RAPTOR

RAPTOR on innovatiivinen ohjelmisto on suunniteltu tarkasti proteiinien rakenteeseen ennustaminen. Se yhdistää edistyksellisen työkalua yhdessä integroidun ohjelmiston ratkaisu ja tarjoaa kolme eri ketjuttaminen menetelmiä. RAPTOR ainutlaatuinen kokonaisluku ohjelmointi optimointi lähestymistapa on tehokkain löytää rakenteen malleja tavoitteiden alhainen sekvenssihomologiaa ja pystyy tuottamaan laadukkaita malleja. Helppokäyttöisen käyttöliittymän ja helposti ymmärtää E arvot ovat ihanteellinen aloittelijoille ja asiantuntijoille. Ennen kaikkea, intuitiivinen näyttö lähdön avulla käyttäjät voivat ymmärtää tuloksia vain yhdellä silmäyksellä. Ottaen kohdeproteiinin sekvenssiin, jos on homologinen proteiini, joilla tiedetään olevan 3D-rakenne, se voidaan löytää käyttämällä järjestyksessä haun työkaluja kuten PSI-BLAST, myös vuonna RAPTOR. Tavoite rakenne on sitten rakennettu tunnettu rakenne; kuitenkin, kun sekvenssihomologia ei ole merkittävä, eli alle 25%, PSI-BLAST ei voi keksiä luottavainen osuma. Toisin PSI-BLAST, joka yksinkertaisesti tekee järjestyksessä haku, proteiinia ketjuttaminen, taita tunnustamista, hyödyntää molempien homologia ja rakenne tietoa. Se skannaa proteiinisekvenssiä tuntemattoman rakenteen vastaan ​​tietokannan tunnetuista rakenteista. Käyttämällä pisteytysfunktiota ja suorittamalla yhteensopivuus analyysi välillä kolmiulotteisten rakenteiden ja lineaarinen proteiinisekvenssit, paras rakenteellinen malli tunnistetaan josta rakentaa sekvenssin rakennetta. Tämän seurauksena proteiini ketjuttaminen antaa erinomaisen ennusteen kuin homologiamallinnusta kun on marginaalinen sekvenssihomologiaa.

rajoitukset

Limited toimintoja