DendroPy

Se tarjoaa luokat ja toiminnot kanssa phylogenetic tietoja, kuten puita ja luonne matriiseja.
Se tukee myös lukemisen ja kirjoittamisen tietoja eri standardin fylogeneettiseen tiedostomuotoja, kuten NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, jne ..
Lisäksi skriptit Täyttäessään hyödyllisiä fylogeneettiseen laskutoimituksia jaetaan osana kirjaston, kuten SumTrees, jossa esitetään yhteenveto tuen jakamista tai clades antama taka näyte fylogeneettisten puita.
On laajennettu asiakirjat ja opetusohjelma tiedostoja ladattava paketti.

Mikä on uusi tässä julkaisussa:

• Uusi infrastruktuuri metatiedot merkintöjä: AnnotationSet ja Annotaatio.
• Täysi tuki NeXML 0,9 metatietojen jäsentämiseen ja kirjoittamiseen.
• get_from_url () ja read_from_url () menetelmät mahdollistavat nyt käsittelyyn fylogeneettiseen tietoja URL n.
• Lisätty GBIF yhteentoimivuuden moduuli (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;).

Mikä on uusi versiossa 3.12.2:

• Uusi infrastruktuuri metadatan merkintöjä: AnnotationSet ja Annotaatio.
• Täysi tuki NeXML 0,9 metatietojen jäsentämiseen ja kirjoittamiseen.
• get_from_url () ja read_from_url () menetelmät mahdollistavat nyt käsittelyyn fylogeneettiseen tietoja URL n.
• Lisätty GBIF yhteentoimivuuden moduuli (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;).

Mikä on uusi versiossa 3.11.0:

• Uusi sovellus käsikirjoituksen ketjutusta sivuliikkeen tarroja kaikkialta multiple input puita: sumlabels.py.
• Uusi yhteentoimivuus luokka dendropy.interop.seqgen.SeqGen: kääre Seq-Gen integroitu kirjasto.
• Uusi yhteentoimivuustoiminto dendropy.interop.muscle.muscle_align (): kääre lihaksen yhdenmukaistaminen.
• Uusi yhteentoimivuus luokka dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner: kääre RAxML.
• prune_taxa () menetelmä lisätty CharacterMatrix.
• matematiikka moduulit muuttaneet omiin alipaketin: dendropy.mathlib.
• Uusi moduuli matriisi ja vektori laskelmat: dendropy.mathlib.linearalg.
• Uusi moduuli tilastollisiin etäisyystiedot: dendropy.mathlib.distance.
• Perhe Mahalanobiksen pituuden laskemisen toimintojen dendropy.mathlib.distance: squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d.

Mikä on uusi versiossa 3.9.0:

• Uudet ominaisuudet:
• Fylogeneettinen riippumaton kontrastit (PIC) analyysi voidaan nyt suorittaa käyttäen dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts luokka.
• Yksinkertaistettu sisälsi coalescent (geeni puu lajien puu) simulointi.
• Muutokset:
• Avainsana argumentteja as_string (), write_to_path (), write_to_file jne menetelmiä on viritetty entistä johdonmukaisemmin Nexus ja Newick muodoissa. Edellinen avainsanat ovat yhä tuettuja, mutta se hylätty. Uudet avainsanan väitteitä tukee voidaan nähdä: Tuomari: NEXUS ja Newick kirjallisesti räätälöinnin & # X3C; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; osiosta.
• NEXUS ja Newick tiedostomuodot nyt oletusarvoisesti Kirjainkoolla taksoniin etiketit; Määritä case_insensitive_taxon_labels = False tapauksen-herkkyys.
• Virhekorjauksia:
• Reading limitetty merkki matriisit enää tuloksia seuraavista lohko ohitetaan (NEXUS).
• Caught OverflowError laskettaessa yhteenveto tilastoja.

Mikä on uusi versiossa 3.8.0:

• Tree esineitä voidaan nyt rerooted keskipisteessä (ks Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Huomautukset (eli attribuutteja Tree, solmu tai Edge esineitä, jotka ovat joutuneet & quot; annotate () & quot; kehottanut niitä) voidaan nyt kirjoittaa metatiedot kommentteja (& quot; [ja kenttä = arvo] & quot;), kun kirjoitat NEXUS / Newick muodossa, jos avainsana argumentti annotations_as_comments käytetään.
• Kun luet Nexus / Newick muodossa puita, täsmennetään extract_comment_metadata = True johtaa metatietojen kommentteja vedetään osaksi sanakirja, jossa avaimet on kenttänimet ja arvot ovat kenttien arvot.
• Kun luet NEXUS muodossa tiedot, SETS lohkot käsitellään, ja merkistöt jäsentää osaksi asiaa CharacterDataMatrix.
• Merkistöt (kuten esimerkiksi jäsentää ulos Nexus SETS lohkojen: katso edellä) voidaan viedä uusi CharacterDataMatrix esineitä, ja tallentaa / manipuloida / etc. independentally.
• Kun kirjoitat Nexus tai Newick muodoissa, write_item_comments avainsana argumentti (tosi tai epätosi) voi ohjata onko pidentää kommentit liittyvät solmut puihin on kirjoitettu tai ei.
• TopologyCounter luokka lisätään dendropy.treesum: mahdollistaa seurannan topologian taajuuksia.
• treesplits.tree_from_splits () mahdollistaa rakentamisessa ja (topologia vain) puita joukko halkeamia.
• Useimmat toiminnot, jotka ennen "dendropy.treemanip" on nyt siirretty äidinkieleltään menetelmiä dendropy.Tree luokan. "Dendropy.treemanip" tulee vanhentunut.
• Puut voidaan nyt leikattava perustuu luetteloon eliösystematiikan etikettien poistaa tai säilyttää (aiemmin, menetelmät vain hyväksyä luettelo Taxon esineitä).

Mikä on uusi versiossa 3.7.1:

• Uudet ominaisuudet:
• toteuttaminen "Yleiset otosta" (Hartman et al. 2010: Näytteenotto Trees Evolutionary mallit, Syst. Biol. 49, 465-476) menetelmä simuloida puiden syntymä-kuolema malli.
• Muutokset:
• Korjaa / johdonmukainen nimet tietyllä todennäköisyydellä toimintoja.
• Virhekorjauksia:
• Bug vahvistaessaan korvaa tulostetiedostoa käytettäessä SumTrees "-e '/' - split-reunojen" vaihtoehto.
• antiikin ja harmaantunut semi-fossiilista viittaus "taxa_block" korjattu "taxon_set".

Mikä on uusi versiossa 3.7.0:

• siirtyneet BSD-tyylin lisenssi.

Mikä on uusi versiossa 3.6.1:

• SumTrees nyt toimii (sarjamuodossa) nojalla vanhemmat python versioita (eli & # X3C; 2.6).
• Korjaa yhteensopivuuden Python 2.4.x.

Mikä on uusi versiossa 3.5.0:

• Lisätty ladderize () menetelmä, tilauksesta solmuja nouseva (oletus) tai laskeva (ladderize (oikea = tosi)) järjestyksessä.
• Lisätty & quot; peto-yhteenveto-puu & quot; skeema erittely käsitellä BEAST selityksineen yksimielisyys puita.
• Lisätty uusi moduuli vuorovaikutuksessa NCBI tietokantoihin: dendropy.interop.ncbi.

Mikä on uusi versiossa 3.4.:

• Mukana ez_setup.py päivitetty uusimpaan versioon.

vaatimukset :

• Python 2,4-3,0