LSim

LSim superposés makromolekyylisten elektronitiheydet ja laskee rakenteellista samankaltaisuutta pistemäärä. Sen laskelmat mittakaavassa lineaarisesti koko molekyylien verrataan.
LSim linjaukset ovat käsitteellisesti liity biokemiallisten rakenneosat ja siksi ovat puolueettomia ja asianmukaista rakenteen vain proteiinin samankaltaisuus tutkimuksia.
Asennus:
Pura jakelu tiedosto:
tar -xzvf lsim-linux.tar.gz
Siirrä tiedostoon hakemistoon:
cd lsim.1.0.0
Kopioi, siirtää tai linkittää ohjelmatiedostolle lsim sopivaan kohtaan -ja varmista lsim on saatavilla kautta PATH ympäristöön vaihtuva-, esim:
cp lsim / usr / local / bin
Asettaa muuttujan LSIMDIR osoittamaan valittuun LSim hakemistoon, esimerkiksi:
setenv LSIMDIR /home/olaguer/progs/lsim.1.0.0