The Chemistry Development Kit

Software kuvakaappaus:
The Chemistry Development Kit
Ohjelmiston tiedot:
Versio: 1.5.13 Päivitetty
Lähetyksen päivämäärä: 26 Apr 16
Kehittäjä: The CDK Project
Lupa: Vapaa
Suosio: 36

Rating: 3.7/5 (Total Votes: 3)

Chemistry Development Kit (tunnetaan myös nimellä CDK) on alustasta riippumaton, vapaasti levitettävissä ja avoimen lähdekoodin kirjaston ohjelmistojen toteutettu Java ja suunniteltu erityisesti rakenteellisten bioinformatiikan, cheminformatics ja laskennallisen kemian.

Hanke koostuu erilaisia ​​hyödyllisiä algoritmeja ja tietorakenteita räätälöityä ohjelmoijille, jotka haluavat säästää paljon aikaa ja vaivaa kierrättämällä koodin. Kemian Development Kit ei ole suunniteltu käytettäväksi loppukäyttäjien.


Ominaisuudet yhdellä silmäyksellä

Tärkeimpiä ominaisuuksia ovat tuki lukemiseen ja kirjoittamiseen kemiallisia tiedostomuotoja, tuki tekee kemiallisia rakenteita, tuki QSAR (Quantitative Structure & ndash; aktiivisuutta Relationship) kuvaajia sekä sisäänrakennettu algoritmit tukemiseksi kemiallisen Graafiteoria.

Alla, sovellus jaetaan valmiiksi rakennettu binäärejä JAR tiedostomuodossa. Käyttää sitä projektin, yksinkertaisesti lataa viimeisin vakaa versio Softoware linkin yllä, jossa voit myös löytää ohjelma & rsquo; s lähde tarball.

Ohjelmoijat löydät yksityiskohtaista tietoa siitä, miten kääntää ohjelman lähteistä, kuinka ajaa erilaisia ​​testejä sekä kuinka käyttää sitä muissa ohjelmissa README.txt tiedosto, joka sijaitsee sisällä tar.gz arkisto.


Pinnan alla ja tukee käyttöjärjestelmät

Kun tarkastellaan konepellin alle CDK (Chemistry Development Kit) ohjelmisto, voimme mainita, että se on kirjoitettu kokonaan Java-ohjelmointikielellä.

Tällä hetkellä se on täysin yhteensopiva 32-bittinen ja 64-bittinen makuja GNU / Linux, Microsoft Windows ja Mac OS X käyttöjärjestelmissä. On kuitenkin pitäisi toimia tahansa käyttöjärjestelmä tukee Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; ja Java Development Kit (JDK) & nbsp; teknologioita.

Mikä on uusi tässä julkaisussa:

  • muodollinen varaus on IAtomcontainer on siirretty IMolecularFormula
  • Kiinteä vika 2787332 Vanha bond array Gasteiger vastaava laskelma asetettiin
  • Päivitetty korjata vian 2788357 SMARTSQueryTool nyt saaliit TokenMgrError että raken
  • Lisätty uusi taglet käsitellä cdk.githash tag ja linkki Javadocs lähteisiin Gitissä repo
  • Päivitetty cdk.svnrev tunnisteita cdk.githash tunnisteet
  • Bug_2787332. Lisätty testi Triklosaani molekyyli (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Poistettu vanhentuneet renderöijä koodi: joko käyttää cdk--1.0.x tai jchempaint-ensisijainen
  • Lisätty testi vian 2786624 on jäsennin testisarja
  • Lisätty linkkejä PMD sivuille
  • Lisätty linkki JUnit tilastot
  • Lisätty luettelo luokat moduuli, jossa on linkit yö @ Pele
  • Lisätty perustettu luomiseen moduulin HTML-sivuja
  • Lisätty perustettu luomiseen moduulin HTML-sivuja

Mikä on uusi versiossa 1.5.10:

  • muodollinen varaus on IAtomcontainer on siirretty IMolecularFormula
  • Kiinteä vika 2787332 Vanha bond array Gasteiger vastaava laskelma asetettiin
  • Päivitetty korjata vian 2788357 SMARTSQueryTool nyt saaliit TokenMgrError että raken
  • Lisätty uusi taglet käsitellä cdk.githash tag ja linkki Javadocs lähteisiin Gitissä repo
  • Päivitetty cdk.svnrev tunnisteita cdk.githash tunnisteet
  • Bug_2787332. Lisätty testi Triklosaani molekyyli (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Poistettu vanhentuneet renderöijä koodi: joko käyttää cdk--1.0.x tai jchempaint-ensisijainen
  • Lisätty testi vian 2786624 on jäsennin testisarja
  • Lisätty linkkejä PMD sivuille
  • Lisätty linkki JUnit tilastot
  • Lisätty luettelo luokat moduuli, jossa on linkit yö @ Pele
  • Lisätty perustettu luomiseen moduulin HTML-sivuja
  • Lisätty perustettu luomiseen moduulin HTML-sivuja

