.
• Canoncical tautomeeri laskenta on paransi fix on dearomatisointi.
• Tietyt rakenteet nimenomaisen vedyllä yhdistetty kiilasidos antoi poikkeus aikana geneeristen tautomeerimuotoja.
• Volume laskenta puuttui cxcalc.
• Rakenne Checker heitti NullPointerException sijaan unohdetaan virheellinen asetustiedosto.