Staden Package on täysin kehittynyt joukko DNA-sekvenssin kokoonpano (Gap4), editointi ja analyysityökalut (Spin) Unix, Linux, MacOSX ja MS Windows.
On Gap4 edessä on tehty useita pieniä liittymällä liittyviä
parannuksia miten tulokset yhtyy Etsi sisäinen Liitosten ja
toimivuus align painiketta Join Editor.
Myös seuraus Gap4 ovat erilaiset muutokset io_lib (
Kirjaston kaikki I / O eri jäljittää tiedostomuotoja). Kun lisäys
Uuden hash_exp ohjelma nyt mahdollistaa kokeilun tiedostojen olevan
ketjutettu yhteen ja indeksoitu. Luettelo kokeilu tiedostojen nimien
olisi stil toimitetaan Gap4, mutta mikäli EXP_PATH ympäristöön
muuttuja on asetettu oikein, Gap4 pystyy hakemaan yksittäisten
sekvenssit ulos ketjutettuja kokeen tiedosto
arkisto. Parannuksia käyttöliittymään tämän vielä olla
tehty.
454 SFF arkistot ovat nyt paremmin tuettuja. Defsult 454 indeksit
nyt toimivat, vaikka hash_sff ohjelmaa voidaan käyttää antamaan
vaihtoehtoiset indeksointi strategia (mahdollisesti nopeammin joissakin tapauksissa).
Gap4 ja Trev myös toinen jäljittää esitystyyli jälkiä, jotka
on 1 näyte scan (x4 kanavaa) per pohja puhelu. Tässä tapauksessa se voi
myös piirtää 4 luottamusta arvot sijasta 1 per perusta. Näitä kykyjä
mahdollistaa paremman integroinnin Solexa jälkiä kun helpommin
käytettävissä.
Plus tietenkin tavallista sekoitus korjauksia ja pieniä parannuksia. Katso
täysi muutos loki lisätietoja (via SourceForge sivustolla).
Muita merkittäviä muutoksia
Gap4
Kommentteja ei löytynyt