Mikä on uusi versiossa 1.2.2:

  • Kiinteät linkit. Optimaalinen, koska polku on edelleen hardcoded yhteen Nightly esimerkiksi mutta meillä ei ole XML puitteet vielä tiivistää asioita yli kaiken Nightlies (käynnissä
  • Päivitetty versionumero
  • Lisätty testi varmistaa IAtomContainers ei salaa kautta IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
  • Päällekirjoitetaan addAtomContainer (IAtomContainer, double) myös heittää IllegalArgumentException kun ei-IMolecule johdetaan
  • Nyt heittää IllegalArgumentException kun se yritti tallentaa IAtomContainer joka ei ole IMolecule
  • Lisätty yksikkö testi # 2784182
  • uusi testi reserpiinillä
  • Lisätty taglets päänvientijärjestelmien turvallisuudesta
  • Kun yksi atomi tai vähemmän, määrittelemme sen liittää, koska ei ole eristämistä tarvita (korjauksia # 2784209, NullPointerException on IAtomContainer ilman atomien)
  • Lisätty yksikkö testi vika # 2784209 nykyisin ei
  • Lisää poistaminen nimenomaisen org.openscience.cdk pakettien nimistä: heittää lausekkeita
  • Lisää poistaminen nimenomaisen org.openscience.cdk pakettien nimistä
  • Lisää poistaminen nimenomaisen org.openscience.cdk pakettien nimistä: Uusien org.openscience.cdk.Foo () puhelut
  • Poistettu nimenomaisen org.openscience.cdk.interfaces paketit nimet (korjaukset # 2783549)
  • Poistettu nimenomaisen pakettien nimistä, hyväksi tuonnin varten org.openscience.cdk että datadebug moduulin (korjaukset # 2783549)
  • Poistettu nimenomaisen pakettien nimistä, hyväksi tuonnin varten org.openscience.cdk datan moduuli (korjaukset # 2783549)
  • purkautuminen rekursion vaihtoehdon AllRingsFinder
  • Louhinta merkkijono alkuaine kaava maksu.
  • Louhinta merkkijono alkuaine kaava maksu.
  • Säädin massa, kun se on pois alueella
  • Päivitetty älykkäästi lisätä H: t on PLANAR3 N, korjaa vian 2781199
  • Lisätty koetinkivi bug 2781199
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch nyt myös root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch nyt myös root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch nyt myös root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch nyt myös root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch nyt myös root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch nyt myös root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch nyt myös root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch nyt myös root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch nyt myös root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch sisältää nyt root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch sisältää nyt root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch sisältää nyt root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch sisältää nyt root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • puhelut CDKException rakentajalle kuluessa tehdystä catch sisältää nyt root poikkeus säilyttää kutsupinon
  • Lisätty yksikkö testi varmistamaan SD kentät luetaan kaikki molekyylit
  • jakaa testi
  • uusia tiedostoja
  • enemmän testit KML lukeminen
  • Lisätty yksikkö testi # 1848591: virheellinen Murcko puitteet
  • Kiinteät valettu, poistaa tarpeettomat koko paketin nimi
  • Lisätty yksikkö testi # 2692107
  • Kiinteä typo: puuttuva 's'

Mikä on uusi versiossa 1.2.1:

  • Kiinteä vika 2714283, joka oikein heittää poikkeus, kun renkaita ei ole suljettu kunnolla. Jos rengas ei ole suljettu asianmukaisella renkaan numeron, InvalidSmilesException heitetään. Ottelut Daylight käytös
  • Kiinteä vika 2729120 ja lisätään yksikkö testi
  • Päivitetty kommentti korjata vian 2768643.
  • osittainen korjaus vian 2719237. Valmistettu getBondOrderSum staattinen, lisäsi yksikkö testi se
  • Typo: proteinl - & gt; proteiini
  • Valmistettu luokka yleisölle, Unbreak lisäämällä se rakentaa / *. Javafiles
  • Osittain kiinteä SMARTS vastaavia varten R0. Päivitetty kohdemolekyyli alustus nimenomaan osoittamaan atomien ei renkaassa ja päivitettiin RingMembership atomi tehdä nimenomainen tarkastusta R0 on määritetty. Osittain korjaa vian 2587204
  • Kiinteät kyseenalainen tasa testi. Yksityinen menetelmää tarkkailun Double esineiden kautta viitaten. Toimi hienosti, kun he olivat nolla. Epäonnistuu, kun meidän täytyy verrata arvon mukaan. Koodi on päivitetty ottamaan sen huomioon. Lisätty yksikkö testi (ja tehnyt menetelmä suojattu niin, että se voidaan testata)
  • Lisätty testausmenetelmä huomautusta. Täydentää kattavuus data moduuli
  • refactored ChiIndexUtils tehdä paketti yksityinen. Siivoaa julkinen API, koska se käyttää vain chi avainsana koodin. Päivitetty kaikki riippuvaisia ​​luokissa. Siirretty testauskoodin (joka on täytettävä vuonna!) Ja
  • Code siivousurakkansa ChiIndexUtils. Muunnettu 1,5 sanontojen
  • Clean up PathTools ja lisätään testausmenetelmä merkintä, jotta ydin peittyy
  • Kiinteä edellisen sitoutuvat muokata cdk.keyword linja, ei cdk.module rivi
  • Johdonmukaisemmat avainsanat
  • Lisätty testi varmistaa, että kokonaisluku esineet verrataan arvon sijasta viite
  • Lisätty testitapauksena tarkistaa, että atomin kontti vertailuissa ovat oikein käytettäessä deserialized esineet
  • Kiinteät IntegerDifference jotta se todella tarkastaa kokonaisluvun arvo sijaan viitetiedot Integer objekti. Korjaa ongelman, jolloin esineen sarjoittaa levylle ja sitten deserialized ei täsmää alkuperäisen objektin (eli ei tyhjä JM string)
  • Applied patch # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch lisätä removeReaction jotta reactionSet
  • Käytä käyttöliittymän sijasta toteuttamisesta
  • Poistettu käyttämätön tuonti
  • Käytä IAtomContainer sijasta IMolecule, koska varsinainen haku on käyttää IAtomContainers jo (korjaukset # 2686249)
  • Korjattu ClassCastException (korjaukset # 2685134)
  • Lisätty lähde attrib korjata rakentaa Ubuntu Deb
  • Kiinteät Help build system: käytä Doclet purkit develjar /; päivitetty uusia src kansioon src / main; poistaa hyvin vanhentunut käyttö rt.jar
  • Poistettu libdepends sisältävät testi-ioformats, joka ei oikeastaan ​​ole libdepends
  • Päivitetty niin, että jos tavoite atomi ei ole symbolia (kuten pseudo atomit) ottelun palauttaa false (sijasta NPE)
  • Kiinteät asianmukaista käsittelyä #n SMARTS querys
  • Lisätty koetinkivi bug 2686473
  • Lisätty huomautus Ant 1.7.1 vaaditaan
  • Korjattu nonyylifenolietoksylaattia lähde: 'null == 2 "aiheuttaa poikkeuksen, niin ensimmäinen testi nullness
  • Kiinteät tekijänoikeus 2009
  • Kiinteät kahtena varastointiin layout malleja, jotka vain kuuluvat että SDG moduulissa, ei ylimääräistä moduulia liian
  • Yhdistä haara "local1.2" of ../../ git-svn / cdk

Mikä on uusi versiossa 1.2.0:

  • Korjaa muutama SMARTS jäsentämiseen ongelman käyttämällä kahta -kirjain symboleja ja IPseudoAtom että Fingerprinter, ja lisää 4 uutta atomi määritelmien, jodin ja rikin.

Mikä on uusi versiossa 1.1.5:

  • Enimmäkseen korjauksia.

Mikä on uusi versiossa 1.1.4:

  • enimmäkseen pieniä bugikorjauksia.

Mikä on uusi versiossa 1.1.1:

  • Enimmäkseen pieniä korjauksia ja yleinen koodi siivota.

Mikä on uusi versiossa 1.1.0:

  • Monet, monet muutokset.

Vaatimukset

  • Java 2 Standard Edition Runtime Environment

Vastaavia ohjelmistoja

Razi
Razi

11 May 15

Mychem
Mychem

14 Apr 15

ProtoFit
ProtoFit

3 Jun 15

Kommentit The Chemistry Development Kit

Kommentteja ei löytynyt
Lisää kommentti
Ota kuvia!