Pathomx (ent MetaPath) on avoimen lähdekoodin graafinen ohjelmisto toteutetaan IPython, Qt ja PyQt, suunniteltu alusta asti toimimaan interaktiivinen apuohjelma visualisointi ja analysointi metabolisen tietojen GNU / Linux ja muut POSIX & nbsp; käyttöjärjestelmä järjestelmiin. Se oli alun perin suunniteltu käytettäväksi jalostukseen metabolomiikkaan data.Features klo glanceKey ominaisuuksia ovat tuki tuontia ja vientiä NMR (Nuclear Magnetic Resonance) tiedot, spektrit käsittelyä, kuten normalisointi, binning ja yhdenmukaistaminen sekä aineenvaihduntatie visualisointi ja kaivostoiminta. Sinun on myös mahdollisuus tuoda genomista ja metabolomiikka dataa eri reittejä visualisointiin määrätyillä polkuja.
Eri MetaCyc tietokanta merkintöjä sisältyvät myös Pathomx sovellus, joista voidaan mainita tietokannan yhdistymisen linkkejä, synonyymit, sekä niihin liittyvät polkuja ja reaktioita. Huomioithan, että MetaCyc tietokanta on peräisin julkisen API.
Sovellus käyttää voimakkaita MetaCyc tietokanta nopeasti tutkia monimutkaisia aineistoja, kiitos laajennettavissa ja muokattavissa plugins. Lisäksi se käyttää Numpy ja Scipy kirjastot numero käsittelyyn, Matplotlib piirtämistä, nmrglue NMR tietojen tuonti, D3.js interaktiiviseen kaavioita, ja scikit-oppia tilastollisen analyysin methods.Under huppu ja tuettu OSesLooking konepellin alle Pathomx, voimme huomata, että hakemus on rakennettu IPython komentotulkin. Se toimii hyvin myös Microsoft Windows ja Mac OS X käyttöjärjestelmissä, joita varten se on ladattavissa valmiiksi rakennettu binääripaketteja. GNU / Linux, ohjelmisto jaetaan vain gzipattu lähdekoodit yhteensopiva 32-bittinen ja 64-bittinen laitteissa.
Käytettäessä Pathomx, käyttäjien tulee pitää mielessä, että sovellus käyttää tietoja MetaCyc koulutusjakson tietokantaa, joka on osa BioCyc perheen. MetaCyc API käytetään tuottamaan toimitettu tietokanta, joka on tallennettu paikallisesti.
Mitä uutta tässä julkaisussa:
- täysin uusi vedä pudota visuaalinen editori lisättiin.
- Sen avulla voit luoda analyysi työnkulkuja vetämällä työkaluja työtilaan, editointi yhteydet vetämällä datalinjat välillä työkaluja, ja käyttää inline näkemyksiä saada yleiskuva nykyisen käsittelyn.
- Data voidaan tiputtaa työtila instant tuonti.
- Se lisäsi myös live per-työkalu edetä ilmoituksia, baareja, ja indikaattoreita.
- virheet, on merkitty ohjeteksti (vihjetekstien työkaluja kun merkitty punaisella).
Vaatimukset :
- Graphviz
Kommentteja ei löytynyt