NCBI C++ Toolkit

• LYHYESTI:
• Lisätty LDS2 (Local Data Storage v.2), joka perustuu SQLite3, on uusia ominaisuuksia ja parempaa suorituskykyä. Myös toteutettu LDS2 tiedot kuormaajan käyttää LDS2 Objekti Manager.
• XmlWrapp -tämä kätevä XML käsittelyyn API on ollut enimmäkseen päättynyt (ja jopa kiillotettu).
• Toteutetut tunnelointi ja lupa HTTP-yhteydet ja tunnelointi turvallinen pistorasiat, kautta HTTP välityspalvelimia.
• CFormatGuess nyt avulla pystytään erottamaan GTF, GFF3 ja GFF2. Se on mahdollisesti rikkomatta muutos. Katso lisätietoja alla.
• toteuttanut merkittäviä osia CFeatTree, luokka järjestää ominaisuuksia määritellään biologisen sekvenssin hierarkiaa, joka kuvastaa heidän vanhempi-lapsi-suhteessa (perustuu ominaisuus alatyyppejä).
• CORELIB:
• Sovellettu locale-riippumaton muuntaminen merkkijono kaksinkertaistaa ja takaisin; muuttuneiden ydin kirjastot käyttää sitä.
• NSTR :: Perustele () - ja muotoilua tekstin kappaleet.
• CNcbiApplication - tee FindProgramExecutablePath staattinen, ja vankempaa; lisätä staattisen korkeamman tason GetAppName menetelmällä. Etsi maailmanlaajuinen asetustiedostot tapauksia.
• CMetaRegistry :: FindRegistry - uusi menetelmä paljastaen logiikka mitkä tiedoston (jos sellainen on) ladata.
• CEnvironmentCleaner - uusi luokka hävittää toivottuja ympäristömuuttujien.
• CFileIO - takaisin alkuperäiseen käyttäytymiseen: älä sulje tiedosto kahvan jos se kautta määritetty SetFileHandle ().
• SARJA:
• serialization AnyContent dataobjekteja - kiinteät tunnistaa ja asianmukaisesti prosessin ominaisuuksien niiden arvot.
• Korjattu käsittelyyn XML liitettäväksi elementin oletusarvo, kun se ei ole sisältöä.
• Lisätty tuki sekvenssit elementtejä, jossa elementti on oletusarvo.
• Datatool:
• Korjattu koodi sukupolvi:
• VALINTA dataobjekteina;
• binary tietotyypit määritteitä.
• Korjattu muuntaminen kaksinkertainen tyypin arvojen säilyttämiseksi useampi merkitsevää numeroa.
• CONNECT:
• Lisätty keepalive pistorasia vaihtoehto (fSOCK_KeepAlive).
• Lisätty NCBI- yhteystestissä (CConnTest).
• utilites:
• g_FindDataFile - Uusi toiminto paikallistamiseen tiedostosi (konfiguroitavissa) vakio paikoissa.
• CChecksumStreamWriter - uusi luokka laskea tarkistussumma tiedot kirjoitetaan stream.
• g_GZip_ScanForChunks () - uusi API, kysellä pakattuja stream kantoja. Lisätty toteutus saada kantoja erillisiä gzip-tiedostojen sisältä ketjutettuja gzip tiedosto.
• Lisätty pakkaus / purku virran käsittelylaitteet (kuuluu / util / pakata / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) päivitetty, mahdollisesti rikkomatta muutos. Tämän tarkoituksena on mahdollistaa CFormatGuess erottaa GTF, GFF3, ja GFF2. Tällä hetkellä se niputetaan kaikki ne muotoon yhteen "eGtf" arvo. Vanhan "eGtf" arvo (3) on korvattu "eGtf_POISONED", ja ei palauteta uudelleen. Uusi arvo "eGtf" (21) tarkoittaa tiedostoa, joka on luettava CGtfReader (objtools / lukijat / gtf_reader.hpp). Uusi arvo "eGff3" (22) on tiedostojen tarkoitettu luettavaksi CGff3Reader (objtools / lukijat / gff3_reader.hpp), ja "eGff2" (24) on tiedostojen tarkoitettu luettavaksi CGff2Reader (kuuluu / objtools / lukijat /gff2_reader.hpp)
• BIO-esineitä:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Uusi menetelmä auttaa paikkaan sekvenssit tuotu FASTA- tiedostoja valikoima eritelmien enemmän yhteydessä; pakattiin CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (myös uusi).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - tai parantaville tunnustusta lisää etuliitteitä (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, ja IAA-IZZ, joista vastaavat uuden mahdollisuuden DDBJ TPA WGS tiedot) ja mixed-TPA proteiinin liittymiset (lähinnä EMBL, mutta jotkut GenBankista liian).
