E-Cell System

E-Cell System on käsite rakentaa virtuaalisia soluja tietokoneissa.
E-Cell System on olio-ohjelmistopaketti mallinnukseen, simulointiin ja analysointiin laajamittaisten monimutkaisten järjestelmien kuten biologiset solut, architected jota Kouichi Takahashi ja kirjoittama hieno tiimi kehittäjille. Core osa järjestelmää, E-Cell simulointiympäristössä version 3, mahdollistaa monien komponenttien ajaa useita algoritmeja eri aikatauluja rinnakkain.
E-Cell projekti on kansainvälinen tutkimushanke, jonka tavoitteena on kehittää tarvittavat teoreettiset tukee, teknologiat ja ohjelmistoalustoja, jotta tarkka koko solun simulointi.
E-Cell System koostuu seuraavista kolme keskeistä osaa:
- E-Cell Simulation Environment (tai E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Environment (tai E-Cell ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Ominaisuudet

• Basic ominaisuudet:
• Oliopohjainen mallintaminen ja simulointi monimutkaisten järjestelmien.
• Plug-in arkkitehtuuri. Uusi käyttäjä-objektiluokat voidaan kehittää, ladataan dynaamisesti, ja joita käytetään simulointi.
• Reaaliaikainen vuorovaikutuksen ja visualisoinnin simulaation aikana.


• Scripting:
• Python scripting of simulointi session (run / stop / parametrien manipulointi / tietojenkäsittely jne ...).
• Python scripting of simulaatio kokeilu, joka liittyy monia ajojen simuloinnin istuntojen (kuten parametri tuning, metabolinen analyysi jne ..)
• Python scripting mallin luonti (esim automatisoitu mallin rakentamiseen tietokannoista).


• Yhteensoveltuvat:
• SBML tasolla 1/2 maahantuontia.
• SBML tasolla 1/2 vienti.


• Parallel laskenta:
• Jaettu-muisti, multi-thread parallelization yhden simulaation aikana. (Sulautetaan osaksi päähaaran.)
• Cluster ja verkkoon hajautettu laskenta useiden simulointi istuntoja. Sun Grid Engine, (Globus Toolkit).

Mikä on uusi tässä julkaisussa:

• Tämä versio tuo useita bugikorjauksia.

Mikä on uusi versiossa 3.1.107 RC2:

• Korjattu bugi ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Korjattu bugi ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Mikä on uusi versiossa 3.1.107 RC1:

• Kiinteä kokoelma ongelma uudempi GCC (& gt; = 4.3). (Moriyoshi)
• Integroitu pyecs osaksi pyecell. (Moriyoshi)
• Yhdistetty ecell.emc osaksi ecell.ecs välttää staattisen initializer weirdness joissakin alustalla (kuten Mac OS X). (Moriyoshi)
• kaksi GUI käyttöliittymiin (session-näyttö ja malli-editor) uusittiin olevan kaksi paketit python moduuleja, ecell.ui.osogo ja ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Siirretty GtkSessionMonitor sen ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor että asuu ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Uusi nimi ecell.SessionManager on ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Poistetut seuraavat vakiot alkaen ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)