Software kuvakaappaus:
Ohjelmiston tiedot:
Versio: 1.65
Lähetyksen päivämäärä: 1 Mar 15
Kehittäjä: The Biopython Consortium
Lupa: Vapaa
Suosio: 140
Kehitetty kansainvälinen tiimi kehittäjät se jaetaan yhteistyönä kehittämään Python kirjastoja ja hakemukset, joissa käsitellään nykyisten ja tulevien teosten bioinformatiikan.
Mitä uutta tämä julkaisu:
- Bio.Phylo nyt puukonstruktion ja konsensus moduuleja, mistä on GSoC työtä Yanbo Ye.
- Bio.Entrez nyt automaattisesti ladata ja välimuistiin uusia NCBI- DTD-tiedostot XML jäsentämiseen alle käyttäjän kotihakemiston (käyttämällä ~ / .biopython Unix tyyppisissä järjestelmissä, ja $ APPDATA / biopython Windows).
- Bio.Sequencing.Applications sisältää nyt kääre samtools komentorivityökalua.
- Bio.PopGen.SimCoal tukee nyt myös fastsimcoal.
- SearchIO hmmer3-teksti, hmmer3-välilehti ja hmmer3-domtab tukevat nyt lähtö hmmer3.1b1.
- BioSQL voivat nyt käyttää mysql-liitin paketti (saatavana Python 2, 3 ja PyPy) vaihtoehtona MySQLdb (Python 2 vain) yhteyden MySQL-tietokantaan.
Mitä uutta versiossa 1.63:
- Nyt käyttää Python 3 tyyliin sisäänrakennettu ensi toiminto paikka Python 2 tyyliä iterators 'nojalla.Jatkotoimet () menetelmä.
- Nykyinen versio poistetaan vaatimus 2to3 kirjasto.
Mitä uutta versiossa 1.62:
- ensimmäinen julkaisu Biopython joka virallisesti tukee Python 3.
Mitä uutta versiossa 1.60:
- Uusi moduuli Bio.bgzf tukee lukemisen ja kirjoittamisen BGZF tiedostoja ( Estetyt GNU zip-muodossa), variantti GZIP tehokas random access, yleisimmin käytetty osana BAM tiedostomuoto ja tabix.
- GenBank / EMBL parseeraaja nyt antaa varoituksen tunnistamaton ominaisuus paikoissa ja jatkaa jäsentämiseen (jättäen ominaisuus sijainti kuin mitään).
- Bio.PDB.MMCIFParser on nyt koottu oletuksena (mutta ei vielä ole käytettävissä Jython, PyPy tai Python 3).
Mitä uutta versiossa 1.59:
- Uusi moduuli Bio.TogoWS tarjoaa kääre TogoWS REST API.
- NCBI Entrez Nouda toiminto Bio.Entrez.efetch on päivitetty käsittelemään NCBI: n tiukempaa käsittelyä useita ID väitteitä EFetch 2.0.
Mitä uutta versiossa 1.58:
- Uusi käyttöliittymä ja jäsentimet varten PAML (Fylogeneettinen analyysi Suurin todennäköisyys) ohjelmapaketti, tukevat codeml, baseml ja yn00 sekä Python uudelleen täytäntöönpanon Chi2 lisättiin Bio.Phylo.PAML moduuli.
- Bio.SeqIO sisältää nyt lukea tuen ABI tiedostot (& quot; Sanger & quot; kapillaari sekvensointi jäljittää tiedostoja, jotka sisältävät nimeltään peräkkäin PHRED ominaisuuksia).
- Bio.AlignIO & quot; fasta-M10 & quot; jäsennintä päivitettiin selviytymään merkkiviivojen käytetty Bill Pearsonin FASTA versio 3.36.
Mitä uutta versiossa 1.57:
- Biopython voidaan nyt asentaa pip.
Mitä uutta versiossa 1.56:
- Bio.SeqIO moduuli on päivitetty tukemaan proteiinia EMBL tiedostot (käytetään patenttien tietokantaan), IMGT tiedostoja (variantti EMBL tiedostomuoto, jossa apua Uri Laserson), ja UniProt XML-tiedostoja.
Mitä uutta versiossa 1.55:
- paljon työtä on ollut kohti Python 3 tuki (kautta 2to3 käsikirjoitus), mutta ellemme hajosi jotain sinun ei pitäisi huomata mitään muutoksia.
- Mitä uusia ominaisuuksia, selvimmin kohokohta on, että komentorivi työkalu sovellus kääre luokat ovat nyt suoritettavan, joka olisi paljon helpompaa soittaa ulkoisia työkaluja.
Vaatimukset :
- Python 2.6 tai uudempi
Kommentteja ei löytynyt