Genominlaajuisten mRNA profilointi luodaan katsaus globaalin tilan solujen eri olosuhteissa. Kuitenkin mRNA tasot eivät anna suoraa ymmärrystä ylävirran sääntelymekanismeja. Expression2Kinases (X2K) on uusi lähestymistapa tunnistaa alkupään sääntelyviranomaisten todennäköisesti vastuussa havaitusta muutosten genominlaajuisten geenin ilmentymistä. Integroimalla ChIP-kohdat / siru ja asema-paino-matriisit (pulssinleveysmodulaattorit) data, proteiini-proteiini vuorovaikutusten, ja kinaasi-alustan fosforylaation reaktiot X2K voidaan käyttää tunnistamaan sääntelymekanismeja ylävirtaan genominlaajuisten eroja geenien ilmentyminen. Ajatuksena on ensin päätellä todennäköisin transkriptioon, joka säätelee erot geeni-ilmentymisen, sitten käyttää proteiini-proteiini vuorovaikutusten liittää tunnistettu transkriptiotekijöiden käyttäen muita proteiineja rakentaa transkription sääte- aliverkkoihin keskittyy näihin tekijöihin, ja lopuksi käyttää kinaasi-substraatti proteiinifosforylaation reaktiot, tunnistaa ja sijoitus ehdokas proteiini-kinaasien, että todennäköisesti säädellä muodostumista todettu transkription komplekseja. X2K sisältää myös työkaluja tehdä geeni-listan rikastamiseen analysoi ja ennustaa lääkkeitä, jotka voivat kääntää tai pahentaa muutoksia geenien ilmentyminen. X2K lähestymistapa voi edistää ymmärrystämme solujen signalointi ja purkaa huumeiden vaikutusmekanismeja.
vaatimukset
Java Runtime Environment 6.0
Kommentteja ei löytynyt