ZOOM Lite on seuraavan sukupolven sekvensointi tietojen kartoitukseen ja visualisointiohjelmisto. Käyttäjät tulo viite genomeja ja Illumina / Solexa lyhyt lukee tiedostot tai AB kiinteä väriavaruuden lukee eri tiedostomuodoissa, kuten * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta jne.Zoom tulostaa kartoituksen tulokset lyhyitä lukee viitesekvenssin. ZOOM Lite on nopea ja tarkka kartoitus ydin perustuu äskettäin suunniteltu usean välein siemeniä teoriaa. Sekä single-end ja pariksi lopussa lukee eripituisia välillä 15bp ja 240bp voidaan käsitellä. Mikä tahansa määrä epäsuhta ja yksi lisäys / poisto eripituisia välillä luetun ja sen kohde alueen viitesekvenssiin ovat sallittuja. Ainutlaatuisen kartoitettu tuloksia tai paras (top N) tulokset kutakin lukea raportoidaan mukaan minimaalinen epäsuhta ja Indel pituus. Laatupisteitä käytetään parantamaan kartoitus tarkkuutta. Perustuen kartoitus ytimen, ZOOM Lite avulla käyttäjät voivat ladata paikalliseen lukudatan ja viite sekvenssitiedot, valitse oikea parametrit, prosessi suuren määrän dataa rinnakkain keskuudessa enintään neljää prosessoria, seurata käynnissä tehtäviä, tallentaa kartoituksen tulokset, tarkastella kaavioita kartoituksen tuloksia ja lähtö kartoituksen tuloksia joko * .BED tai * .GFF tiedostomuotoja edelleen maanmittauksen kanssa UCSC selaimen kappaleen tiedot. Mapping tuloksia voidaan katsella millä tahansa halutulla tavalla, luetusta syvyyttä käyräkuvan koko kromosomi yksityiskohtaisesti sekvenssijärjestystä välillä lukee ja viitesekvenssin. Käyttäjät helposti siirtyä alueille merkitsee vain kautta napsauttamalla ja vetämällä tai rullata. ZOOM Lite on johdannainen ZOOM Studio -ohjelmiston.
Mikä on uusi tässä julkaisussa:
Versio 1.5 sisältää SAM vientimuoto, arkkitehtuuri säätää, parempaa koodin optimointi, pienempiä Ohjelman binary koko, ja päivittää dabase Moottorinvaihto paremman suorituskyvyn.
Kommentteja ei löytynyt