On vuosi 2054. Viisikymmentä vuotta sitten, jotain kauheaa tapahtunut ja maan pintaa tuli asumiskelvottomaksi. Jäänteitä ihmiskunnan pakenivat valtava purjehtii saari, Laputa. Kuitenkin kapinaan yhä jäykkä ja korruptoitunut ihmisen johtajuutta saaren...