• Erottaa WGS master liittymiset uudella lippubitin. Rentoudu yli-tiukka ATE tunnustamisen logiikka.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs - Uudet toiminnot kanssa pelkkää tekstiä sekvenssitunnisteet, laskelmiin pois CFastaReader ja yleistynyt hieman.
• SSeqIdRange - Uusi tyyppi (täydellinen parseri ja on-the-fly & quot; iteraattorin & quot;) työstämiseen Seq-id alueet, kuten esillä joissakin FASTA- defline lähde määritteet.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Vaihtoehtoisesti hyväksyä mukautetun otsikot yhdellä sekvenssit. Tag negatiivinen-lohkon valikoimia johtavien "c: n.
• CFastaReader - Tuetaan negatiivisen juosteen valikoimia ja paljetit kompakti defline-style aukko syntaksi (& quot; & gt;? N & quot; missä N on numero, tai & quot; & gt;? Unk100 & quot;).
• KOBOLTIN:
• Lisätty komentorivillä -num_domain_hits joka rajoittaa määrä säilyneitä verkkotunnuksia sarjaa kohti käytetään laskettaessa yhdenmukaistaminen rajoituksia.
• Fylogeneettinen puut:
• Lisätty korkeamman tason rajapinta Computing fylogeneettisen puusta sekvenssirinnastusten (esimerkiksi BLAST ja koboltin tulokset). Luokka CPhyTreeCalc laskee fylogeneettisen puun ja CPhyTreeFormater tulostaa puu Newick ja Nexus-muodossa.
• BIO-objektikirjastot:
• Toteutettu CheckNumRows () ja muut menetelmät harva rinnastuksia.
• Voit vähentää muistia: lisätään lue-koukut vähentää käyttämän muistin rinnastuksia jälkeen deserialization; Na-lohkon nyt käyttää yhden tavun muistia, jos mahdollista; Score.value valinta on nyt upotettu CScore.
• Hyödynnä liittymistä CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-KOHDE MANAGER:
• Lisätty getter menetelmiä boolean kenttien CTableFieldHandle.
• Lisätty GetBestGeneForFeat (), joka perustuu CFeatTree.
• Toteutettu GetBestOverlappingFeat () on CFeatTree.
• Lisätty nopea Cscope :: GetTaxid ().
• Sovellettu irtotavaralastauksen ACC / ver, gi, etiketti, ja taxid.
• Lisätty pituudeltaan nolla aukkoja tarkista CSeqMap ja CSeqVector.
• Toteutettu GetLength () ja GetCoverage () joukkovelkakirjojen paikoissa.
• parannukset:
• Lisätty apulainen menetelmä täyttää CFeatTree sijainnista.
• nopeuttanut kartoitus yksinkertainen CSeq_loc_mix paikkakunnalla CFeat_CI.
• tiukempi lajittelu ominaisuuksia CFeat_CI välttää epäselvyyksiä.
• CSeq_feat_Handle getters nyt työskennellä Seq-taulukossa on liikaa.
• Seq-taulukon ominaisuudet tukevat nyt monitasoista käyttäjän kentät.
• Ei Seq-feat Seq-taulukot on nyt tunnustettu, vaikka sijaitsee split kimpale.
• nopeuttanut CBioseq_Handle :: ADDID ().
• Optimoitu Cscope :: AttachXxx ().
• Tuki split nimetty huomautusta.
• CSeqVector ja CSeqVector_CI n CanGetRange () nyt return false eikä heittää poikkeus.
• Salli täsmentää, miten käsitellä nykyisten kahvat ResetHistory ().
• Optimoitu uudelleen vanhemmuuden jos enemmän ominaisuuksia lisätään CFeatTree.
• Lisätty mahdollisuus debug Cscope luominen / poisto.
• Monet muutokset C ++ siivous toiminnallisuus matkia uudelleenjärjestäminen toiminnallisuutta, joka on jo käytössä C. on vielä tehtävää kanssa BasicCleanup, mutta merkittävää edistystä on tapahtunut. Vähän työtä on tehty ExtendedCleanup kuin vielä.
• CSeq_loc_Mapper voidaan nyt alustettu GC-edustajakokous.
• Vikakorjauksia:
• Kiinteät kartoitus mix paikoista miinus säie CFeat_CI.
• Monet korjauksia tavalla CFeatTree linkkejä ominaisuuksia.
