Ilmaiseksi Bioinformatiikka Varten Linux

Seal on Python-moduuli, joka tarjoaa sekvenssirinnastuksen päällä Hadoop.Seal on MapReduce hakemus biologisen sekvenssirinnastuksen. Se toimii Hadoop (http://hadoop.apache.org) kautta Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), Python MapReduce ja HDFS API...

TRMiner on Python apuohjelma, joka tähtää tieteellisen tiedon kuraattorit. & Nbsp; Sen avulla voidaan nopeasti karsia suuria kokoelmia tieteellisiä julkaisuja lauseita asiaan tietyn kaivos tavoite.Tämä saavutetaan kahdessa vaiheessa. Ensinnäkin tekstit...

Pysam on Python-moduuli lukemiseen ja manipuloimalla Samfiles. & Nbsp; Se on kevyt kääre samtools C-API.Pikaopas on täällä. Tarkemmat asiakirjat on saatavilla täältä.Kysymykset ja kommentit ovat erittäin tervetulleita, ja olisi lähettää pysam...

PySCeS on projektin kehittämä Triple-J-ryhmän molekyylilääketieteen solufysiologian & nbsp; yrittääkseen malli ja ymmärtää monimutkaisia ​​prosesseja ja järjestelmiä, jotka muodostavat elävän solun. Ominaisuudet : tekstipohjainen mallin kuvaus...

goby on Python API lukemiseen binaaritietoja tiedostoja käyttäen Merisää next-gen tietoja hoitosuunnitelmaa.Normaalisti tämän hakemiston tulee osana täydellisen Merisää paketti, saatavilla:& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/Täydellinen paketti sisältää...

SSuMMo on kirjaston toimintoja suunniteltu noin iteratiivisesti HMMER määrittää sekvenssien taksonien. & Nbsp; tulokset ovat erittäin selityksineen Puissa laji / suvun jakautuminen yhteisön.Ohjelmat mukana lähdekoodin sisältävät työkaluja: -- Rakenna...

Burrows-Wheeler Aligner (BWA) on tehokas ohjelma, joka tasaa suhteellisen lyhyt nukleotidisekvenssit vastaan ​​pitkä referenssijakson kuten ihmisen genomin.Ohjelmisto toteuttaa kaksi algoritmeja, BWA-lyhyt ja BWA-SW. Entinen teokset tutkittaessa...

turve on sarja ohjelmia syömällä, ennustamiseen ja analysointiin biofysikaaliset ominaisuudet proteiineja.Katso http://enzyme.ucd.ie/PEAT dokumentointia, ohjeet, kuvakaappauksia jne. Vaatimukset : ...

OpenElectrophy on kehys helpottaa manipulointia, varastointi ja analysointi elektrofysiologiset tiedot. Se voi tuoda tietoja monista eri tiedostomuotoja ja tallentaa ne yhtenä SQL-tyyppinen tietokanta.Analyysi työkalut sisältyvät OpenELectrophy ovat...

NEO (Neural Ensemble Objects) ja on projekti antaa yhteiset perusluokat käytettäväksi hermo data-analyysi, jonka tavoitteena on saada OpenElectrophy, NeuroTools ja ehkä muita hankkeita, joilla on samankaltaisia ​​tavoitteita enemmän lähekkäin.Kaksi...