SPINDEL on vaihtoehtoinen lähestymistapa biologisen tunnistus perustuu pituuteen ribosomi-RNA: ta (rRNA) geenialuetta. Yleensä linjauksia ensisijainen rRNA geenisekvenssien eri lajeilla vuorottelevat alueet nukleotidin säilyttämisen ja vaihtelua, olipa kyse nukleotidisubstituutioita (kutsutaan yleisesti "SNP") ja lisäys / poisto (Indel) tapahtumia. Läsnäolo indeleitä tulosten jaksoissa eripituisia ja esittelee aukkoja linjaus, tyypillisesti merkitään viiva "-".
Meidän konsepti biologisen tunnistamiseen käytetään rRNA geenisekvenssien seuraavasti: säilyneitä alueita käytetään määrittämään muuttujan segmenttejä ("Spindel hypervariaabelialuei-"), jossa yhdistelmä sekvenssin pituus on ominaista lajeittain ("Spindel profiilin"). Näin kunkin lajin voidaan määritellä yksilöllinen numeerinen profiilin.
Teoriassa tutkimus vain 6 hypervariaabelialueet 20 alleelien kunkin (tai 11 alueella 5 alleelien kukin) riittää erottamaan kaikkien eukaryoottisten lajien maan päällä, joiden arvioidaan olevan noin 5 ja 15 miljoonaa numeroa. Käytännössä Spindel pystyy erottamaan 93.3% of eukaryoottisten lajien alhaisen intraspecific vaihtelua ja korkean fylogeneettiseen resoluutio.
Kommentteja ei löytynyt