Peli tapahtuu trooppisten lomakohteessa Isle Delfino, joka on muotoiltu delfiini ja käsittää kymmenen ensisijaista paikoissa. Saari on pääosin asuu rodut Piantas ja Nokis. Delfino Plaza on Isle Delfino pääkaupunki ja pelin pääkeskukseen. Mario esitetään Isle Delfino lomalle Princess Peach, hänen pitkäaikainen luottamusmies Toadsworth, ja jotkut muut konnat, toivoen rentouttavaa lomaa. Saapuessaan he löytävät että kerran koskematon saari on saastunut ja rapattujen graffiti. Seurauksena tästä saastuminen, aurinko-muotoinen esineitä kutsutaan "Shine sprite", saaren virtalähteitä, ovat kadonneet, ja saari on katettu ikuinen varjo. Syyllinen nähnyt leviämisen graffiti on naamioitu Mario (jäljempänä "Shadow Mario"). Mario on pidätettiin heti kun hän saapuu, syytetty vandalisoi saaren. Hän asettaa syytteeseen, todettiin syylliseksi ja määräsi siivota graffiti ja takaisin Shine Sprites. Auttamaan siivous, Mario löytää Fludd, voimakas vesitykkejä joka on toted kuin reppu. Mario esitetään seikkailu puhdistaa nimensä ja paikantaa todellinen rikollinen, kun taas palauttaa rauhaa ja jotta Isle Delfino.
Kommentteja ei löytynyt