QuasiRecomb

QuasiRecomb on kevyt sovellus, joka toimii komennon konsolissa, simuloidaan Markovin malli tuottaa viruskvasilajissa. Se kuvaa sukupolven viruskvasilajeja ja menetelmä päätellä sen parametrien analysoimalla seuraavan sukupolven sekvensointi tietoja. Malli on validoitu simuloitu data, osoittaa etu nimenomaisesti ottaen rekombinaatioprosessissa huomioon, ja testattu soveltamalla lukee saatu kokeellista HIV näytteistä. Se tarjoaa täytäntöönpanoa EM-algoritmi löytää mahdollisimman jälkikäteen arvioiden mallin parametrien ja menetelmä arvioida jakelu viruskantojen kvasilajista.

Vaatimukset :

Java