Biopython

Software kuvakaappaus:
Biopython
Ohjelmiston tiedot:
Versio: 1.65
Lähetyksen päivämäärä: 1 Mar 15
Lupa: Vapaa
Suosio: 439

Rating: 5.0/5 (Total Votes: 1)

Kehitetty kansainvälinen tiimi kehittäjät se jaetaan yhteistyönä kehittämään Python kirjastoja ja hakemukset, joissa käsitellään nykyisten ja tulevien teosten bioinformatiikan.

Mitä uutta tämä julkaisu:

  • Bio.Phylo nyt puukonstruktion ja konsensus moduuleja, mistä on GSoC työtä Yanbo Ye.
  • Bio.Entrez nyt automaattisesti ladata ja välimuistiin uusia NCBI- DTD-tiedostot XML jäsentämiseen alle käyttäjän kotihakemiston (käyttämällä ~ / .biopython Unix tyyppisissä järjestelmissä, ja $ APPDATA / biopython Windows).
  • Bio.Sequencing.Applications sisältää nyt kääre samtools komentorivityökalua.
  • Bio.PopGen.SimCoal tukee nyt myös fastsimcoal.
  • SearchIO hmmer3-teksti, hmmer3-välilehti ja hmmer3-domtab tukevat nyt lähtö hmmer3.1b1.
  • BioSQL voivat nyt käyttää mysql-liitin paketti (saatavana Python 2, 3 ja PyPy) vaihtoehtona MySQLdb (Python 2 vain) yhteyden MySQL-tietokantaan.

Mitä uutta versiossa 1.63:

  • Nyt käyttää Python 3 tyyliin sisäänrakennettu ensi toiminto paikka Python 2 tyyliä iterators 'nojalla.Jatkotoimet () menetelmä.
  • Nykyinen versio poistetaan vaatimus 2to3 kirjasto.

Mitä uutta versiossa 1.62:

  • ensimmäinen julkaisu Biopython joka virallisesti tukee Python 3.

Mitä uutta versiossa 1.60:

  • Uusi moduuli Bio.bgzf tukee lukemisen ja kirjoittamisen BGZF tiedostoja ( Estetyt GNU zip-muodossa), variantti GZIP tehokas random access, yleisimmin käytetty osana BAM tiedostomuoto ja tabix.
  • GenBank / EMBL parseeraaja nyt antaa varoituksen tunnistamaton ominaisuus paikoissa ja jatkaa jäsentämiseen (jättäen ominaisuus sijainti kuin mitään).
  • Bio.PDB.MMCIFParser on nyt koottu oletuksena (mutta ei vielä ole käytettävissä Jython, PyPy tai Python 3).

Mitä uutta versiossa 1.59:

  • Uusi moduuli Bio.TogoWS tarjoaa kääre TogoWS REST API.
  • NCBI Entrez Nouda toiminto Bio.Entrez.efetch on päivitetty käsittelemään NCBI: n tiukempaa käsittelyä useita ID väitteitä EFetch 2.0.

Mitä uutta versiossa 1.58:

  • Uusi käyttöliittymä ja jäsentimet varten PAML (Fylogeneettinen analyysi Suurin todennäköisyys) ohjelmapaketti, tukevat codeml, baseml ja yn00 sekä Python uudelleen täytäntöönpanon Chi2 lisättiin Bio.Phylo.PAML moduuli.
  • Bio.SeqIO sisältää nyt lukea tuen ABI tiedostot (& quot; Sanger & quot; kapillaari sekvensointi jäljittää tiedostoja, jotka sisältävät nimeltään peräkkäin PHRED ominaisuuksia).
  • Bio.AlignIO & quot; fasta-M10 & quot; jäsennintä päivitettiin selviytymään merkkiviivojen käytetty Bill Pearsonin FASTA versio 3.36.

Mitä uutta versiossa 1.57:

  • Biopython voidaan nyt asentaa pip.

Mitä uutta versiossa 1.56:

  • Bio.SeqIO moduuli on päivitetty tukemaan proteiinia EMBL tiedostot (käytetään patenttien tietokantaan), IMGT tiedostoja (variantti EMBL tiedostomuoto, jossa apua Uri Laserson), ja UniProt XML-tiedostoja.

Mitä uutta versiossa 1.55:

  • paljon työtä on ollut kohti Python 3 tuki (kautta 2to3 käsikirjoitus), mutta ellemme hajosi jotain sinun ei pitäisi huomata mitään muutoksia.
  • Mitä uusia ominaisuuksia, selvimmin kohokohta on, että komentorivi työkalu sovellus kääre luokat ovat nyt suoritettavan, joka olisi paljon helpompaa soittaa ulkoisia työkaluja.

Vaatimukset :

  • Python 2.6 tai uudempi

Vastaavia ohjelmistoja

Apache SIS
Apache SIS

10 Feb 16

Apache cTAKES
Apache cTAKES

20 Jul 15

CodeCop
CodeCop

28 Feb 15

Euphorie
Euphorie

12 Apr 15

Kommentit Biopython

Kommentteja ei löytynyt
Lisää kommentti
Ota kuvia!