MetagenomeDB

MetagenomeDB on Python kirjasto on suunniteltu helposti tallentaa, hakea ja huomautuksia metagenomic sekvenssit. & Nbsp; MetagenomeDB toimia abstraktio kerros päälle MongoDB tietokannan. Se tarjoaa API luoda ja muokata ja yhdistää kaksi eri esineitä, eli sekvenssit ja kokoelmista:
& Nbsp; * sekvenssit (Sequence luokka) voivat olla lukee, contig, PCR klooneja, jne
& Nbsp; * kokoelmia (Collection luokka) edustaa sarjaa sekvenssit; esimerkiksi lukee johtuvat sekvensointi näytteen, contigit koottu joukko lukee, PCR kirjasto
Mikä tahansa kohde voidaan selityksin käyttämällä sanakirjaa kaltainen syntaksi:
# Ensimmäinen, tuomme kirjasto
tuonti MetagenomeDB kuten MDB
# Sitten luomme uuden Sequence objekti kaksi
# (Pakollinen) ominaisuudet, "nimi" ja "järjestyksessä"
s = mdb.Sequence ({"name": "Minun sekvenssi", "sekvenssi": "atgc"})
# Kohde voidaan nyt selityksin
print s ["pituus"]
s ["type"] = "lukea"
# Kerran muutettu, kohde on sitoutunut
# Tietokantaan varten muutosten säilyvän
s.commit ()
Objects of type Sequence tai Kokoelma voidaan liittää toisiinsa, jotta edustamaan erilaisia ​​metagenomic aineistoja. Esimerkkejä ovat, mutta eivät rajoitu näihin:
& Nbsp; * kokoelma lukee johtuvien sekvensointi run (suhde useiden Sequence esineitä ja yksi kokoelma)
& Nbsp; * joukko contigien johtuvat kokoonpano joukko lukee (suhde kahden kokoelma esineitä)
& Nbsp; * sanotaan, jotka ovat osa jatkumon (suhde useiden Sequence esineitä ja yksi Sequence)
& Nbsp; * sekvenssi, joka on samanlainen kuin toinen sekvenssi (suhde kahden sekvenssin esineet)
& Nbsp; * kokoelman, joka on osa suurempaa kokoelma (suhde kahden kokoelma esineitä)
Tuloksena on verkosto sekvenssien ja keräys, joka voidaan tutkia käyttäen omistettu menetelmiä; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Jokainen näistä menetelmistä mahdollistavat kehittyneempiä suodattimia käyttämällä MongoDB istä syntaksia:
# Lista kaikista kokoelmista tyyppi "collection_of_reads"
# Sekvenssi "s" kuuluvat
kokoelmia = s.list_collections ({"tyyppi": "collection_of_reads"})
# Lista kaikista sekvenssit kuuluvat myös näihin kokoelmiin
#, Jonka pituus on vähintään 50 bp
C kokoelmissa:
& Nbsp; tulosta c.list_sequences ({"pituus": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB myös joukko komentorivityökalut tuoda nukleotidisekvensseihin, proteiinisekvenssejä, BLAST ja FASTA linjaus algoritmeja tuotos, ja ACE kokoonpano tiedostoja. Muita työkaluja tarjotaan lisätä tai poistaa useita kohteita, tai merkitä niitä.

vaatimukset

• Python