STEME

STEME Hanke alkoi elämä lähentämistä Odotus-maksimointi algoritmi sopivaa mallia käytetään motiivi etsijöitä kuten MEME.
STEME & rsquo; s EM lähentämisestä toimii kertaluokkaa nopeammin kuin MEME toteutus tyypillinen asetukset. STEME on nyt kehittynyt täysimittaiseksi motiivi Finder omana.
Miksi käyttää STEME?
Todistetusti motiivi havainto tekniikoita
STEME perustuu tuttuun ja testattu MEME algoritmi. MEME on yksi kypsä ja suosittu aihe etsijöitä. Se oli yksi huippua Tompa ym. & Rsquo; s vertailukohtana vertailun aihe etsijöitä.
Suunniteltu suurten tietomäärien
STEME on suunniteltu käytettäväksi tyypin suurten tietomäärien tyypillisesti modernin biologisen kokeita. STEME on testattu panos kymmeniä megabases, mutta ei ole mitään syytä, miksi sitä ei tulisi käyttää suurempia tietomääriä.
Nopeasti
STEME on nopea. Tyypillisesti motiivi etsijöitä on runtime, joka kasvaa nopeasti koko panos. Johtuen STEME & rsquo; s käyttö pääte puiden se ei kärsi tästä ongelmasta. STEME tarjoaa vaihtoehtoja ohjata runtime siten, että käyttäjä hallitsee kuinka kauan he ovat valmiita odottamaan tuloksia.
Joustava motiivi mallit
Monet motiivi etsijöitä (erityisesti nopeat numeroitu motiivi etsijöitä) käyttää konsensussekvenssejä malleina sitoutumiskohdista. Nämä eivät ole yhtä joustavia kuin pulssinleveysmodulaattorit että STEME käyttötarkoituksiin ja voi kaapata sama aihevalikoiman kuin pulssinleveysmodulaattorit.
Helppo käyttää
STEME tuottaa tulokset MEME & rsquo; s vakiintunut muotoon joten se on helppo käyttää loppupään työkaluja. STEME & rsquo; s tuotos on testattu työkalut MEME, BioPython ja BioPerl.
Tarkka merkitys laskelmat
STEME & rsquo; s merkitys laskelmat on suunniteltu suuria tietomääriä mielessä. Motif etsijöitä, joita ei ole kirjoitettu suurten tietomäärien voi usein huonosti miscalculate merkitys motiivien he löytävät. Tämä on erityisen salakavala ongelma ja vaikea käyttäjä tunnistaa.
Saatavana verkkopalvelu
STEME voidaan asentaa paikallisesti omalle koneelle tai voidaan ajaa webissä meidän palvelimia.
Pakkaus Documentation

Vaatimukset :

• Python