Krypta käyttää useita / CSS salauksen; jokainen tiedosto tai tilavuus on salattu yhdellä kierroksella 256-bittinen AES, yksi kierros 256-bittinen Twofish, ja yksi kierros 256-bittinen Serpent algoritmeja.
Jokainen kerros salausta käyttää riippumattoman suola (Random hash) ja itsenäinen salasana (jos käyttäjä sallii tarkastamalla "Käytä kolme salasanat"). Näiden riippumattomien muuttujien auttaa pitämään kunkin kerroksen erillisinä ja toisistaan riippumattomia kuin mahdollista. Tämä maksimoi ja hyödyntää etu CSS salauksen. Keskeinen tiedosto voidaan käyttää myös maksimoida turvallisuus, vain varmista tallentaa avaimen tiedosto tallessa, tiedostoa ei voida purkaa ilman sitä.
Avaintiedoston toimii toimittamalla erilliset tiedot algoritmi, joka ei pääse Salt tai salasana. Cracker voisi löytää salasana (t) ja silti ei voi kunnolla purkaa tiedostoa, koska heillä ei ole, että muut toimittamat tiedot avaintiedostosta.
Kommentteja ei löytynyt