tigreBrowser

tigreBrowser on geenien ilmentyminen malli selain tuloksia tigre R paketti (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Asennus:
tigreBrowser vaatii Python versio> = 2.5. tigreBrowser voidaan asentaa komennolla:
python setup.py asentaa
Lisätietoja asentamisesta python modules (esimerkiksi asentamalla ilman pääkäyttäjän oikeuksia nykyiselle käyttäjälle vain), katso http://docs.python.org/install/
Käynnistys palvelin
Web-palvelin sisältyy tigreBrowser täytyy olla käynnissä, jotta voit käyttää todellinen tulos selain.
Tarvitset tietokantatiedoston tuottamat tigre R paketti (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Tämä paketti sisältää koe-tietokanta tiedosto "database.sqlite" jota voidaan testata tigreBrowser. Testi-tietokanta luotiin käyttäen ohjeita ja esimerkki tietojen mukana tigre pakettiin.
Suorita tigreServer.py aloittaa graafisen käyttöliittymän ja palvelimen. Jotta voisimme alkaa tuloksen selain, täytyy ensin valita tietokannan tiedot, jotka Tulokset näytetään. Tämä voidaan toteuttaa valitsemalla "Avaa tietokanta tiedosto" ja valitsemalla tietokantaan tiedoston. Tietokantatiedoston saa olla kirjoitusoikeudet. Palvelin voi sitten käynnistetään klikkaamalla "Aloita palvelimen. Kun napsautetaan, etiketti alla näkyy painikkeet näyttää URL tuloksen selaimen.
Tuloksena selain on nyt saatavilla, että URL tavallisella web-selaimella. Ohjeita selaimella ovat seuraavassa tämän oppaan osasta. Selain on käytettävissä, kunnes palvelin on pysäytetty "Seis palvelimeen" -painiketta.
tigreServer.py voidaan myös käyttää komentorivin käyttöliittymää. Aloita script '--help' vaihtoehto lisätietoja.
Selaimen
Dataset valinta
Aineisto valinta määrittää, mitkä tulokset näkyvät tuloksissa listalle ja missä järjestyksessä. Koekäyttöönoton valinta käytetään valitsemaan koesarja. Vain tulokset näistä kokeista näkyy listalle.
Seuraava aineisto valinta on valinta transkriptiofaktorin (TF) tai asetettuun tavoitteeseen, riippuen siitä, onko tulos selain on asetettu Target sijoitusta tilan tai säätimen ranking-tilassa (katso asennus). Kohde-ranking tilassa, TF valinta on käytettävissä, ja tulokset listaus sisältää tuloksia eri tavoitteiden kanssa annetaan TF. Säädin ranking-tilassa, kohde sarja valitaan, ja listaus näyttää tuloksia eri sääntelyviranomaisten.
Koska tulosten määrä voi olla korkea, tulokset voidaan jakaa useita sivuja. "Määrä geenien per sivu" valintaa voidaan käyttää säätämään määrä osoitti tuloksia. Se voi olla hyödyllistä vähentää määrää tuloksia, jos sivu latautuu hitaasti, koska valtava määrä kuvia.
Lopuksi, missä järjestyksessä tulokset osoittivat voidaan muuttaa "Lajittele" valinta. Tulokset lajitellaan descendingly mukaan tietyn kriteerin.
Suodatus
Tulokset voidaan suodattaa eri perusteita. Yksi voi esimerkiksi näyttää vain tulokset geenit, jotka on z-pistemäärä ylittää tietyn kynnyksen.
On mahdollista yhdistää useita kriteereitä suodatus. "[+]" -linkkiä Voidaan lisätä toisen kriteerin. Kriteeri voidaan samoin poistaa "[-]" -linkkiä (ei osoittivat kun on vain yksi kriteeri). Kun useita perusteita käytetään, geeni tuloksena on täytettävä kaikki kriteerit, joita osoitti listalle.
Suodatus aktivoidaan käyttäen "Käytä suodattimia" -valintaneliö.
Korostus
Jos geenit tietokannassa sisältävät täydentäviä tietoja, tuloksia voidaan korostaa käyttämällä että tietoja. Käytettävissä esiin vaihtoehtoja osoitti väreillä liittyvät näitä vaihtoehtoja.
Korostaen teokset näyttämällä värillisiä laatikoita alapuolella anturi nimet tulokseen listaus geenejä, joilla on täydentäviä tietoja, jotka vastaavat valinnan.
Haku
On mahdollista hakutuloksiin annetulle geenien. Etsintä töitä kirjoittamalla pilkuilla eroteltu lista geenin tai anturi nimet hakukenttään. Gene aliaksia voidaan myös käyttää haun merkintä.
Näytetään tulokset
Tulokset tietyn valinnan aineisto, suodattimia, kohokohtia ja etsintä on osoittanut silloin, kun "Lähetä" nappia painetaan. Tietokanta on sitten kyseenalaistanut tulosten, jotka vastaavat annettuja valinnan. "Reset" -painiketta voidaan poistaa kaikki valinnat ja kenttiin.
Tulokset listaus sisältää useita sarakkeita. Ensimmäisessä sarakkeessa koetin nimi näytetään GENENAME liittyy anturi. Vieressä geenin nimi, on geeni-ilmentymisen luku, jos sellainen on määritelty tietokannassa. Seuraavat sarake sisältää varsinaisen tuloksia geenejä. Kaikki täydentävät tiedot näytetään myös täällä. Kokeilun luvut näytetään rinnalla tuloksen arvot.
Lopulta kokeilu parametrit, jos työnnetään tietokantaan, näytetään pöydän viereen lukuihin.

vaatimukset

• Python