relax

rentoutua on avoimen lähdekoodin ja levittää vapaasti ohjelmistoprojektin joka on suunniteltu opiskeluun molekyylidynamiikan analysoimalla kokeellinen NMR-tulokset, joka tukee orgaaniset molekyylit, RNA, proteiinit, sokerit, DNA, ja monet muut biomolekyylien.

rentoutua tukee useita NMR teorioita, toteuttaa erilaisia ​​tietoja analyysityökaluja moduuleista, ja se voi käyttöliittymä muiden ohjelmien, kuten Dasha ja Modelfree. Lisäksi se tukee monenlaisia ​​NMR teorioita, sisältää useita tietojen analysointi työkaluja, jonka avulla käyttäjät voivat visualisoida tietoja, sekä vuorovaikutuksessa muiden ohjelmien kanssa.

Huolimatta siitä, että hakemus on sekä CLI (Command-line Interface) ja GUI (graafinen käyttöliittymä) etupään useita kolmannen osapuolen graafisia käyttöliittymiä (GUI) olemassa rentoutua.

Niistä tuettuja analyysien, rentoutua voi käsitellä rentoutuminen hajonta, johdonmukaisuus testaus useita alan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) rentoutumista tiedot, N-tilamalli ja runko järjestys, malli-vapaa analyysi, R1 ja R2, NOE, RSDM (Alennettu Spectral Density Mapping) sekä stereokemia tutkimuksiin.

Jotta automatisoida data-analyysi prosessi, on mahdollista luoda hyvin monimutkaisia ​​skriptejä käyttämällä rakennuspalikoita. Tätä varten kehittäjät tarjoavat erilaisia ​​mallikomentosarjat joka auttaa ymmärtämään käsikirjoituksen rakenne ja helpommin luoda omia.

Katse konepellin alle, voimme huomata, että ohjelma on kirjoitettu kokonaan Python-ohjelmointikielellä ja käyttää cross-platform Qt GUI Toolkit sen graafinen käyttöliittymä, mikä tarkoittaa, että se toimii Linux, Microsoft Windows ja Mac OS X käyttöjärjestelmissä.

Sovellus on ladattavissa binary arkistojen monille GNU / Linux-käyttöjärjestelmissä, tukee sekä 32-bittinen (x86) ja 64-bittinen (x86_64) käskykannan arkkitehtuurit sekä lähteenä tarrapallon.

Mikä on uusi tässä julkaisussa:

• Ominaisuudet:
• Monia parannuksia kokoamista varten HTML version rentoutua käsikirjan.
• Päivitetty rentoutua poistamaan kaikki FutureWarnings alkaen numpy & ge; 1.9, tulevaisuuden kestävä rentoutua vastaan ​​tulevista numpy käyttäytyminen muuttuu.
• Kyky käsitellä monistaa R2, eff datapisteitä jonka relax_disp.r2eff_read käyttäjä toiminto, mutta lisäämällä 0,001 taajuuden arvo jäljitellä piste.
• Uusi mallikomentotiedoston lastaus malli-vapaa file ja back-laskemalla rentoutuminen data.
• parannukset käsittelyä varten ATE rakenteellisia tietoja.
• toteuttaminen structure.pca käyttäjätoiminnolla suorittamiseksi periaatteesta komponentin analyysit (PCA) on kokonaisuus rakenteita.
• Lisätään käsikirjoituksen nopean käyttöönoton Google Cloud Computing infrastruktuuria.
• Muutokset:
• Fix jäykän ruutujärjestys mallin 2. asteen ruutujärjestys matriisi käsikirjassa. Väärä symboli oli käytössä.
• Poistettu newparagraph ja newsubparagraph määritelmät lateksista käsikirja. Nämä aiheuttivat ristiriitoja latex2html estäen HTML version Käsin koostettaessa. Nämä määritelmät ovat tarpeettomia nykyiselle perustamiseen Leikkausvaiheen käsikirjassa.
• Modified lyhyellä kuvatekstit uudessa kehyksessä malleja oppaan luvussa. Riimu A> Z merkki on korvattu yksinkertaisesti "Daeg". Tämä johtuu ristiriitojen latex2html joka estää HTML Käsin koostettaessa.
• poistaminen määritelmän tasalevyisellä taulukon sarake LaTeX käsikirjan johdanto. Tämä on tarpeen, koska määritelmä tauot latex2html yhteensopivuus, mikä aiheuttaa korruptiota kuvassa numerointi tuloksena kuvien HTML olevan olennaisesti satunnaistettiin.
