toimiin paketti tarkka stokastisen simuloinnin reaktio-diffuusio järjestelmien mielivaltaisesti monimutkaisia 3D geometriaa. Meidän sydänsimulaation algoritmi on täytäntöönpano Gillespien SSA laajennettu käsittelemään diffuusion molekyylien yli elementit 3D tetrahedral mesh.
Vaikka se oli pääasiassa kehitetty simuloimaan yksityiskohtaisia malleja hermosolujen signalointireiteissä dendrites ja ympärillä synapsien, se on yleinen työkalu ja voi käyttää opiskeluun tahansa biokemiallises- jossa maankäytön kaltevuudet ja morfologia ajatellaan olevan merkitystä.
Olemme toteuttaneet vaiheita joukko Python moduulit, mikä tarkoittaa ASKELTA käyttäjät voivat käyttää Python skriptejä hallita kaikkia näkökohtia perustamiseen malli, tuottaa mesh, ohjaa simulointi ja tuottavan ja analysointi lähtö. Ydin laskennallinen rutiinit vielä toteutettu C / C ++ laajennusmoduuleja maksimaalisen nopeus suorittamisen.
Toimiin jaetaan GPL v3 lisenssillä.
Vaatimukset :
- Python
Kommentteja ei löytynyt