BioRuby

BioRuby tarjoaa integroidun ympäristön bioinformatiikan (biologian Information Science).
Olio skriptikieli Ruby on monia ominaisuuksia sopii bioinformatiikan tutkimukseen, esimerkiksi selkeä syntaksi ilmaista monimutkaisia ​​objekteja, säännöllisiä lausekkeita tekstin käsittelyyn niin voimakas kuin Perl & rsquo; s, erilaisia ​​kirjastojen myös verkkopalvelun jne.
Koska Ruby syntaksi on yksinkertainen ja erittäin siisti, uskomme, että se on helppo oppia aloittelijoille, helppo käyttää biologit, ja myös riittävän tehokas ohjelmistojen kehittäjille.
Vuonna BioRuby, kehittäjä voi hakea biologinen tietokanta merkinnät tasainen tiedostoja, Internet-palvelimet ja paikallisia relaatiotietokantojen.
Nämä tietokanta merkinnät voidaan jäsentää poimia tietoja, joita tarvitset. Biologiset sekvenssit voidaan käsitellä täyttää menetelmien Ruby & rsquo; s String luokka ja säännöllisiä lausekkeita.
Kirjasto voidaan integroida työkaluja kuten Blast, FASTA HMMER ja monia muita ohjelmistopaketteja biologinen analyysi.
 BioRuby tukee suuri biologinen tietokannan muodossa ja tarjoaa monia tapoja päästä heitä Flatfile indeksointi, SQL, verkkopalvelut Monenlaisia ​​verkkopalveluihin, kuten Kegg API voidaan helposti hyödyntää BioRuby.

Ominaisuudet :

• BioRuby kuori
• API
• Documentation

vaatimukset :

• Ruby 1.8.7 tai uudempi