• poistaminen aksentti paketin, jotta HTML-opas laaditaan. Aksentit LaTeX paketti ei ole yhteensopiva latex2html, joten helpoin korjaus on poistaa paketin.
• Manuaalisesti kierretty runko järjestyksessä matriisin elementti EPS käsikirja lukuja, sillä latex2html yhteensopivuus. '90 Kääntö "komento on poistettu Rajausalue ionivaihdettua kuin a b c d - & gt; b -c d -a. Tämä mahdollistaa kulma argumentti on includegraphics {} komentoa pudotetaan, koska latex2html ei tunnista tätä. Sen avulla luvut näkyä HTML versio käyttöoppaasta.
• Uudelleensuunnittelu kehyksen järjestysparametrista sarjapöytä käsikirjassa varten latex2html yhteensopivuuden. Taulukossa käyttää tikz paketti, joka on kohtalokasta latex2html, vaikka ei käytetä. Siksi taulukon docs / latex / frame_order / parameter_nesting.tex tiedosto on muunnettu erillisenä LaTeX luoda Rajattu postscript versio tikz muotoiltu taulukossa. Kokoelma käsikirjoitus on lisätty samoin. Tuloksena * .ps tiedosto on nyt sisällytetty PCS numeerinen integrointi jakso, pikemmin kuin tässä jaksossa luomaan tikz taulukossa. Kaikki tikz johdanto teksti on poistettu, jotta latex2html juosta.
• Kiertotapa latex2html ei pysty käsittelemään allrunes paketti tai siihen fontti. Lisätään johdanto htmlonly ympäristö, kehys järjestys symbolit uudelleen käyttämällä tekstiä 'Daeg "sijasta riimu merkin A> Z.
• Korjauksia sub ja yläindeksit oppaassa. Tämä esittelee {} ympärillä kaikki sub ja yläindeksinä textrm {} tapauksissa. Tätä ei tarvita PDF versio käyttöoppaasta kuin puuttuva kannatin ongelma vältetään, mutta se vaikuttaa HTML versio käyttöoppaasta kokoama latex2html, mikä edellyttää oikea merkintätapa. Korjaukset ovat sekä uusi ruutujärjestys luku sekä rentoutumista hajonta luku.
• muokkaaminen ja korjauksia rentoutua 4.0.0 osa MUUTOKSET tiedosto.
• Päivitetty ja parannettu wiki ohjeita rentoutua release tarkistuslistan asiakirja.
• yksi wiki opastusta tarkistamalla kuolleita linkkejä vapauttaa tarkistuslistan asiakirja.
• Lisää pieniä muutoksia "ilmoitus" osan julkaisun tarkistuslistan asiakirja.
• Päivitetty komentotulkkiskripti löytää monistaa nimikkeitä LaTeX tiedostojen manuaalisen.
• muunnettu kahtena otsikko löytää komentotulkkiskripti osaksi Python-ohjelmaa. Python käsikirjoitus on paljon kehittyneempi ja käyttää eri logiikkaa tuottaa taulukon monistaa nimikkeitä ja niiden määrä. Käsikirjoitus myös palauttaa epäonnistunut poistumistila kun toistojen olemassa.
• muunnettu jäljiteltävän otsikko löytää Python script käyttää luokan rakenne. Tämä mahdollistaa käsikirjoitus tuotava moduulina. Rinnakkaismääritysten havainto on siirtynyt osaksi find () luokka menetelmällä.
• nimettiin rinnakkaisten otsikko löytää script.
• Poistettu kaksoiskappale LaTeX otsikko löytää komentotulkkiskripti. Tämä on nyt hoitaa paljon kehittyneempi Python script.
• Scons kokoamista PDF ja HTML oppaita nyt tarkistaa toistensa kopioita otsikot. Uusi replicate_title_check tavoite on lisätty scons skriptejä. Tämä kutsuu löytö () menetelmää rinnakkaisten LaTeX otsikko havainto script selvittää, onko nimikkeitä on rinnakkaiset, ja jos niin scons kohdistaa palaa kanssa sys.exit (1) puhelu. Tämä tavoite on asetettu alkua user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons tavoitteita. Tuloksena on, että käsikirja ei voida laatia, jos rinnakkaisia ​​otsikot ovat olemassa, pakottaa otsikot muutettava. Tuloksena on, että HTML-sivut ovat kaikki ainutlaatuisia, koska monistaa otsikot johtaa vain yksi HTML-sivulle luodaan kaikille kohdat.
• eliminointi monistaa otsikot LaTeX lähteistä, että uusi kehys järjestyksessä lukujen käyttöön.