• Useita kierre-turvallisuus korjauksia.
• Kiinteä typo ehkäistä lisäämällä kakohdistaa ja kaavioita CSeq_annot_EditHandle.
• suojautua poikkeuksia, kun lajittelu ominaisuuksia CFeat_CI.
• GENBANK DATA LOADER:
• Rekisteröityneet HPRD ulkoisia merkintöjä.
• Lisätty valinnainen exclude_wgs_master param vuonna pubseqos / pubseqos2 lukijoita.
• Sovellettu irtotavaralastauksen ACC / ver, gi, etiketti, ja taxid.
• Lisätty CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Improvement:
• Käytä irtotavaralastauksen pyyntöjä Cscope :: GetBioseqHandles ().
• Erillinen lukija tilastojen tyyppi ladattu läiskä.
• Lisätty aikaleiman GenBank- debug viestejä.
• Käytä IConnValidator avaamista PubSeqOS yhteyksiä.
• Lisätty split-version kimpale pyyntöihin ja murikka aliavaimista GenBankissa välimuisti välttämään väärää paloina kun möykky split tila muutetaan ID.
• Lisätty toissijainen vähemmän sekava param nimet auki timeout.
• Älä moninkertaistaa yritä Lukeman yhteyksiä.
• Objektien hallinnan TEST AND kokeilusovelluksiin:
• id2_fetch_simple - lisättyä -ID vaihtoehtoja mielivaltaisen Seq-id: n.
• test_bulkinfo - uusi testi sovellus.
• FASTA-:
• C ++ ominaisuus pöydän toiminnallisuus on tehty enemmän toiminnallisia kuten osa BankIt hankkeen.
• asn2flat apuohjelma
• Valtava määrä muutoksia Flatfile formatoijaan jotta se paljon lähempänä vapauttamaan valmis tila (mahdollisesti vapauttaa valmis tässä vaiheessa, vaikka suhteellisen pieniä ongelmia pysyä).
• XMLWRAPP:
• Kiinteät segmentointi vika jos ottaa viittaus XPath-lauseke käynnissä tuloksia.
• Lisätty auttajia saada julkisen tunnus, järjestelmä tunnus ja DTD nimi ulkoisessa ja sisäisessä osajoukkoja.
• Lisätty menetelmiä lookup solmuun määritteitä.
• Kiinteät suorittamisen XPath-lauseke: se nyt lähtee solmuun.
• Kiinteät etsimistä attribuutteja (myös oletus), kun nimiavaruus on säädetty.
• Lisätty kyky ajaa XPath-lauseke ilman tarvetta rekisteröityä nimiavaruuksiin nimenomaisesti.
• Lisätty mahdollisuus tarjota talteenottosäiliöt virheet ja varoitukset, kun jäsentämiseen asiakirjoja.
• Lisätty mahdollisuus muokata arvoja ja nimitiloja solmun oletusasetukset.
• Lisätty mahdollisuus testata, jos ominaisuus on oletuksena.
• Lisätty mahdollisuus lisätä tai poistaa ominaisuuksia ottaen huomioon niiden nimiavaruuksia.
• Lisätty mahdollisuus riisua XML ilmoituksen, kun asiakirja on tallennettu.
• WindowMasker:
• Lisätty uusi syötemuoto, & quot; seqids & quot ;; Tämän syötemuoto tulo on tiedosto, joka sisältää sekvenssin id jokaisella rivillä, ja algoritmi käyttää Bio-Object Manager etsiä sekvenssit.
• Lisätty uusi luokka CWinMaskConfig, tallentaa kaikki WindowMasker määritysparametrit. Luokka voidaan lisätä tarvittavat komentorivin argumentteja CArgDescriptions, ja sitten saada kokoonpanon parametrit komentorivin argumentteja.
• Rakenna KEHYS (UNIX):
• tulkitseminen komentorivin ominaisuudet APP_PROJ tai LIB_PROJ vihjeenä selvittää muita * _PROJ asetuksia ei myös siellä. (Vaatii GNU Make; rakentuu Sun tekevät jatkaa kuten ennenkin.)
• Supply enemmän tavoitteita alihakemistot: * _F (käyttämällä paikallisia tasainen Makefile vaadittaessa, välittämättä riippuvuudet muissa osissa puu), * _fd (kääre huipputason Makefile.flat), clean_sources ja purge_sources.
• Määritä ja sen mukavuus skriptejä (kääntäjät / unix / *. Sh):
• Huomionarvoista uusi lippu --without-3psw - ei käytä mitään 3rd osapuolen ohjelmistoja.
