kapsidi kattavan avoimen lähdekoodin alusta, joka yhdistää korkean suorituskyvyn laskennallisia putki taudinaiheuttajan sekvenssin tunnistamista & nbsp; ja luonnehdinta ihmisgenomeissa ja transcriptomes yhdessä skaalautuva tuloksia tietokantaan ja käyttäjäystävällinen web-pohjainen sovellus hallintaan, istä ja visualisointiin tuloksia.
Aloittaminen
Tarvitset MongoDB tietokanta, Python 2.6+ asennus ja Apache Tomcat 6+. Saat lisätietoja, lue wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What on uusi tässä julkaisussa:
- Korjaukset Virheilmoitus ajettaessa vähennys- ja kohdistus ei löytynyt
- Lisää työtä vahvistamisesta pitkään käynnissä kyselyt
Mitä uutta versiossa 1.4.2:
- Poistaa MongoKit riippuvuus
Mitä uutta versiossa 1.4.1:
- Korjaa kursori aikakatkaisun pitkään käynnissä tilastot kyselyt
Mitä uutta versiossa 1.4.0:
- Downloads tilastoja, kun ne ajetaan sijaan kaikki lopussa
- Säästää yksilöivä geenejä uid
Mitä uutta versiossa 1.2.7:
- Korjaa README
Mitä uutta versiossa 1.2.6:
- vähennyslasku suodattaa unmapped rakentaessaan kartoitettu lukee
Mitä uutta versiossa 1.2:
- Utility luoda FastQ tiedostoja unmapped lukee
- Utility palata risteykseen FastQ tiedostoja
- Utility palata suodatin FastQ tiedostoja
- Lisätty mapq kynnyksen lippu vähennyselementille
- Gbloader voivat nyt ladata bakteerien ja sienten genomien
- Säästää genomisekvenssit tietokantaan käyttäen GridFS
- Alennettu muistia laskettaessa tilastoja
- käyttää osaprosessit sijaan os.system
- mapq tulokset suodatin tarvitsee sisällyttää 0
Mitä uutta versio 1.1:
- lisää tuen parin lopussa lukee
Mitä uutta versiossa 1.0.1:
- Lisätty tuki MongoDB autentikointi
Vaatimukset :
- Python
Kommentteja ei löytynyt