SSuMMo

SSuMMo on kirjaston toimintoja suunniteltu noin iteratiivisesti HMMER määrittää sekvenssien taksonien. & Nbsp; tulokset ovat erittäin selityksineen Puissa laji / suvun jakautuminen yhteisön.
Ohjelmat mukana lähdekoodin sisältävät työkaluja: -
- Rakenna hierarkkinen tietokanta HMM - dictify.py;
- Kohdentaa sekvenssit hyväksytyille taksonomisia nimiä - SSUMMO.py;
- Analysoida biologinen monimuotoisuus, käyttäen Simpson, Shannon & muut methods- rankAbundance.py;
- Visualisoida tuloksia cladograms kanssa selvä kyky helposti rajat vertailla aineistoja - comparative_results.py
- Muuntaa tulokset phyloxml muodossa: dict_to_phyloxml.py;
- Rakenna html edustus - dict_to_html.py.
- Tontti alipaine- käyrät ja laskea vastaavan biologisen monimuotoisuuden indeksit
Python lähdekoodia täällä, google koodi. Esikäännetyt hierarkkinen tietokanta HMM sekä optimoitu SQL taksonomian tietokanta (käytetään johtamiseksi riveissä kunkin taksonin) voi ladata: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Saat asentaa tietoa, katso README. Saat käyttötiedot on wiki (yllä), ja alustava Käyttöohje on lisätty SVN takakonttiin.

Vaatimukset :

• Python