• poistaminen vanhan monistaa otsikko LaTeX lähteistä käsin. Tämä on otsikko "malli-free-analyysi", jota käytetään koko analyysin lukua sekä mallin vapaa analyysi osan arvoista, kaltevuudet ja Hessians optimointiin luvussa.
• Korjaukset ja parannettu tulosteita varten replicate_title_check scons kohde.
• Päivitetty kaikki rentoutua suojaamaan tulevaisuudessa tapahtuvista muutoksista numpy Python paketti. Alkaen numpy versio 1.9, The FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: verrattuna `None` seurauksena on alkioittain esineen vertailu tulevaisuudessa. nähdään suuri osa kaikista rentoutua käyttäjätunnuksen toimintoja. Tämä on kiinni ja muuttui RelaxWarning joissa on sama viesti. Kysymys on, että käyttäytyminen vertailuoperaattoreita == ja! = Muuttuu tulevaisuudessa numpy versioihin. Nämä on korvattu on ja ei ole koko rentoutua koodin perusta. Muutoksia on myös tehty minfx ja bmrblib paketteja vastaamaan.
• Lisää tulevaisuudessa suojan numpy muutoksia. FutureWarning on `rank` on vanhentunut; Käytä `ndim` attribuutti tai toiminnon sijasta. Löytää listalla matriisin katso `numpy.linalg.matrix_rank`. Siksi N-tilamalli kohdefunktiota menetelmä paramag_info () on päivitetty käyttämään .ndim määrite ja pidempi käyttö numpy.rank () funktio.
• Luotu Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids järjestelmän testaus. Tämän tarkoituksena on kiinni bug # 23933, The "NameError: globaali nimi 'ids" ei ole määritelty "ongelma lastattaessa rentoutumista tietoja. Typistettyä versiota ATE tiedoston ja rentoutumista tiedot, täydelliset versiot, jotka on kiinnitetty vikailmoituksessa joka koostuu ainoastaan ​​jäämiä 329, 330, ja 331 on lisätty testisarja jaettuja tietoja hakemistojen, ja järjestelmän testaus kirjoitetaan saalis NameError.
• Päivitetty Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids järjestelmän testaus kiinni RelaxMultiSpinIDError. Tämä mahdollistaa järjestelmän testi siirtää, koska RelaxMultiSpinIDError odotetaan.
• Päivitetty minfx ja bmrblib versioita julkaisun tarkistuslistan asiakirjan 1.0.12 ja 1.0.4. Tämä on poistaa numpy FutureWarning viestejä valituiksi == Ei mitään ja =! Ei mitään vertailuja numpy tietorakenteita, joka tulevaisuudessa muuttuu käyttäytymistä.
• kasvatti GNA! uutinen otsikointikäskyt syvyys vapautumista tarkistuslistan asiakirja.
• laajennettu kuvauksen sequence.attach_protons käyttäjätoiminnolla. Tämä johtuu http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Lisätty lähtötietoina Testitietoja Paul Schanda. Tämä osoittaa, että on olemassa useita mahdollisuuksia parantaa R2, eff kohta menetelmä.
• Lisätty Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 järjestelmän testaus. Tämä saalis lainaavat Nan arvoista.
• Valmistettu lisätarkistuksen järjestyksessä käsittelyssä, että nan arvot ohitetaan.
• Varmista, että toistettu 4000 Hz pisteen 950 MHz kokeilu ei korvata.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 järjestelmän testaus, lisätään testi laskemalla R2, eff arvot. Tämä osoittaa, että jäljitellä R2, eff 950 MHz / 4000 Hz kohta korvataan. Yksi ratkaisu voisi olla vaihtaa hajonta taajuutta hyvin vähän, jotta lisääminen datapisteen.
• Lisätty lisätestejä Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Tämä osoittaa, että jäljittelee R2, eff arvot ei hoidettu hyvin.
• funktio r2eff_read tietojen moduuli hajonta, lisätään mahdollisuuksia lukea R2, eff arvot, jotka monistaa. Tämä tehdään ensin tarkistaa, jos hajonta avain olemassa R2, eff sanakirja. Jos sellainen on, edelleen lisätä 0,001 taajuutta kunnes uusi mahdollisuus on olemassa. Tämän pitäisi auttaa käsittelemään useita R2, eff pistettä, erillisinä arvoja eikä minkään päätöstä keskimäärin niitä.
• Lisätty odotuksia herättämään rentoutua virhe, jos yrittää piirtää ja ei mallia tiedot tallennetaan.
• kohottaminen virheen, jos piirtämistä hajonta käyrät, eikä malli tallennetaan.
• Muuttunut esimerkiksi käsikirjoituksen analysointiin.
• Laajennettu Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 järjestelmän testaus sisällyttää automaattinen analysointi ja aihekokonaisuuksien sopii. Tämän pitäisi osoittaa, että analyysi on nyt mahdollista.
• Lisätty väliaikainen tila ja käsikirjoituksen GUI setup tietojen Paul Schanda.
• Lisätty Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI testi. Tämä osoittaa, että lastaus tila luo ongelmia. Jäljitys (viimeisin puhelu viimeinen): Tyyppivirhe: int () argumentti on oltava merkkijono tai numero, ei "NoneType".
• Lisätty mallikomentotiedoston back-laskennassa rentoutumisen dataa malli-vapaa file. Tämä on hyödyllinen kun tulokset tiedostoa ei ole lopullinen malli, koska nämä tulokset tiedosto eivät sisällä back-laskettu data. Tämä on vastaus Christina Moller tuki pyyntöä # 3303.
• käyttäminen Garyn lib.float.isNaN () sijasta math.isnan (), on taaksepäin yhteensopivuus python 2.5.
• Fix kirjoitusvirhe ja dokumentointiin uutta käyttäytymistä relax_disp.r2eff_read, lukiessa R2, eff pistettä samalla taajuudella. Jos spin-astia sisältävät jo R2, eff arvoja "taajuus CPMG pulssin" tai "spin-lock kentän voimakkuus", taajuus muuttuu jonka äärettömän pieni arvo + 0,001 Hz. Tämä mahdollistaa kaksoiskappaleita tai useamman saman taajuuden.
• Modified sisärakenneosat kohde voidaan vaikuttaa vähemmän muodon ATE. ATE sarjanumero on nyt älykkäästi hoidetaan, että se palautuu 1, kun uusi malli on luotu. Nämä tiedot säilytetään edelleen tukemiseksi logiikan käsittelyyn CONECT kirjaa, ja poistuu tulevaisuudessa. Ketju ID informaatio ei enää tallennettu sisärakenneosat kohde, koska tämä tieto on rekonstruoida mukaan structure.write_pdb käyttäjätoiminnolla perusteella, miten sisärakenneosat objekti on luotu.
• Päivitykset Noe ja rakenne järjestelmän testaus luokat sisärakenneosat objekti muutoksia. Sarjanumerossa nyt nollata, ja ketju ID informaatio ei enää tallenneta.
• Lisätty tiedoston testisarja jaettua tietoa auttaa toteuttamaan PCA rakenneanalyysiin. Tämä on N-domeeniin CaM-IQ valmisteita käytettiin kehyksessä järjestyksessä analyysi. Se on ensimmäinen 5 rakenteita puhelun frame_order.distribute käyttäjätoiminnolla, jossa eri jäykän-elinten sulautui takaisin yhteen yhdeksi molekyyliin.
• Luotu structure.pca käyttäjätoiminnolla etuosa. Tämä on tällä hetkellä mallina structure.rmsd käyttäjätoiminnolla puitteissa.
• Basic toteuttamisesta structure.pca käyttäjätoiminnolla loppupäätä. Tämä on uusi PCA () funktio pipe_control.structure.main moduulin. Se vain tekee joitakin tarkistuksia, kokoaa atomikoordinaatteihin, ja antaa hallinnan rentoutumaan kirjastoon pca_analysis () funktio hetkellä toteuttamatta lib.structure.pca moduuli.
• osittainen toteutettu PCA analyysin rentoutua kirjastossa. Tämä on uuden structure.pca käyttäjä toiminto. Lib.structure.pca moduuli on luotu, ja pca_analysis () funktio on luotu laskea rakennetta kovarianssimatriisi kautta calc_covariance_matrix () funktio, ja sitten laskea ominaisarvo kovarianssimatriisin, lajittelu ja katkaisemiseksi, että haluttu määrä PCA tilat.
• Lisätty algoritmin ja num_modes argumentteja structure.pca käyttäjätoiminnolla. Nämä läpäissyt kaikki tiensä rentoutua kirjaston backend.
• toteutti SVD algoritmi PCA analyysi rentoutua kirjastossa. Tämä yksinkertaisesti vaatii numpy.linalg.svd ().
• PCA analyysi rentoutua kirjastossa nyt laskee kohti rakenteen ennusteet pitkin PC.
• PCA analyysi toiminto rentoutua kirjastossa on nyt palaamassa tietoja. Tämä sisältää PCA-arvojen ja vektorit, ja kohti rakenteen ennusteet.
• PCA arvot ja vektorit, ja kohti rakenteen ennusteet ovat nyt tallennettu. Tämä on structure.pca käyttäjätoiminnolla taustajärjestelmää pipe_control.structure.main moduulissa.
