SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter on graafinen Python työkalu vuorovaikutteisesti segmentin kuvapinot kudoksen solujen kanssa reuna-tarroja (aka. Valkoinen ääriviivat). & Nbsp; vuorovaikutus perustuvat täysin editointi siementen, jotka puolestaan ​​kasvoi vedenjakaja algoritmi. Suurin ero SWS ja muita työkaluja on, että voit sijoittaa enemmän kuin yksi siemen per solu, joka voi auttaa sinua säätää rajat vaikea soluja.
SWS on rakennettu päälle wxPython, matplotlib, numpy, scipy ja mahotas.
Sen ytimessä, se käyttää salamannopean vedenjakaja algoritmi (kiitos mahotas hanke) ja mahdollistaa reaaliaikaisen päivityksiä. Se on yksinkertainen (jos sekainen) UI ja on täysin interaktiivinen, vaikka myös 1-tason kumoa.
Julkaisu noin SWS, joka antaa kaikki nämä tiedot ja enemmän Cytometry osassa:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Lähdekoodi peilataan neljä arkistot ja PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Google Code sivu on myös joitakin binary julkaisut (http://code.google.com/p/seedwater/) että pitäisi toimia 32-bittinen Windows tai 64-bittinen Linux, mutta nämä ovat nyt vanhoja. Käytä "easy_install" menetelmää nyt.
Saat lisätietoja, katso Python Asenna Ohjeet 20XX.txt Voit myös lukea käsikirja: SeedWater Segmenter V xx Manual.txt
Asentaminen ja Juoksu
Asentaminen on vihdoin helppoa!
Itse voit nyt "easy_install SeedWaterSegmenter"
Pikaohje:
Windows / Mac:
& Nbsp; Asenna Enthought Python Jakelu http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-imaging python-xlrd python-xlwt
Vuonna cmd ikkuna (on Suorita järjestelmänvalvojana Windows Vista / 7) tai Terminal (Mac / Linux), suorita:
& Nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Yksityiskohtaiset ohjeet:
Uusin versio on nimeltään:
"Python Asenna Ohjeet elokuu 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Asenna Ohjeet elokuu 2012.txt

Vaatimukset :

< li> Python