goby

goby on Python API lukemiseen binaaritietoja tiedostoja käyttäen Merisää next-gen tietoja hoitosuunnitelmaa.
Normaalisti tämän hakemiston tulee osana täydellisen Merisää paketti, saatavilla:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Täydellinen paketti sisältää Java lähdekoodin. Jos latasit tämän paketin PyPI tai muun Python-erityinen lähde, olet ehkä saanut vain Python osa koodia.
Development Varoitus
Merisää Python kirjastot eivät ole yhtä kypsä kuin Java täytäntöönpanoa. Se voi olla buginen ja ei ole tarkoitus tarjota täydellinen ominaisuuksia, joita löytyy Java-versio.
Asennus:
& Nbsp; 1. Varmista, että olet Python 2.5 tai uudempi. Jos olet epävarma, suorita:
python -V
& Nbsp; 2. Lataa ja asenna edellytys python paketteja:
& Nbsp; 1. Pöytäkirja Puskurit
& Nbsp; Saatavana http://code.google.com/p/protobuf/ tai PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python korvaaja java.util.Properties
& Nbsp; Saatavana http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Asenna Merisää paketti:
python setup.py asentaa
& Nbsp; Tämä vaihe saattaa vaatia pääkäyttäjän oikeuksilla.
Käyttö:
Esimerkki skriptit tarjotaan osoittamaan, miten päästä sisällön Merisää tiedostoja Python.
& Nbsp; * Tässä on, miten skannata Merisää linjaus tiedosto:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Tiedostot basename.entries ja basename.header täytyy poistua.)
& Nbsp; * seuraava komento tulostaa sisällön yhdenmukaistaminen tiedoston teksti:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * seuraava komento muuntaa kompakti lukee tiedoston fasta muodossa:
GobyCompactToFasta.py file.compact-lukee
& Nbsp; * seuraava komento tulostaa tilastoja sisällöstä kompakti lukee tiedostoa:
GobyReadsStats.py file.compact-lukee

Vaatimukset :

• Python