• Lisätty muotoa ja dir argumentteja structure.pca käyttäjätoiminnolla. Tämä on edessä ja takana päättyy.
• Muutettiin assemble_structural_coordinates () menetelmä palata lisätietoja. Tämä on peräisin pipe_control.structure.main moduuli. Luettelot boolean väite hyväksytään nyt joka aiheuttaa toiminnon lisäksi palauttaa objektin ID listan molekyyliä kohti, mallinumero lista molekyyliä kohti, ja molekyyli nimiluettelo molekyyliä kohti.
• structure.pca käyttäjätoiminnolla luo nyt kuvaajat PC ennusteita. Tämä sisältää PC1 vs. PC2, PC2 vs. PC3, jne.
• Lisätty Gromacs PCA tulokset distribution.pdb tiedostoa. Tämä sisältää kirjoitus avulla voidaan toteuttaa kaikki osat Gromacs ja kaikki Tulostiedostot.
• Päivitetty Gromacs PCA tulokset uusin 5.1.1 Gromacs version.
• Luotu alustavan Structure.test_pca järjestelmän testi. Tämä suorittaa uusi structure.pca käyttäjä toiminto, ja tarkistaa, onko tiedot tallennetaan cdp.structure.
• Parannettu kaavioita backend structure.pca käyttäjätoiminnolla. Käyrät ovat nyt ryhmitelty siten, että eri malleja saman rakenteen samat tiedot putkea ovat yhden kuvaaja asetettu. Käyrä otsikko on myös parannettu.
• Laajennettiin Structure.test_pca järjestelmän testi tarkistaa verrata arvot Gromacs.
• Painotettu keskimääräinen rakenne voidaan nyt laskea. Tämä on tarkoitettu calc_mean_structure () funktio rentoutua kirjaston moduuli lib.structure.statistics. Painot voidaan nyt toimittaa kunkin rakenteen mahdollistamiseksi painotetun keskiarvon laskemisen ja palauttaa.
• Lisätty tuki tarkkailija rakenteiden structure.pca käyttäjätoiminnolla. Tämä mahdollistaa osajoukko rakenteita käytetään PC analyysi nolla painoa niin, että nämä rakenteet voidaan käyttää vertailutarkoituksiin. Obs_pipes, obs_models, ja obs_molecules argumentit on lisätty käyttäjän toiminnon etuosa. Backend käyttää tätä luoda joukko painot kunkin rakenteen. Ja lib.structure.pca toiminnot käyttävät nolla painot poistaa tarkkailija rakenteita PC-tilan laskelmiin.
• Luotu Structure.test_pca_observers järjestelmän testaus. Tämä on testaamiseen uusi tarkkailija rakenteita käsite structure.pca käyttäjän toiminto.
• Parannettu tulosteita rentoutua kirjastosta pääkomponenttianalyysi. Tämä on pca_analysis () funktio lib.structure.pca moduulin.
• Korjaukset ja parannuksia kuvaajat tuottaman structure.pca käyttäjä toiminto. Nämä erilaiset nyt oikein luotu, ja nyt merkitty tonteista.
• lisääminen testaus käyttöön otettava käsikirjoituksen, nopean käyttöönoton Google Cloud Computing. Tämä on aiottua asentaa Ubuntu 14.04 LTS.
• Laajentaminen käsikirjoituksen asennusta.
• Operaattorin asennettavaksi toimintoja käyttöönottoprosentti script.
• jakaminen käyttöön script useisiin pieniin toimintoihin.
• Lisäämällä tarkkailun lausuntoja asentaa script.
• Kun hankinta skriptejä, useita toimintoja voidaan suorittaa sijasta.
• Lisätty tiloihin asentaa käsikirjoituksen paremmin tulostusta.
• lisääminen opetusohjelma script.
• Lisäämällä 2 opetusohjelma skriptejä.
• Fix pienten spin ID virhe opetusohjelma script.
• Luotu järjestelmä testi kiinni bug # 24131, The BMRB viennin epäonnistuminen, kun SpinContainer kohde ei ole S2 määrite ilmoituksen mukaan Martin Ballaschk.
• Muutettiin Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition järjestelmän testaus tarkistamassa RelaxError. Testitulokset on RelaxError, sillä tulokset rekisterissä ole valittu pyörii.
• Lisätty Mf.test_bug_24131_missing_interaction järjestelmän testaus kiinni toiseen ongelmaan. Tämä on osa bug # 24131, The BMRB viennin epäonnistumisesta SpinContainer kohde, jossa ei ole S2 arvoa. Kuitenkin edellisen fix ohita valittuna pyörii esitteli uuden ongelman rentoutua vielä etsivät atomienväliset vuorovaikutusten että valittu spin.
• Bugikorjauksia:
• Julkaistut nimikkeet HTML version rentoutua käsikirja, ja siten monistaa HTML tiedostojen nimet korvaa aiempia osia, on eliminoitu.
• Korjaa bug # 23933, The "NameError: globaali nimi 'ids" ei ole määritelty "ongelma lastattaessa rentoutumista tietoja. Vika otettiin käyttöön jo marraskuussa 2014 ja johtuu jossain puutteellinen virheenkäsittely koodia. Ongelmana on, että spin tyyppi että rentoutumista data kuuluu (@N vs. @H) ei ole määritetty. Nyt oikea RelaxMultiSpinIDError nostetaan. Tunnukset muuttuja ei ollut olemassa - se oli koodi, joka oli tarkoitus lisätä, mutta ei koskaan ollut ja unohdettiin.
• Fix CSA vakiona yhtälö mallissa vapaa oppaan luvussa. Tämä bongattiin Christina Moller ja raportoinut rentoutua-käyttäjien postituslistalle.
• Virheenkorjaus varastointiin XML rakenteellisen objektin tilassa ja tulokset tiedostoja. Aiemmin mitään esineitä lisätään cdp.structure (tai minkä tahansa rakenteen objekti) ei olisi pelastunut rakenteelliset objekti to_xml () menetelmä, ellei toimintoa nimenomaisesti muutettu tallentamaan että objekti. Nyt kaikki esineet hetkellä muunnetaan XML.
• Fix rentoutumista hajonta analyysi GUI, kuten kiinni, joita Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI testi. Kun kuormituksen käsikirjoituksen tila tiedoston arvo kukaan voi olla läsnä. Tämä on nyt asetettu vakioarvoja.
• Fix käynnissä rentoutua palvelimeen ilman graafinen näyttö ja käyttämällä matplotlib. Virhe havaittiin kanssa Relax_disp.test_repeat_cpmg järjestelmän testi. Ja virhe syntyy oli: QXcbConnection: Ei saatu yhteyttä näyttää. Keskeytetty (core polkumyynnillä). Backend matplotlib on muutettava. Tämä on esimerkiksi kuvattu: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display ja http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Modified käyttäytymistä bmrb.write käyttäjätoiminnolla taustakokeilua malli-vapaa analyysi (fix bug # 24131). Tämä on bmrb_write () menetelmä mallin vapaa analyysi API. Valittu pyörii nyt ohitetaan ja tarkastus on lisätty olla varma että spin tiedot on koottu.
• Toinen korjaus bug # 24131, The BMRB viennin epäonnistuminen, kun SpinContainer kohde ei ole S2 määrite. Nyt mitään tietoja on tallennettu BMRB tiedoston, jos malli vapaa malli ei ole perustettu spin. Tämä mahdollistaa testisarja siirtää.
• Virhekorjaus jotta Mf.test_bug_24131_missing_interaction järjestelmän testaus siirtää. Tämä on osa bug # 24131, The BMRB viennin epäonnistumisesta SpinContainer kohde, jossa ei ole S2 arvoa. Ongelmana oli koottaessa diffuusio tensor data. Spin_loop () funktiota kutsutaan, koska diffuusio tensor raportoidaan kaikista jäämiä. Siksi skip_desel = True on lisätty vastaamaan malliin vapaa osa.

Mikä on uusi versiossa 4.0.0:

• Ominaisuudet:
• Viimeinen, täydellinen, ja asianmukaista täytäntöönpanoa ruutujärjestys teorian opiskeluun jäykän rungon liikkeet. Tämä on tällä hetkellä analysointiin RDC ja PCS tietoja sisäisesti linjassa järjestelmiä.
• Muutokset:
• Poistaminen frame_order.average_position käyttäjän toiminta ja kaikki siihen liittyvät backend koodia. Tämä käyttäjä toiminto sallittu käyttäjä voi määrittää viisi erilaista siirtymä keskimääräiseen liikkuvan domain asema: puhdas kierto, ilman käännöstä, nivelen liikkeen järjestelmässä; kierto nivelen liikkeen järjestelmän yhdessä käännös; puhdas käännös ilman kierto; kierto noin keskelle massa muuttuvalla alalla ilman käännös; kierto noin keskelle massa muuttuvalla alalla yhdessä käännöksen. Nyt viimeinen vaihtoehto on oletuksena ja ainoa vaihtoehto. Tämä vaihtoehto vastaa standardin päällekkäin algoritmi (jäljempänä Kabsch algoritmi) oletettuun rakenteen todellinen keskimääräinen sijainti. Muut neljä johtuvat historian teorian kehittymistä. Näitä raja hyödyllisyyttä teorian ja aiheuttaa vain sekaannusta.