• Lisätty tarkistaa GLEW.
• Parempi tarkistaa Boost ja OpenGL.
• Tuki täsmennetään ajaa polkuja Darwin (Mac) järjestelmät moderneilla työvälineenä.
• BLAST:
• Darwin (Mac OS X), rakentaa vain Intel-prosessorit jopa muuten universaali rakentaa takia PowerPC toolchain rajoitus.
• Lisätty tuki hakemisessa NCBI- taksonomia tunnukset joka WindowMasker tukea on saatavilla.
• Anna erittely viitesekvenssiin mukana useita sekvenssin rinnastus tiedosto psiblast.
• Lisätty tietokanta hard-rajauksella tuki.
• Lisätty tietokanta pehmeä peittäviä Käännöskirjallisuudessa hakuja.
• Lisätty tuki btop (BLAST paluuseurannan toiminnot) ja kysely ja aihe pituus taulukon raportissa.
• Command-line sovellukset - anna psiblast etsiä useita kyselyitä, lisätään valinnainen -input_type varten makeblastdb
• Salli käyttö paras osuma ja XML blast2sequences tilassa.
• Parempi muotoilu suorituskykyä kauko hakuja.
• makembindex voi nyt rakentaa naamioitu MegaBLAST indeksi suoraan BLAST nukleotidin tietokantaan rajauksella tallennettujen tietojen BLAST tietokantaan. Tämä toteutetaan uuden komentorivioptiona -db_mask kohteeseen makembindex. Vaihtoehto hyväksyy kokonaisluku id suodatusalgoritmia tukee BLAST tietokantaan. Vaihtoehto voidaan soveltaa ainoastaan ​​yhdessä -iformat blastdb.
• Voit auttaa käyttäjää selvittämään numeerista tunnukset suodatusalgoritmi tukee BLAST tietokannan lippu -show_filters tuodaan. Hakeminen lippu -iformat blastdb ja BLAST tietokantaan tulo aiheuttaa makembindex lähtöön luettelon käytettävissä suodatusalgoritmi ja poistu.
• Sovellukset NetCache:
• NetCache on muokattu sisältää seuraavat ominaisuudet:
• parempi hallinta levytilaa;
• lock-vähemmän työtä läiskä, versiointi sijasta käytetään;
• moniporttiseen kuuntelu ja per-client asetukset eriyttää.
• NetCache ja ICache API:
• Käytä Uint8 kaikkialta möykky koko.
• Salli osittaista möykky haku.
• Käyttöön möykky salasanasuojaus; tyhjät salasanat käsitellään salasanaa.
• Worker solmun API:
• Uusi parametri päättämisestä työntekijälle solmu jos sen muistin käyttöä ylittää määritetyn rajan (parametri & quot; total_memory_limit & quot;).
• Uusi parametri päättämisestä työntekijälle solmu jos sen käyntiaika ylittää määritetyn rajan (parametri & quot; total_time_limit & quot;).
• GRID KÄYTTÖKOHTEET:
• netscheduled
• Kiinteä vika, ei vastattu jonoon poistetaan komennolla.
• remote_app
• Uusi konfigurointiparametri (& quot; tmp_dir & quot;) ohjaamaan tilapäiseen hakemistoon nimi syntyy - vähentää sen pituus.
• Kirjaudu möykky kirjallisesti virhe.
• netcache_control
• Salli osittaista möykky haku.
• Uusi komento -remove poistaa läiskä niiden ids.
• Uusi parametri -auth määrittää todennuksen käytettävä merkkijono.
• Uusi komentoja -reconf ja -reinit käyttöön NetCache ylläpitäjät.
• netschedule_control
• Käytössä yhteensopivuus tilassa tehdä netschedule_control työtä ikääntyvien solmuja.
• cgi2rcgi.cgi
• Älä luo tyhjän NetCache möykky paikanpitäjänä edistystä viesti.
• Kirjaudu Grid virheistä raportoidaan käyttäjälle.
• Anna välilyöntejä työ ID parametri.
• Tuki lähtö tietoa työn tilasta JSON-muodossa.
• Salli mukautettuja HTML-malleja varten on määriteltävä GRID virheitä ja muita tapahtumia.
• Lisätty no-cache HTTP otsikot välttää välimuistin väli tuloksia.
• ncfetch.cgi
• Uusi parametri käyttää salasanalla suojattuja läiskä.
• Tulkitse ylimääräinen parametri & quot; tiedostonimi & quot; koska tiedostonimi ladattu tiedosto.

Mitä uutta versiossa 31 joulukuu 2008: