Swiss-PdbViewer (aka DeepView) on sovellus, joka tarjoaa käyttäjäystävällinen käyttöliittymä, jonka avulla voidaan analysoida useita proteiineja samanaikaisesti. Proteiinit voivat olla päällekkäin, jotta päätellä rakenteellisia linjauksia ja vertailla niiden aktiivinen sivustojen tai muun asiaankuuluvan. Aminohappomutaatiot, H-obligaatioita, kulmat ja etäisyydet atomit ovat helppo saada ansiosta intuitiivinen graafinen ja valikko käyttöliittymä.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) on kehitetty vuodesta 1994 Nicolas GUEX. Swiss-PdbViewer on tiukasti sidoksissa SWISS-MALLI, automatisoitu homologiamallinnusta palvelin kehitetty Sveitsin Institute of bioinformatiikka (SIB) klo rakennerahastojen bioinformatiikan Groupin Biozentrum Baselissa.
Työskentely näiden kahden ohjelman vähentää huomattavasti työmäärää tarpeen tuottaa malleja, koska on mahdollista pujottaa proteiinia primaarisekvenssissä päälle 3D mallin ja saada välitöntä palautetta siitä, kuinka hyvin kierteinen proteiini on hyväksymät referenssirakenne ennen lähettämistä pyynnön rakentaa puuttuvat lenkit ja tarkentaa sivuketjullinen pakkaus.
Swiss-PdbViewer voi myös lukea elektronitiheys karttoja, ja sisältää erilaisia työkaluja rakentaa osaksi tiheys. Lisäksi eri mallinnustyökalut integroituja ja komento tiedostoja suosittu energian minimointi paketteja voidaan tuottaa.
Lopuksi erityinen bonus, POV-Ray kohtauksia voidaan generoida nykyisen näkymän, jotta upeita ray-jäljittää kuvanlaatu.
Mitä uutta tässä julkaisussa:
- Tymiiniä C6 atomi on nyt ladattu oikein
- Kiinteät POV-Ray lähtö loputon silmukka PC-versio
- satunnaisesti kaatua samalla säästää ATE tiedostoja (kuten 2i37) PC on vahvistettu
- Päivitetty osoite Uppsalan elektronitiheyskartan Server
Kommentteja ei löytynyt