• Puhdista rungon järjestyksessä tavoitefunktio koodia. Tämä vastaa edellisen muutoksen poistamista frame_order.average_position käyttäjätoiminnolla. Muutokset sisältävät poisto käännöksen optimoinnin lipun tämä on nyt aina suoritettu, ja poistamalla lipun, joka aiheuttaa keskimäärin verkkotunnuksen kierto nivelpisteen vastaamaan liikkeen nivelkohta koska nämä ovat nyt pysyvästi irrotettu tuotannosta.
• aakkostusasetus funktiomatriisin lib.frame_order.pseudo_ellipse moduulissa.
• Putosi kaikki "linjan" ruutujärjestys malleja, koska ne eivät ole vielä toteutettu. Tämä on vain frontend code - taustajärjestelmän ei ole olemassa.
• Päivitetty isotrooppisen kartio CaM ruutujärjestys testi malli optimointi script. Johtuen kaikki muutokset kehyksessä järjestyksessä analyysi, vanha käsikirjoitus ei enää toimi.
• Luotu käsikirjoituksen CaM ruutujärjestys testimallit löytää keskimääräisen domain asentoon. Koska kiertyminen kiinteään tappiin on eliminoitu, siirtyminen 1J7P_1st_NH_rot.pdb ja 1J7P_1st_NH.pdb on muunnettava käännös ja kierto COM. Tämä skripti käytetään korvaamaan kiertymä Euler kulmien kanssa käännöksen vektorin ja CoM kierto Eulerin kulmia. Kuitenkin structure.superimpose käyttäjä toiminto on muutettava käsittelemään sekä standardin painopisteen päällekkäin sekä CoM päällekkäin.
• Päivitetty CaM ruutujärjestys testi malli päällekkäin script. Structure.superimpose Käyttäjä toimintoa nyt oikein kutsutaan. Tuotos lokitiedosto on lisätty arkistoon, koska se sisältää oikea käännös ja Euler kierto tarvittavat tiedot testimallien.
• Parameter päivityksen isotrooppisen kartio CaM ruutujärjestys testi malli optimointi script. Euler kulmat varten pyörimistä liikkeen nivelen on korvattu käännös vektorin ja Euler kulma CoM kierto parametrit.
• Fix useita kehyksen järjestyksessä malleihin, jotka eivät ole parametri rajoitteita. Linear_constraint () funktio oli palaamassa A, b = [], [] näihin malleihin, mutta nämä tyhjät numpy paneelit olivat aiheuttaa minfx kirjaston epäonnistua. Nämä arvot ovat nyt kiinni ja rajoitus algoritmi poistettu käytöstä minimoimiseksi () erityiset sovellusliittymämenetelmä.
• Lisääntynyt tarkkuus kaikki tiedot CAM ruutujärjestys testituloksia sukupolven perusta script. Nämä ovat kaikki muunnettu float16 ja float64 numpy tyyppejä.
• Fix RDC virhe -asetus CaM ruutujärjestys testituloksia sukupolven perusta script. Rdc_err tietorakenne sijaitsee atomienväliset datan kontteja, ei spin kontit.
• muuttaminen rakenteen lastaus osa CaM ruutujärjestys luonti pohja kirjoitus. Rakenteet on nyt vain ladataan jos DIST_PDB lippu on asetettu, koska niitä käytetään vain tuottaa 3D jakelu rakenteita. Tämä säästää paljon aikaa ja tietokoneen muistiin.
• Valtava nopeutuminen CaM ruutujärjestys testituloksia sukupolven perusta script. Käyttämällä moniulotteinen numpy taulukot tallentaa atomien paikat ja XH yksikkövektoreita kaikista pyörii, ja suorittamalla kierrosten seuraavilla rakenteiden avulla numpy.tensordot (), laskelmat ovat nyt kertoimella 10 kertaa nopeammin. Tilanneilmaisinikkunan jouduttiin muuttaa näyttämään jokaista 1000 sijasta 100 toistojen. Kierrosten kantojen ja vektorit suoritetaan nyt peräkkäin, vahingossa vahvistamisesta bugi kaksinkertainen liikkeen malleja (eli "double roottori" malli).
• Muutettiin CaM ruutujärjestys testituloksia sukupolven pohja kirjoitus säästämiseksi tietokoneen RAM. XH vektori ja atomien asema tietorakenteita kaikille N kierrosten niissä käytetty numpy.float32 sijaan numpy.float64 tyyppi. Tärkein muutos on laskea keskiarvo alueellisten jakeluyhtiöiden ja keskimäärin PCSS erikseen, poistamalla N-kokoinen tietorakenteiden, kun tiedostoja kirjoitetaan.
• Täydellinen uudelleensuunnittelu CaM ruutujärjestys data sukupolven perusta käsikirjoituksen nopeutta ja muistia säästöjä. Vaikka pyöritetty XH side vektori ja atomi asemassa koodi oli erittäin nopea, muistin määrää tarvittavan tallentaa ne spin säiliöihin ja atomienväliset tietojen kontit oli valtava kun N & gt; 1E6. Myöhempi rdc.back_calc ja pcs.back_calc käyttäjä toiminto vaatii myös kestää liian kauan. Siksi pohja kirjoitus on suunniteltu uudelleen. _create_distribution () Menetelmä on jaettu neljään: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), ja _pipe_setup (). _pipe_setup () Menetelmää kutsutaan ensimmäiseksi perustaa data putki kaikki tarvittavat tiedot. Sitten _calculate_rdc () ja _calculate_pcs () menetelmät, ja lopuksi _create_distribution () jos DIST_PDB lippu on asetettu. Puhelut rdc.back_calc ja pcs.back_calc käyttäjä toiminnot on eliminoitu. Sen sijaan _calculate_rdc () ja _calculate_pcs () menetelmät laskea keskimäärin RDC ja PCS itseään numpy array rakenteita. Sen sijaan tallentamiseen valtava kierretty vektorit ja atomien asemissa tietorakenteita, alueellisten jakeluyhtiöiden ja PCSS summataan. Nämä ovat sitten jaetaan self.N lopussa keskimäärin arvoja. Verrattuna vanha koodi, kun N on asetettu 20 miljoonaa RAM käyttö putoaa ~ 20 Gt ~ 65 MB. Yhteenlaskettu käyntiaika vähenee myös yhdessä järjestelmässä muutamasta päivästä muutamaan tuntiin (tilauksen tai kaksi luokkaa).
• Muuttunut Tilanneilmaisinikkunan päivittämistä nokka ruutujärjestys testituloksia sukupolven perusta script. Salaattilinko oli aivan liian nopea, päivittää joka 5. välein, ja on nyt päivitetään joka 250. Ja kokonaismäärä on nyt vain painetaan 10.000 välein.
• parannukset edistymistä mittari CAM ruutujärjestys testituloksia sukupolven perusta script. Pilkut ovat nyt painettu välillä tuhansia ja numerot ovat nyt oikeassa perusteltuja.
• Suuri kasvu tarkkuutta RDC ja PCS keskiarvon. Tämä on nokka ruutujärjestys testituloksia sukupolven perusta script. Yhteen alueellisten jakeluyhtiöiden ja PCSS osaksi 1D numpy.float128 paneelit (tätä, 64-bittisessä järjestelmässä tarvitaan), ja sen jälkeen jakamalla N lopussa keskimääräinen arvo voidaan laskea paljon suuremmalla tarkkuudella. N suurenee, numeeriset keskimäärin tuo suurempia ja suurempia määriä katkaisu esineitä. Joten tämä muutos helpottaa tätä.
• Fix RDC ja PCS keskimäärin CAM ruutujärjestys testituloksia sukupolven perusta script. Kaksinkertaisen roottorin malli, tai useampia liikkeen tilassa malli, keskiarvon oli virheellinen. Sen sijaan jakamalla N, arvot on jaettava N ^ M, jossa M on määrä liikkeen välillä.
• Valtava kasvu tarkkuutta nokka ruutujärjestys vapaa roottorin malli testituloksia. Korkeampi tarkkuus johtuu siitä, että numero rakenteiden jakauma on nyt kaksikymmentä miljoonaa sijasta miljoona, ja paljon suurempi tarkkuus numpy.float128 keskiarvon päivitettyjen tietojen sukupolvi pohja kirjoitus on käytetty. Näiden tietojen pitäisi mahdollistaa paljon parempi arvioitu beeta ja gamma keskimääräinen verkkotunnuksen kanta parametriarvot vapaasti roottorin malleja, jotka vaikuttavat romahtaminen alfa parametrin nollaan.
• Valtava kasvu tarkkuutta nokka ruutujärjestys kaksinkertainen roottorin malli testituloksia. Korkeampi tarkkuus johtuu siitä, että numero rakenteiden jakauma on nyt yli kaksikymmentä miljoonaa (4500 ^ 2) sijasta neljännesmiljoona (500 ^ 2).
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  

Vaatimukset

• Python